另一方面是他對祖國的深深感念和眷戀。
1985年初，美國總統科學顧問基沃思訪華，他在會晤原國家科委主任宋健時表示，錢在美工作過20年，對美國的科學技術進步特別是軍事科學的發展，作出過很大貢獻。在研究過聯邦調查局的曆史檔案後，他認為事情已經十分清楚，麥卡錫黑暗時期的美國是欠錢學森的債的。他說他現在感到很難過。美國政府對錢學森橫加迫害，是沒有道理的。錢的遭遇和美國"原子彈之父"奧本海默的情況很類似(奧在麥卡錫時期被誣為"蘇聯間諜"而受審。上世紀60年代美國以授予他"國家勳章"的形式為其"平反")。美願邀請錢學森訪美，並由政府和有關學術機構表彰他對美國的重要貢獻。如錢不願去美訪問，美方也可派美國科學院院長普雷斯來華，授予錢學森"國家勳章"，以表彰他的貢獻。可以說，美國方面還是傳達出一定的誠意。
當時的總書記胡耀邦在得悉美國有關方面的想法後，曾在一次會議期間找錢學森談話，勸他接受這一邀請。據錢學森回憶，胡耀邦的談話大意是："錢老，你在國際上影響很大，一些國家邀請你，我建議你還是接受邀請，出去走走。你出去和別人不一樣，對推動中外科技交流會有很大影響。這也是今天改革開放的需要啊！今天，世界在變，中國在變，美國也在變。幾十年前的事，過去了就算了，不必老記在心上。你去美國走走，對推動中美間的科學技術交流，甚至推動中美關系的發展都會有積極意義。"
對此，錢學森回答說："總書記，當年我回國的事很複雜，在目前這種情況下我不宜出訪美國。"
胡耀邦這個人很民主，他說："錢老，我這是勸你，不是命令你一定要去。如果你認為不便去，我們尊重你個人的意見。"
後來，當錢學森正式接到國防科工委、國家科委和外交部三家的聯合請示件以後，他明確表示："這是美國佬耍滑頭，我不會上當。當年我離開美國，是被驅逐出境的，按美國法律規定，我是不能再去美國的。美國政府如果不公開給我平反，今生今世，我絕不再踏上美國國土。"
他坦直地說："如果中國人民說我錢學森為國家，為民族做了點事，那就是最高的獎賞，我不稀罕那些外國榮譽頭銜！"
錢學森1985年3月9日給我國國務院一位領導同志的信中，對此做了十分坦白的回答，"我本人不宜去美國……事實是我如現在去美國，將'證實'了許多完全錯誤的東西，這不是我應該做的事。例如，我不是美國政府逼我回祖國的；早在1935年離開祖國以前，我就向上海交大同學、地下黨員戴中孚同志保證學成回到祖國服務。我決定回國是我自己的事，從1949年就做了准備布置……我認為這是大是大非問題，我不能沉默。曆史不容歪曲。"
實際上，奧本海默德冤案與錢學森並不好類比。畢竟奧本海默是美國人，事件僅局限于美國內部。錢學森被逐是國際事件，在錢學森看來，傷及的不僅僅是他個人的尊嚴和感情，而是整個民族的尊嚴和感情。時至今日，華人科學家受誣陷、被迫害的事例仍不斷發生，不能不說錢學森對美國的總體判斷有耐人尋味之處。
1991年10月16日，錢學森被授予"國家傑出貢獻科學家"稱號和一級英模獎章。
在頒獎儀式上，他答謝說："我只是滄海一粟，渺小得很，真正偉大的是中國人民，是中國共產黨和中華人民共和國。我只是恰逢其時，回到祖國，做了自己該做的事情。"