同治皇帝的惠陵主同治死于梅毒說。也主要是根據曆史檔案和翁同龢日記。野史中也有載述，《清宮遺聞》記載，同治到私娼處，致染梅毒。翁同龢日記云：十一月二十三日，“晤太醫李竹軒、莊某于內務府坐處，據云：脈息皆弱而無力，腰間腫處，兩孔皆流膿，亦流腥水，而根盤甚大，漸流向背，外潰則口甚大，內潰則不可言，意甚為難。”二十八日又記：太醫云：“腰間潰如椀，其口在邊上，揭膏藥則汁如箭激，丑刻如此，卯刻複揭，又流半盅。”二十九日再記：見“禦醫為他揭膏藥擠膿，膿已半盅，色白而氣腥，漫腫一片，腰以
下皆平，色微紫，看上去病已深。”李慈銘日記也記載：“上旋患癰，項腹皆一，皆膿潰。”但他又說：“宮廷隔絕，其事莫能詳也。”
但清宮史專家指出，清朝的典章制度是非常嚴格的，皇帝私自從紫禁城里出去尋花問柳，是沒有什麼可能性的。另一種意見卻認為，同治重修圓明園計劃遭百官反對而失敗後，百般無聊，便在太監引導下，微服出宮，尋歡取樂。時外國人可能已知同治帝之病，如美國公使給本國政府的報告說，“同治皇帝病若以西醫及科學方法診治，決無不可醫治之理，決非不治之症。”然而，同治帝是一國之君，太醫開方要經過嚴審，出于為君者諱，是不能公布病症實情，也不能按病開方，下藥不對症，醫治無療效。
主同治死于天花梅毒說。也主要是根據曆史檔案與文獻資料推斷。禦醫診斷同治的症狀是：濕毒乘虛流聚，腰間紅腫潰破，漫流膿水，腿痛盤攣，頭頸、胳膊、膝上發出痘癰腫痛。這種看法是：同治或先患天花未愈而又染上梅毒，或先患梅毒而又染上天花，兩種疾病並發，醫治無效而死。
民間對于同治皇帝死因有種種說法，清朝官方則保持沉默，不予申辯。因此，同治到底是死于什麼病，成了一個曆史疑案。
同治死後，慈安皇太後、慈禧皇太後急召惇親王奕、恭親王奕、醇親王奕，孚郡王奕、惠郡王奕詳，貝勒載治、載澂、公奕謨，禦前大臣伯彥訥謨祜、奕劻、景壽，軍機大臣寶鋆、沈桂芬、李鴻藻，內務府大臣英桂、崇綸、魁齡、榮祿、明善、貴寶、文錫，直弘德殿徐桐、翁同龢、王慶祺，南書房黃鈺、潘祖蔭、孫詒經、徐郙、張家驤入，奉懿旨，以醇親王之子載湉——既是同治的堂弟，又是同治的姨表弟，入繼文宗(咸豐)，為嗣皇帝。
《清史稿·穆宗本紀》論曰：“沖齡即祚，母後垂簾。國運中興，十年之間，盜賊刬(chǎn)平，中外乂安。非夫宮府一體，將相協和，何以臻茲！”同治年間，機遇難得：內處“太平軍”與“義和團”兩大社會動蕩之間，外處英法聯軍與八國聯軍兩次入侵之間。太後垂簾，親王議政，宮府一體，尚能協和，推行新政，有一定成效。
同治壽短病故，載湉入繼大統，就是光緒皇帝。
載淳個人小檔案
姓名：愛新覺羅·載淳出生：咸豐六年(1856年)三月二十三日
屬相：龍卒年：同治十三年(1874年)
享年：19歲諡號：毅皇帝
廟號：穆宗陵寢：惠陵(清東陵)
父親：奕(咸豐)母親：葉赫那拉氏，後尊為孝欽顯皇後
初婚：16歲結婚，配偶阿魯特氏，配偶：5人，皇後阿魯特氏
為皇後
子女：無繼位人：載湉(光緒)
最得意：興辦維新諸事最失意：父親早故
最不幸：身後皇後自盡最痛心：無子女
最擅長：戲耍
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(1)閻崇年：《清朝皇帝列傳·同治皇帝》，紫禁城出版社，2002年
(2)徐立亭：《咸豐同治帝》，吉林文史出版社，1993年
(3)馬東玉主編：《清朝通史·咸豐同治朝》，紫禁城出版社，2003年