清軍與天地會作戰，一直倚仗火器遠放，不與其近戰。楊秀清、韋昌輝早琢磨透了清軍這個弱點，設計出相應的戰術訓練太平軍。太平軍先以火罐投入清軍陣營，擾亂清軍的隊伍，使其不能從容列陣放槍；然後用木石搭架，支上藤制盾牌，宛如坦克一般，抵擋清軍的炮火槍彈，掩護士兵沖進清軍隊列近戰。在近戰中，太平軍放棄傳統近戰武器大刀、短矛，改用羅大綱、洪大全等天地會舊部設計的"竹針"。竹針長丈余，頭部綁上尺許長的鐵尖，由兩個人前後交持，躲在藤牌後面專刺敵人胸部，清軍身無防具，被打得落荒而逃。
太平軍邊沖鋒，邊唱頌拜上帝教贊美天父、天兄和教主洪秀全的詩歌，在狂熱的宗教信仰的躁動下，"視死如歸，赤身赴敵"，勇猛得超出了清軍的想象。清軍統帥甚至懷疑太平軍士兵吃了迷幻藥，"吃迷藥，受創不知在己，死而後已"。
戰至天黑，清軍終于不支，大敗而歸，這場動員數萬人的空前慘烈的決戰，以太平軍獲勝告終。
周天爵等為畢其功于一役，動員了數省精兵，仍不免一敗，他們不得不承認，遇到了前所未見的高明對手。周天爵的評價尤其深刻："軍令死一隊長，則一隊全斬；又飲以藥水。其剽忽不及闖、獻，而深沉過之。綜觀所有大帥，無與敵者！嘻！莫非氣數也夫？"周天爵雖然妄圖一百破兩萬五，有點迂憨可笑，見識卻是不差。他已經看出太平軍以如同戰國時秦軍一樣的鐵的紀律部勒，已不同于曆史上其他造反大軍，如李闖王，張獻忠般的烏合之眾，僅靠血氣之勇（剽）和流動戰術（忽）作戰。楊秀清統率下的太平軍，不是烏合的"流賊"，而是堅重深沉，訓練有素的正規軍、職業軍。在連番挨打後，周天爵徹底服輸，認為這支軍隊是清廷不可戰勝的。至于他將太平軍狂熱的宗教信仰理解為吃藥並上奏朝廷，則未免流于搞笑。（周天爵的奏報，大都有一股趙本山味。）
三里圩大敗周天爵，避免了太平天國政權被扼殺于搖籃中，也使楊秀清在軍中的地位更加牢固。這個農民出身的天才，此時已完全證明了自己卓絕的治軍才華。嚴格挑選訓練部隊，大量派出斥候騷擾偵察，注重防禦工事修建，根據戰場合理配置兵器，正面主力決戰與戰場欺詐結合，逐次投入預備兵力，以根據地為依托，迎敵于國門之外：這幾條楊秀清式的戰法，在天京變亂前，一直被太平軍上下遵守，使得太平軍長期保持與湘軍精銳不相上下的戰斗力，在兵力相當甚至少于清軍的情況下，屢屢獲得勝利。可惜馮云山、楊秀清死後，這些戰術方針被執掌軍權的石達開等人盡棄。太平軍瘋狂擴軍，軍法廢弛，畏懼陣地戰，專好流竄作戰，又重新回到李闖、黃巢的"流賊"老路上去，以至于百萬大軍，盡為曾國藩數萬人所破。此為後話。
周天爵屢次大敗後，不做天師，專學兵仙。周天爵研究"兵仙"韓信背水一戰，置之死地而後生的戰術思想，提出一個周氏"坐戰"策略。傳統"坐戰"，無非就是修碉堡，挖壕溝，設立炮台，圍困死守，決不出戰，一直等敵人糧盡突圍再行殲滅。周天爵的"坐戰"又有其驚人的創新：他挖掘壕溝，修築要塞，不但要圍困太平軍，更要使清軍一同被圍困在戰區內，用"四面皆厚牆深壕"使得敵我兩方"死即同死，生則俱生"。通俗了講，就是哥幾個全都困在這里，誰也出不去，都別當逃兵，要死一起死，置之死地而後生。修碉堡斷自己的退路，實為軍事史上一大奇談，周天爵搞笑功力竟深厚至此。
周天爵的"坐戰"策略，除了將清軍也困入陣地的做法，其他倒與後來湘軍的圍城戰術暗合，都是以蠻破巧的路子。太平軍被"坐戰"的清軍碉堡、壕溝圍困，雖然軍無大損，但數萬人困坐一隅，後勤卻發生了困難，糧食尚足支，最缺的是食鹽、洋煙。本來馮云山制定的十款天條是禁止教徒吹洋煙的，太平軍統帥也以身作則，上行下效，風化肅然。問題就壞在清妖頭目周天爵太不是東西，居然在兩軍對陣時抽起煙來，而且這老清妖抽煙居然抽得十分有型，一杆煙槍用得光彩照人、威風八面，如武侯諸葛亮臨世，汾陽郭子儀重生。太平軍見清妖頭目巨酷無比，士氣盡為所奪。不得已，洪、楊、馮、蕭只得也學周天爵抽起煙來，反正都是吹煙，要吹不如吹洋煙。太平軍上下見主帥吹起洋煙，瀟灑勝過周天爵，于是斗志昂揚。從此洋煙就成為太平軍必備的戰略物品。太平軍派出精干士兵，偷越"大頭妖"張釗防守的黔江，購買食鹽、洋煙，因購買洋煙、食鹽，前後損失士卒數百人。周天爵上奏咸豐皇帝，"凡拿獲二十余匪訊供，俱系偷買食鹽之人，屢殺屢出，皆因無食鹽、洋煙之故，""皆因爭渡、截殺、轟擊、淹溺者數百人。"
周天爵見太平軍急切尋覓煙、鹽，暗中使壞，"差人售入毒鹽六石"，毒害不少太平軍戰士。其于洋煙無法下毒，不能加害太平軍高層領導。即便如此，太平軍士兵也已經騷亂起來，軍心動蕩，開始有士兵逃亡。