昭宗返回長安後，朱全忠很快發兵將朝中宦官全部殺死，同時下令各地藩鎮將擔任監軍的宦官一律殺死，多年來宦官專權的局面結束了，但唐朝也到了癌症晚期。朱全忠為了更好地控制昭宗，天祐元年（904）正月，他提出要皇帝遷都洛陽。為了杜絕唐朝故舊對長安的念想，朱全忠下令將長安居民按戶籍遷居，宮室和民居全部毀掉，房屋被拆後的木材扔在渭河當中，順河而下，月余不息。千年古都成為廢墟，長安城哭聲一片，關中百姓在遷徙途中大罵崔胤是“國賊”，斥責他引來朱全忠傾覆社稷，連累眾生。
四月，昭宗到達陝州（今河南三門峽），哀求朱全忠說，中宮剛剛生育，月子里出行不方便，請求到十月再入洛陽宮。朱全忠認為他是有意拖延待變，很是惱怒，惡狠狠地對手下牙將寇彥卿說：“你馬上到陝州，立即督促官家動身。”
昭宗無奈，只好從陝州出發。此刻昭宗身邊已沒有了禁衛親軍，隨從他東遷者只有諸王、小宦官十幾人和打馬球的內園小兒共二百余人。朱全忠仍然不放心，擔心這些人也會惹是生非，為防止節外生枝，下令將他們全部坑殺，將皇帝身邊的侍衛全部換成了自己的部下。
就這樣，遷都到洛陽的昭宗完全成為朱全忠的傀儡和招牌。朱全忠成為控制關東和關中大部分地區的最大的軍閥，他覬覦皇位已久，篡國之謀已是司馬昭之心，路人皆知。太原李克用、鳳翔李茂貞、西川王建等連盟舉義，打出了“興複”的旗號來和朱全忠對抗。
昭宗自離長安，終日與皇後宮女喝酒自慰，但還是擔憂發生不測。朱全忠也擔心昭宗再次成為對手的招牌，就對他下了殺手。八月十一日夜，蔣玄暉率龍武軍將史太等百人來到皇宮內門，聲稱有緊急軍務面奏皇上，內門打開，蔣玄暉每門留兵十人把守，其他人一直沖到皇帝寢宮所在椒殿院。貞一皇妃打開院門，對蔣玄暉說：“急奏不應帶兵來呀！”話音未落，被史太一刀砍死。蔣玄暉帶人急沖到殿下，大聲問：“至尊何在？”昭儀李漸榮在門外道：“院使（指蔣玄暉）莫傷官家，甯殺我輩。”昭宗此刻半醉半醒，聽到動靜不妙，馬上從床上爬起來。史太早已持劍進入椒殿，昭宗身著睡衣繞著殿內的柱子逃命，被史太追上，一劍結果了性命。昭儀李漸榮想以身保護皇上，也一起被殺。何皇後苦苦哀求，蔣玄暉才放她一條活路。就這樣，年僅38歲的昭宗成為朱全忠圖謀篡國的刀下鬼。
名副其實的哀帝
哀帝李柷是昭宗第九子，昭宗被殺以後，蔣玄暉假傳遺詔擁立他即位。但他只是傀儡，一切政事都由朱全忠決策。他即位以後甚至都沒有改元，一直在使用“天祐”年號。
天祐二年（905）六月，朱全忠在親信李振和朝廷宰相柳璨的鼓動下，將裴樞、獨孤損、崔遠等朝廷衣冠之流三十多人集中到黃河邊的白馬驛全部殺死，投尸于河，制造了驚人的“白馬之變”。李振多年參加進士科考試總是不中，對裴樞等人懷有切膚之痛。他對朱全忠道：“這些人常自謂清流，現在投入黃河，就變成濁流了。”朱全忠大笑，這實際上掃除了他篡位過程中的一大障礙。
十二月，朱全忠借故處死了樞密使蔣玄暉，又將哀帝母後何氏殺死，並廢黜為庶人。不久，宰相柳璨被貶賜死，其弟兄也被全部處死。太常卿張廷范被五馬分尸，其同伙也被除名賜死者。朱全忠已是生殺予奪，大權在握了。
天祐四年（907）三月，經過一番假意的推辭，時為天下兵馬元帥、梁王的朱全忠接受了哀帝的“禪位”。建國號梁，改元開平，以開封為國都，史稱後梁。唐朝正式滅亡了。
哀帝先被降為濟陰王，遷往開封以北的曹州（今山東菏澤）。由于太原李克用、鳳翔李茂貞、西川王建等仍然奉天祐正朔，不承認朱全忠的梁朝，朱全忠擔心各地軍閥的擁立會使廢帝成為身邊的定時炸彈，干脆一不做二不休，于天祐五年（908）二月二十一日將年僅17歲的哀帝鴆殺。朱全忠為他加諡曰“哀皇帝”，以王禮葬于濟陰縣定陶鄉（今山東定陶縣）。
虛待齋曰
唐朝這三位末代皇帝，個人都沒有多大寫頭，但唐朝的滅亡還是令我們感歎當時人民的苦難和文明的衰落。長安作為的七朝古都，先後有2038年之久的輝煌，受到朱溫最慘重的一次破壞，從此喪失了首都的資格。中國文明的重心也離開涇渭平原，移向華北平原，之後再從黃河流域移向長江流域。
唐朝滅亡的根本原因，還是當時的政治體制。節度使權力太大，不僅統兵，還掌握當地的政治經濟，尤其是控制當地的稅收，這為他們招兵買馬犯上作亂創造了極好的條件，安史之亂的爆發就是明證。這個問題直到北宋開國皇帝趙匡胤才解決，他將政軍分開，將帶兵權和指揮權分開，同時降低軍人地位，頻繁調動將領崗位……從此避免了軍人政變叛亂的可能。但這些都是後話，留到以後再說吧。