二月初五，臨安皇城里舉行了受降儀式，趙顯宣布正式退位，當皇帝只有一年半的時間。三月二日，伯顏以勝利者的姿態進入臨安。元世祖忽必烈下達詔書，要伯顏送宋朝君臣速往大都朝見，趙顯同全氏和少數侍從離開臨安，踏上前往大都的路程。謝太後因有病在身，並未同行，但不久也在元軍的逼迫下啟程北上。
宋室江山是太祖趙匡胤從後周孤兒寡母手中奪得，最後又失于孤兒寡母之手。後人寫詩譏諷道：“當日陳橋驛里時，欺他寡婦與孤兒。誰知三百余年後，寡婦孤兒亦被欺。”
陪葬兩小孩
在元軍進入臨安以前，謝太後封了宋度宗的另外兩個兒子，8歲的趙昰為益王、判福州、福建安撫大使，4歲的趙昺為廣王、判泉州兼判南外宗正，命人保護二王逃出了臨安。趙昰一行躲過元軍的層層圍堵，到達溫州。大臣陸秀夫派人招來了躲藏于此的陳宜中，張世傑也率兵從定海前來會合。溫州有座江心寺，南宋初年高宗南逃的時候曾到過這里，其禦座此時還保存完好，眾人于座下大哭，擁戴益王趙昰為天下兵馬都元帥，廣王趙昺為副元帥。此後這兩個小孩就成為宋室遺民心中僅存的希望。
都元帥府成立後，眾人決定前往遠離元軍威脅的福建。五月一日，趙昰在福州即位，就是端宗，改元景炎。冊封楊淑妃為太後，垂簾聽政，進封趙昺為衛王。流亡小朝廷在福州建立起來，並粗具規模。
這時外臨強敵，內部卻開始爭權奪利，官員之間相互傾軋，分化了本已非常孱弱的力量。楊淑妃的弟弟楊亮節居中掌權，秀王趙與檡以趙氏宗親的身份對楊亮節的所作所為多所諫止，遭到楊亮節的忌恨。楊亮節把趙與檡派往浙東。朝臣中有人說，秀王忠孝兩全，應該留下來輔佐朝廷，楊亮節聽後更為憂慮，擔心自己地位難保，驅逐趙與檡的心意更加堅決。趙與檡後來在處州與元軍交戰，被俘不屈而死。宰相陳宜中此時又使出自己擅長的黨同伐異手段，排斥異已，指使言官將陸秀夫彈劾出朝廷。在小朝廷立足未穩的時刻，陳宜中的這種行為引起眾人的普遍不滿，張世傑責備陳宜中說：“現在是什麼時候？還在動不動就以台諫論人！”陳宜中無奈之下，將陸秀夫召回。
南宋雖然已經投降元朝，但還有許多地區依然掌握在宋室遺民的手中。福建、兩廣大片地區仍處在流亡小朝廷的控制之下，李庭芝堅守的淮東、淮西地區也進行著拉鋸戰。但在元軍的進攻下，淮東、淮西等地相繼失陷，李庭芝戰死。景炎元年（1276）十一月，元軍逼近福州，此時小朝廷還有正規軍17萬，民兵30萬，淮兵萬人，擁有的兵力遠比元軍要多，完全可以與之一較高下，但由于朝政由陳宜中、張世傑二人主持，陳宜中一直就是膽小鬼，張世傑也“惟務遠遁”，因此小朝廷在福州立足未穩，又開始了逃亡。十一月十五日，陳宜中、張世傑護送著端宗趙昰、衛王趙昺及楊太妃乘一艘海船逃跑，剛剛入海，就與元朝水軍相遇，由于天氣不好，大霧彌漫，才僥幸得以脫身。離開福州之後，小朝廷失去了最後一個根據地，此後只能建立海上行朝，四處流亡。
端宗一行輾轉泉州、潮州、惠州等地。景炎三年（1278）春，來到雷州附近。逃亡途中，宰相陳宜中借口聯絡占城，一去不返，第三次充當了可恥的逃兵。端宗由于在逃亡途中受到颶風驚嚇，驚恐成疾，四月十五日死亡，年僅11歲。端宗死後，群龍無首，眼看小朝廷就要分崩離析，陸秀夫慷慨激昂，振作士氣：“諸君為何散去？度宗一子還在，他怎麼辦呢？古人有靠一城一旅複興的，何況如今還有上萬將士，只要老天不絕趙氏，難道不能再造一個國家麼？”眾臣便又擁立年方7歲的趙昺為帝，由楊太後垂簾聽政，改元祥興。
元軍步步為營，小朝廷已陷入三面包圍之下。到達崖山時，小朝廷尚有正規軍和民兵20萬人，而進攻的元軍只有數萬，僅就兵力而言，雙方相差懸殊，且元軍不善水戰，宋軍無疑占有優勢。但張世傑已經對前途不抱希望，放棄了對崖門入海口的控制，把千余艘戰船背山面海，用大索連接，四面圍起樓柵，結成水寨方陣，把木制戰船兩側用襯墊覆蓋，以防禦元軍的火箭和炮弩，趙昺的禦船居于方陣之中，打算在此死守。張世傑此舉有兩大失誤，一是放棄了對入海口的控制權，等于把戰爭的主動權拱手交給了對方；二是把千余戰船貫以大索，結成水寨，雖然集中了力量，但卻喪失了機動性，相當于把宋軍暴露在敵人面前，任人攻打。元將張弘范率水軍趕到，控制了崖山之南的入海口，又從北面和南面兩個側翼切斷了宋軍的所有退路。宋軍陷入孤立無援的境地，在10多天的防禦戰中，將士們只能以干糧充饑，飲海水解渴，飲過海水的士兵嘔吐不止，戰斗力嚴重削弱。
一個暴風雨的早晨，元軍對宋軍發起總攻。元將李恒指揮水軍利用早晨退潮、海水南流的時機，渡過平時戰艦難以渡過的淺水，從北面對宋軍發動了一場突襲，到中午，北面的宋軍已被元軍擊潰。南面的元軍又在張弘范的指揮下，利用中午漲潮、海水北流的時機，向宋軍發動了另一次進攻。宋軍南北受敵，士兵又身心疲憊，無力戰斗，全線潰敗。戰斗從黎明進行到黃昏，宋軍多艘戰艦被毀。張世傑見水師陣腳大亂，戰船為大索聯貫，進退不得，下令砍斷繩索，率10余戰艦護衛楊太後突圍。
張世傑率帥船殺到外圍，見趙昺的禦船過于龐大，被外圍的船只阻隔在中間，無法突圍，便派小舟前去接應。當時天色已晚，海面上風雨大作，對面不辨人影，陸秀夫惟恐小船為元軍假冒，斷然拒絕來人將趙昺接走。張世傑無奈，只得率戰艦護衛著楊太後殺出崖門。宋軍敗局已定，陸秀夫知道已沒有逃脫的可能，便把自己的妻子兒子趕下大海，然後對趙昺說：“事已至此，陛下當為國捐軀。德祐皇帝受辱已甚，陛下不可再辱！”趙昺身穿龍袍，胸掛玉璽，趴到陸秀夫背上，一起跳海自盡。官員、婦女、將士們也紛紛隨之跳海。幾天之後，張世傑聞知皇帝已死，決心以死相拼，最後船沉而死。
數天之後，陸秀夫遺體浮出海面，被鄉人收葬。元軍在清理戰場的時候，發現一具身穿黃衣的幼童尸體，身上帶有金璽，上書“詔書之寶”四字，送交張弘范，經確認是趙昺所帶玉璽。張弘范再派人尋找趙昺尸體時，已下落不明。南宋的最後一位皇帝趙昺，連個陵墓都沒有留給後人。
青燈古佛度余生
再說宋恭帝趙顯隨謝太後到了大都，忽必烈召見了他，封他為瀛國公。全皇後、謝太後都封了爵位，基本上都得到了較好的安置。南宋不同于金國，蒙古人對南宋並沒有直接的仇恨，金國被蒙古滅掉後，完顏皇家宗室被全部殺死，一個也沒留。但南宋趙氏、皇親投降了元朝後，基本都沒有加害。