其中一個根本原因，是山本五十六上將犯了“分散兵力”的兵家大忌。山本不是把參戰的部隊集中使用，而是采取了分散兵力的方針，結果各部隊的兵力都比較薄弱。從戰略上看，分散部署在阿留申的兵力是不必要的，因為這支兵力的目的僅僅是為了摧毀那里的美軍設施和短時間占領北方幾個小島，然後再予放棄。而且分散兵力還不只限于兵分兩路，在中途島方向作戰的兵力也是分散使用的。南云的航空母艦部隊在中途島西北；山本的戰列艦主力在後面300海里處；近藤的攻略部隊主力在中途島的南面或西南；栗田的直接支援部隊同攻略部隊輸送船團則從西南接近中途島。兵力不集中，對陸、海、空作戰都是一種基本戰術弱點。在中途島，這一弱點給美軍殲滅南云部隊提供了方便條件。南云的航空母艦被殲後，日本方面由于兵力分散而產生的弱點使日軍幾乎完全喪失了戰斗力。與此相反，美方部隊的部署卻是緊湊有力的。美軍的參戰部隊雖然一分為二，但是兩部分兵力配置的距離並不遠，保持了緊密的戰役戰術聯系，其艦載機完全可以集中攻擊同一個目標。在所有的作戰原則中，“確立明確的作戰目標”是最重要的一條。然而，就是在這個問題上，日軍摔了一個很重的跟斗。日軍所設計的中途島作戰，從一開始就是一個“雙頭怪物”，兩種意見爭論不休。山本一方面計劃攻取中途島環礁，另一方面又打算誘殲美太平洋艦隊殘部。就連剛剛培養出來的日本海軍少尉也能看出這兩個目標猶如水火，不能相容。更為糟糕的是，在這兩個目標中，日本人還搞錯了重點。在聯合艦隊看來，攻占中途島是首要任務，而殲滅太平洋艦隊是次要任務。他們正好把兩者的重要性搞顛倒了。如果日軍首先集中兵力消滅尼米茲在中太平洋殘存的主力艦只，然後就可以輕而易舉地拿下中途島。但是，這個十分淺顯的道理日本人卻沒搞明白。日本的曆史學者千早先生研究了半天，也沒弄清中途島作戰究竟要干什麼，他說：“是要把中途島戰役作為進攻夏威夷群島的准備嗎？但是想當初，形勢對我們有利得多，我們尚且不能一舉攻占夏威夷，我們又怎能在這個階段占領它呢？這次戰役是為全面大決戰作准備嗎？但是這種解釋也不能令人信服……如果把它作為醞釀已久的‘艦隊大戰’，為什麼他們不再等兩個月，待另外的2艘航空母艦修好後，6艘航空母艦一起出動呢？而且，為什麼又要加上中途島和阿留申群島……這些累贅呢？但是，盡管矛盾百出，這個計劃還是被強制實施了。結果落了個應得的下場。”
南云作為直接指揮作戰的戰場指揮官，犯了3個嚴重錯誤。第一，在空襲中途島那天清晨，他沒有做出充分的搜索部署，沒能及時發現美軍的特混艦隊，致使他的部隊處于被動挨打的地位。第二，南云所采取的艦載機戰斗編組方法有問題。他把艦載機編為兩個攻擊波，每個攻擊波都是從4艘航空母艦上按比例抽調出來的飛機編成的，而不是由兩艘航空母艦的飛機編成第一攻擊波，另外兩艘航空母艦的飛機編成第二攻擊波。雖然同時使用四艘航空母艦的飛機可以縮短飛機起飛和回收的時間，但在收回飛機時及飛機起飛前必然十分脆弱，因為那時4艘航空母艦全都忙得不可開交，不能馬上使自己的飛機起飛，以抗擊敵機的進攻。倘若南云只從兩艘航空母艦上派出飛機去空襲中途島，讓另外兩艘航空母艦的飛機待機以備萬一，情況就不會是這樣了。第三，在南云發現美軍特混艦隊有一艘航空母艦後，沒有立即用全部飛機進攻。不管這些飛機裝備的彈藥是否合適，或甚至沒有戰斗機掩護，也應該出動。這樣做所冒的風險誠然很大，但絕不會比正當飛機在甲板上擺著、手忙腳亂地加油和更換彈藥時遭到敵艦載機攻擊的風險更大。南云當時可能存在一種僥幸，認為美軍不會在這最不堪一擊的時刻來進攻，但美軍恰恰是在這一時機來進攻的。但是，對于日軍戰敗的上述原因，有些是草鹿能夠認識到的，有些則是他認識不到的。
草鹿的彙報既沒有怨天尤人，也沒有尋找借口。他強調說，明智的辦法是向日本國民說明真情。他鄭重其事地對山本說：“南云長官和我對這次戰敗負有重大責任。對此，我們將毫不怨言地接受任何懲處。但我希望給我們一點特別關照，以使我倆能像以前那樣有機會在前線還清這筆舊賬。”
聽了草鹿的坦言，山本激動得熱淚盈眶，喃喃地說：“行啊，行啊！”
過了一會兒，宇垣對草鹿說：“我們聯合艦隊司令部自身也犯了許多錯誤，我們對第1航空艦隊深表歉意。但中途島的挫折不應使我們悲觀，還有更加艱巨的作戰任務等著我們。我們不僅要進行北方作戰，同時還要進行南方作戰。目前，當務之急是給北方提供足夠的力量，以便有效地對付敵人可能在那里的活動。同時，也為今後尋機報仇創造條件。”宇垣最後強調說：“如何恢複艦隊的空中力量是當務之急，所以請你們過來共商大計。”
在對一些問題進行討論之後，大約16時，宇垣把草鹿一行送回“長良”號，並給每人送了一點小禮品，還送了2000日元作為日常費用。
召開這次小小的碰頭會真實目的是什麼呢？宇垣在他的日記中這樣寫道：“遭到如此沉重的打擊，大家無不痛心。作為每一個責任人，怎樣對待自己的生命當然是個人的事，但應當盡量保存寶貴的指揮員和戰斗員。我左思右想，不禁對他們起了惻隱之心。在冷靜達觀和武士道精神這兩者之間，決不能促使其作出錯誤的選擇。”
草鹿回到“長良”號上時，已不像早晨離開時那麼沮喪了。他指示該艦立即加速，直駛吳港，以便上陸後能立即著手制定重建部隊的計劃。
眼看著就要回國了，水兵們情緒漸漸好了起來。但到達吳港後所發生的事情，卻是他們怎麼也沒有想到的。
一進港，他們就立即被隔離了。不准他們上岸，也不准與艦外任何人接觸，甚至連艦長也不例外。只有司令部的個別參謀人員因工作特別需要才能進出。
水兵們只好都留在艦上，望著岸上的燈火而興歎。
為了對日本國民封鎖中途島戰敗的消息，日本軍方和政府采取了多種措施。
6月10日，海軍軍令部副總長和副海軍大臣聯名下達一項通知：“茲決定公布中途島海戰中我方損失如下：一艘航空母艦損失，一艘航空母艦受重創，一艘巡洋艦受重創，35架飛機未能返回。”
5天後，宇垣又下達了一個補充通知：“除大本營公布的情況外，在海軍內外都不許透露有關中途島和阿留申戰役的任何情況。在海軍內部將公布‘加賀’號已損失、‘蒼龍’號和‘三隈’號遭重創，但這幾艘艦的名字將不對外公布。”
草鹿發現政府沒有像他所忠告的那樣把中途島戰役的真相告訴國民，非常失望，也非常反感。他懂得保持國內斗志的必要性，但他認為要取得戰爭勝利，全國都必須認真對待這場戰爭。為此目的，人民必須了解戰爭的進展情況，他們不僅可以分享部隊勝利的歡樂，也應分擔部隊的憂愁。
可是，日本官方報刊卻大肆吹噓在中途島戰役中日本取得了重大勝利。而且在所有戰況報道之前，都要播放慶祝勝利時的樂曲《戰列艦進行曲》。
6月11日，日本官方的《日本時報與廣告報》刊登了一幅奇怪的圖畫。畫中有一艘美國航空母艦遭日機攻擊，正在下沉。圖畫上方的解說詞是：海軍再次取得劃時代的勝利。畫面的下方有一段熱情奔放的文字，開頭幾行是：“美國企圖以艦載機對日本進行游擊戰之全部希望已成泡影。強大的帝國海軍又擊沉了兩艘大型美艦。這一劃時代的勝利是于6月4日至7日奇襲阿留申群島的荷蘭港以及中途島時取得的。戰爭開始時，美國有7艘航空母艦，現在只剩下了兩艘……”