然而，這根本不是各艦隊所期待的勝利和歡樂的大會師。4艘最精良的航空母艦已不複存在，日方還損失了332架飛機。
更慘的是，2197名技術優秀、富有實戰經驗的作戰人員在戰斗中喪生。其中：“赤城”號上263人，“飛龍”號上416人，“蒼龍”號上718人，“加賀”號上約800人。
在南云新的旗艦上，軍官們面對這種作戰結局，都感到顏面丟盡，無地自容！
草鹿不動聲色地坐在“長良”號病員艙里，一個衛生兵正替他治療燒傷。這時，首席參謀小石走上前來，沉痛地說：“所有參謀人員都決心以自殺來為中途島戰敗贖罪。請敦促司令長官也下決心這樣做吧！”
當草鹿看見幾艘航空母艦相繼都起火燃燒時，也曾覺得一切都完了。回日本後，他將以何臉面面對江山，面對天皇家族，面對同胞？但經過反複思考後，他改變了自己的想法。他發誓說：“我決不就此罷休。現在還活著的人和死者的英靈都應當站起來保衛國家。仗還要繼續打下去，絕不能以死來解脫！”所以，此時小石前來說服草鹿的確來的不是時候。
只見草鹿兩眼冒火，狠狠地把小石訓了一頓，然後命令小石把南云的全體參謀人員找來。
參謀們到齊之後，草鹿異常激動地闡述了自己的看法。他非常明確地說：“我反對自殺。你們一個個都像瘋婆娘。”他大聲地說著，話音里充滿了鄙棄。“當初你們輕取小勝就無比激動，現在一打敗仗就慷慨激昂地要去自殺。對大日本來說，現在還不是你們說這種話的時候。你們為什麼不想想怎樣通過自己的努力去扭轉局面，反敗為勝呢？我堅決反對自殺。我將把自己的意見報告給司令長官。”
受了這番訓斥後，機動部隊參謀人員要求剖腹自殺的議論銷聲匿跡了。
草鹿在傷口包紮好之後，徑直走到南云的艙室。他發現自己的上司愁眉苦臉、情緒低沉。草鹿把自殺將于事無補的看法反複作了說明，最後語重心長地對南云說：“日本需要我們繼續戰斗下去！”
南云悉心靜聽後說道：“我非常贊賞你的意見。但你必須明白，司令官所做的事並非都要合乎情理。”
草鹿反問道：“司令官，失敗主義情緒于事又有何益呢？”
南云無可奈何地說：“好吧，我決不魯莽行事。”
看到南云的臉上浮現出一縷釋重的表情，草鹿知道自己的話起了作用，才從南云的房間走了出來。
戰斗還沒有完全結束，的“約克城”號航空母艦還要遭到劫難。
6月5日清晨，日本“伊－168”號潛艇艇長田邊彌八少校收到一份來自聯合艦隊司令長官和第6艦隊司令長官的特急電：“我空襲使敵一艘‘企業’級大型航空母艦遭重創，現正漂浮在中途島東北方向150海里的洋面上。令‘伊－168’火速追蹤，將其擊沉。”
從譯電官對無線電的監聽中，田邊對中途島戰役的整個戰況已經有了比較清楚的了解。他知道日本已喪失了攻占中途島的戰機。
為了不影響士氣，田邊並沒有把監聽到的內容以及他個人的看法向艇員們透露。
這項命令給了田邊一次求之不得的機會，使他能替遭受損失的日本航空母艦報仇雪恥。他立即把剛收到的命令傳達到艇上全體官兵。
聽了田邊傳達的命令後，艇上有些人高興得歡呼起來，但也有些人因心情緊張而顫抖起來。
田邊在軍官集會室召集參謀人員，指示他們拿出一份詳細的攻擊方案。
隨後，他自己返回駕駛台，坐在小板凳上，認真地考慮著他是否能發現並捕捉到這艘航空母艦，以及如何才能擊沉它。
田邊估計，在受損的航空母艦四周，一定有嚴密的警戒。航空母艦四周不僅會有驅逐艦護衛，而且還會有飛機在空中巡邏。因此，他可能無法進入擊沉敵艦的陣位。
田邊兩眼凹陷，目光深沉，身材瘦削，舉止優雅。他在駕駛台連續坐了幾個小時，考慮解決問題的辦法。他沒有太多的創造才能，但卻具備了一個潛艇艇長的某些可貴之處——他像一只潛獵老鼠的貓那樣，具有無限的耐心。
田邊反複思考，他在考慮如何才能在最有利的時間發現和攻擊目標。他認為，如果在拂曉時找到那艘航空母艦，是最為有利的。
當時，日本潛艇上還沒有裝備雷達，田邊所依靠的就是自己的目力以及他那副性能良好的12厘米雙筒望遠鏡。為了能看清獵物，他需要一點亮光，但為了不使自己的潛艇被發現，天又不能太亮。因此，拂曉是接近敵艦的最佳時機。
夜幕徐徐降臨。田邊下到艙里去巡查，驚異地發現有些艇員已進入了夢鄉，他們頭上纏著頭巾，做好了充分的作戰准備。另一些人則激動得無法入睡，正聚在一起快活地聊天。
田邊乘夜色朦朧，把潛艇浮出水面，以16節的航速在水面上朝著目標航行。
在潛艇上，一名監視哨兵用望遠鏡警惕地觀察著東方的海面。
4時10分，監視哨兵突然大喊：“右舷前方發現一個黑點！”田邊立即來到哨位上親自觀察。他透過望遠鏡凝視著逐漸變得明亮起來的天邊，心里十分喜悅。
獵物就在大約2萬米開外，而且發現它的時機和它所處的位置對潛艇的攻擊十分有利。
潛艇從西南方迎著冉冉升起的旭日航行，艇員們可以清楚地看見“約克城”號。只要田邊不暴露自己，敵人要發現位于夜色尚未退盡方向的潛艇是有困難的。田邊立即命令把航速從16節減到12節，以減弱潛艇航行時激起的浪花。