6月5日3時50分，南云收到山本關于擊沉“赤城”號的命令後，隨即將命令轉達給第4驅逐艦隊隊長有賀海軍上校。有賀命令他的4艘驅逐艦准備向“赤城”號發射魚雷。
拂曉前，海上大霧茫茫。“赤城”號上的大火似乎已自行熄滅了。大霧中，“赤城”號隱約可見，就像畫家筆下的一幅水墨畫。
此時，有賀派出幾個代表乘小艇去勸說青木不要自盡。“赤城”號領航主任三浦海軍中校告訴青木：航空母艦將由日本自己的魚雷來擊沉，而不是被敵人魚雷擊沉，所以它的艦長無需與它一起沉沒。但青木不聽勸告。最後，有賀海軍上校親自上艦，命令青木離艦，青木這才服從了。
5時整，3艘驅逐艦圍上去，向“赤城”號發射了3枚魚雷。右舷一側發生爆炸，“赤城”號的艦艏開始下沉。
驅逐艦上所有的人都高喊：“‘赤城’號，萬歲！萬歲！萬歲！”
20分鍾後，這艘航空母艦晃動著它那龐大的身軀，緩緩下沉，最後被海水淹沒。隨即，在水下發生了猛烈的爆炸，附近的每艘驅逐艦都感受到了強大的震動。
“赤城”號消失了，海面上翻起巨大的泡沫。
“野分”號驅逐艦艦長古閑孫太郎海軍中校後來痛苦地回憶說，當他用強大的新型魚雷射擊這艘航空母艦的時候，內心是多麼刺痛啊！這艘航空母艦竟成了他在這次戰爭中的第一個射擊目標！
在這艘航空母艦的最後一次戰斗中，艦上人員共死亡263人。
麥克拉斯基的機群在攻擊“赤城”號的同時，還攻擊了“加賀”號航空母艦。
“加賀”號可沒有像旗艦“赤城”號那樣挺得那麼久。
10時24分，9架美機向它俯沖，各投了1枚炸彈。頭三枚炸彈都差一點命中，在“加賀”號周圍掀起了水柱，沒有造成任何損傷。但接著的6顆炸彈中有4顆擊中了“加賀”號飛行甲板的前段、中段和後段。
擊中最靠近艦艏的炸彈正好落在艦橋旁邊，炸中了停在那里的一輛小加油車，使整個艦橋和四周的甲板區起火，導致許多日軍艦員死傷。艦長岡田次作海軍上校和在這艘軍艦指揮中樞的其他人員當場陣亡。在這場大劫中免于遭難的老資格軍官飛行長天谷孝久海軍中校立即接替了該艦的指揮。
艦上迅即燃起了大火。艦員們拼死努力想制止火勢的蔓延，但失敗了，整個軍艦完全被烈火包圍，幾乎找不到一處可以躲避的地方。天谷海軍中校等大部分人員，不得不撤到右舷的小艇甲板上躲避。
正在“加賀”號的艦員們努力控制艦上的火勢時，一位不速之客悄悄地出現在“加賀”號身邊。這位不速之客便是美軍的潛艇“舡魚”號。
在離“加賀”號航空母艦幾海里之外的藍色海面上，“舡魚”號潛艇的潛望鏡留下了一道白色浪跡。布羅克曼海軍中校跟蹤潛望鏡中的這艘航空母艦已近3個小時。當航空母艦漸漸地停了車時，他在自己的崗位上看得著了迷。航空母艦的艦體平穩，艦殼似乎沒受損，他看到艦上的烈火和濃煙似乎得到了控制。他還看到，艦艏前方海面有只小船，有人企圖把一根拖纜甩上去，另外還能看見前甲板上很多人在忙碌著。
在布羅克曼面前有3個可供選擇的攻擊目標——受損的航空母艦和它的兩艘護航軍艦。那2艘護航軍艦在航空母艦前方約2海里處。
布羅克曼經過一番思考，決定首先對付那個大家伙，結果那艘航空母艦的性命，免得日本的艦員把它修複，或將它拖走。
布羅克曼謹慎地以潛望鏡深度接敵，向航空母艦靠艦橋的右舷方向迂回，以尋機攻擊。
14時10分，布羅克曼進至距航空母艦3100米處。他從潛望鏡中清楚地看到艦上燃燒的大火和忙亂的人員。已經進入最佳發射陣位了。
“放！”隨著布羅克曼一聲令下，第一枚魚雷馳出了發射管。幾秒鍾後，第二、第三枚魚雷先後發射。
布羅克曼確信，這3枚魚雷會全部命中。然而，這只是他的一廂情願。
實際上，有兩枚魚雷脫靶。只有一枚魚雷徑直朝“加賀”號疾射過去。
此時，“加賀”號的國定美男參謀看見這條魚雷疾駛中的白色浪跡，心想這下航空母艦要壽終正寢了，于是屏氣默禱起來。也許是他的禱告有了靈驗，那枚魚雷雖然擊中了“加賀”號艦體，但卻沒有爆炸。魚雷的雷體斷成了兩截，它的彈頭沉下水，後半截卻像塊巨大的軟木浮出水面。
此時，有幾名從“加賀”號上跳水逃生的日本水兵，正在漂浮的魚雷體附近踩水，他們看到突然冒出來一個漂浮物，立即向這只天賜的“救生筏”游去，感恩戴德地抓住它。其中有個人還爬上去騎在它的上面。看見自己的同伴把魚雷當馬騎，這些落水者不禁哈哈大笑，忘卻了眼前的危機。
“舡魚”號發射完3枚魚雷後，立即被護衛“加賀”號的日本驅逐艦“風”號抓住。艦長岩上次一海軍中校熟練自如地指揮著自己的驅逐艦，用深水炸彈對“舡魚”號實施攻擊。
“舡魚”號左逃右躲，全力進行規避。“風”號則緊緊咬住“舡魚”號，連續不斷地實施深水炸彈攻擊。
雖然深水炸彈沒有直接命中“舡魚”號，但有幾顆炸彈在距離潛艇很近的位置爆炸，使潛艇里發生了幾處小滲漏。
為了逃過水面艦的搜索，布羅克決定冒險，下令潛艇停車潛伏。
剛剛潛停下來，艇員們就聽見潛艇的上方發出奇怪的響聲，仿佛有人在艇身上拖一根鏈條似的。接著，甲板上傳來兩次重物撞擊的響聲。聲納操縱手報告說：指示器上到處顯示有螺旋槳的響聲。原來這時正是“風”號從它上方駛過。
經過一番較量，“舡魚”號終于逃脫了“風”號的攻擊。
在“風”號追逐“舡魚”號的同時，“加賀”號上天谷海軍中校帶領消防人員正在與不斷蔓延的烈火繼續搏斗著。但是，他們的努力越來越無濟于事了。
易燃的油漆把大火帶到全艦各部位，誘發了彈藥庫以及機庫里散亂放置的炸彈、魚雷的連鎖大爆炸。劇烈的爆炸所產生的氣浪，把人、物件，甚至艦上的鋼板，都像干柴一樣掀進大海。
“加賀”號病員艙里，一位年輕少尉帶著幾名衛生兵在奮戰。大火阻斷了他們同艦上其他部位的聯系。少尉命令一個衛生兵尋找通道，想辦法把傷員轉移到安全的地方。衛生兵找了一通之後，向少尉彙報說，所有通道都被阻斷。少尉說了聲：“謝謝，你費心了。”隨即無可奈何地把眼睛閉了起來。他准備以身效忠天皇。
此時，一位老資格的士官跑過來，對少尉說：“我們不能束手待斃，可以從舷窗出去。”