觀察哨不斷報告“敵人在逼近”，可是艙下傳來的總是“電機仍無法使用”。怎麼辦？下潛還是繼續在水面航行？或者是在迫不得已時和驅逐艦撞個同歸于盡？
按田邊的脾氣，他倒很想與敵艦同歸于盡。可是，他又考慮到艦上的人和他們的家小。他看了看表，離日落還有30分鍾。此時，驅逐艦的艦炮開始對潛艇實施交叉射擊。
田邊問副艦長：“我們已有多少空氣了？”
副艦長答道：“已上升到了80千克。”
田邊立即下令：“緊急下潛到60米深度。”
接著，主機械師那里傳來了振奮人心的消息：“電機已能使用。”
驅逐艦似乎又失去了目標，它們的炮彈和深水炸彈落得越來越遠。
田邊指揮“伊－168”潛艇打贏了這一仗。
15時50分，潛艇浮出水面。在13個小時中，田邊和艇上官兵除喝過一杯水慶賀勝利外，既沒吃也沒喝。
當田邊確實弄清可以在海面上自由航行後，他下令說：“打開艙蓋，換換新鮮空氣。”
在夜晚的微風中，“伊－168”的艇員們深深地呼吸著這清新的、略帶咸味的空氣，他們感到心情特別舒暢。
此時，又有一件事情引起了田邊的擔心。艇上的燃油已經所剩不多，恐怕到不了吳港。
田邊找到了解決這個問題的辦法。他只使用艇上兩台發動機中的一台，用油箱里僅剩下的800千克燃油，熟練地把潛艇開到了吳港。
進港時，他和全體官兵像英雄一樣受到了歡迎。
“約克城”號令人難以置信地在海上漂了一夜，直到將近拂曉時分，它的艦員以及擔任警戒的艦艇才真正把它放棄。
當驅逐艦中隊司令愛德華·P.索爾海軍上校看著這艘巨型航空母艦已實在無可救藥時，才讓各驅逐艦圍聚在它的四周，向它舉行了告別儀式。
目睹它奄奄一息的慘景，美軍官兵心中十分難受。
在絢麗的晨曦中，“約克城”號下沉的速度越來越快。美軍的驅逐艦列隊就位，注視著它沉入大海。目送自己的大型軍艦海葬，是個莊嚴肅穆、催人淚下的場面。它沉沒時，各艦下半旗，全體人員脫帽肅立。
“約克城”號于6月7日4時58分沉沒。至此，美軍第17特混艦隊大體上就解體了。弗萊徹率“阿斯托利亞”號和“波特蘭”號返回珍珠港。“巴爾奇”號、“休斯”號和“莫納漢”號在加油點被編入第16特混艦隊。巴克馬斯特及其部下從“巴爾奇”號轉到“格溫”號，隨同載著“漢曼”號的幸存者的“本漢姆”號同時回國。
巴克馬斯特回國後，彙報了“約克城”號的作戰情況。該艦的作戰使他感到驕傲，同時也使他很悲傷。他在報告末尾寫道：
在所有這些戰斗中，以及在為這些戰斗進行海上訓練的許多星期里，“約克城”號的戰斗精神是無與倫比的。即使它在戰斗中光榮犧牲了，它的戰斗精神仍與世永存。我們這些有幸能在這艘英勇的航空母艦上服役的人，不僅衷心希望它能永存于我們的記憶之中，而且希望能把它的艦員集中在一起，讓他們操縱、管理一艘新的、最好還以“約克城”號命名的航空母艦，用它去同敵人戰斗！
6月9日，戰敗的艦隊繼續向西退卻。鉛灰色的天空，云層低垂。從海上升起的霧氣像幽靈似的盤旋飄忽，彌漫在條條桅杆之間。大海似乎此時也反映了日本艦隊的氣氛，它波濤洶湧，濁浪排空，極不平靜。
旗艦上的山本感到頭暈目眩，心里悶悶不樂。他下令“長良”號向“大和”號靠攏。他要召集艦隊的主要參謀人員到艦上來開會。被召參加會議的人員有草鹿、源田、艦隊官大石等。在草鹿等人到來之前，山本已將宇垣、黑島、渡邊、佐佐木和有馬等人召集在一起。
山本知道，“大和”號的退卻，宣告了中途島戰役行動的失敗。他也知道，參謀們已得出了某些不利于第1航空艦隊及其負責軍官的結論。所以，他指示這些人不要提出任何批評意見。他斷然下令：“決不許對外人說潛艇部隊和第1航空艦隊要對中途島戰敗負責之類的話。責任在我。”
黑島對草鹿一直意見特別大。山本專門叮囑這個容易激動的親信，對他說：“不要責怪南云和草鹿。失敗的責任在我。”
草鹿等人從“長良”號上下來時，身上還穿著厚厚的冬服，一個時期來的鏖戰使他們都顯得精疲力竭。草鹿拄著根手杖，而書記官大石的軍服已破爛不堪。
代表們走進山本的艙室。草鹿作為第1航空艦隊的參謀長首先作了長篇發言，談了他自己對這次災難性失敗原因的看法。他講了6個基本點：（1）由于會合有困難，不得不在戰斗打響前就打破了無線電靜默。（2）搜索飛機在折返前未能發現敵人。（3）准備第二波攻擊時，由于回收飛機造成了混亂局面。（4）轟炸機由于換裝魚雷而耽誤了時間。（5）等候第一波戰斗機返航又造成了耽擱。（6）航空母艦過于集中造成了許多不利。
草鹿講的這些，無疑都是日軍此次戰敗的原因。但是，他所列舉的都只是第1航空艦隊戰敗的原因，而不是中途島之戰日軍戰敗的全部原因。由于草鹿自己離“畫面”太近，他無法看清中途島之戰這幅“畫”的全貌。
事實上，日軍中途島失利的原因是多方面的。