天順二年(公元1458)三月，石亨的心腹、兵部尚書陳汝言的貪汙罪被揭發。其家中財物之多令皇帝吃驚。英宗命將贓物陳列在宮殿廊廡下，召石亨等人驗看。皇帝聯想起于謙的清貧，痛心地說："于謙在景帝一朝始終受寵，死時家無余貲；而今陳汝言當了不到一年的兵部尚書，竟然得了這麼多賄賂!"石亨趕忙免冠跪伏，無言以對。從此，皇帝漸漸悟出于謙被冤，而石亨等奪門之變不過是場投機。
天順三年(公元1459)正月，錦衣衛奉命調查大同總兵石彪的行跡，八月正式逮捕石彪。石彪本是以戰功起家，他的將領職位並不是借助權勢得來的，但是他勢盛而驕，多行不義，終于自蹈覆轍。其人生性陰狡凶暴，統鎮大同時即以侮辱總兵官為樂。屢遭其侮辱的總兵官為了報複，便向朝廷密報石彪野心勃勃，圖謀不軌。英宗決定將他召回京師，晉封侯爵。但石彪不想離開大同，他暗中讓心腹將領大同千戶楊斌等五十人詣闕(到皇宮前請願)，乞留石彪鎮守大同。錦衣衛密探很快偵知這一切，皇帝便下令逮捕石彪，關入錦衣衛獄。
石彪在錦衣衛詔獄中遭到嚴刑拷打，只得承認自己圖謀不軌，又牽連出權臣石亨。皇帝念石亨立有軍功，寬恕其罪，但罷奪其兵權和一切職務，令其回家閑住。
石亨被剝奪兵權後，心懷怨恨。他得勢期間，曾經來往于大同和京師，有一次看著紫荊關對左右近侍說："如果嚴守此關，據守大同，京師無可奈何!"一次退朝，回到私邸，石亨對心腹盧旺、彥敬說："我這高官厚祿，都是你們所想要的!"兩人十分詫異，不知道什麼意思，趕緊說："我二人得公提拔，才有今日，哪能有什麼妄想!"石亨自得地說："陳橋驛兵變，史書不稱是篡位。你們要助我成大事，我這官不就是你們的?"盧旺、彥敬嚇得兩腿直打哆嗦，一句話也不敢說。
瞽人童先向石亨出示神秘的妖書，書上寫道：唯有石人不動。意在勸石亨舉兵起事。石亨自信地對他的私黨誇口："大同兵馬甲盛天下，我一直優厚對待，石彪又統鎮大同，完全可以依恃。有一天讓石彪取代李文，佩帶鎮朔將軍印信，專制大同軍事，北擁紫荊關，東據臨清，決開高郵堤壩，斷絕餉道，京師不用血戰就可拿下。"蒙古入寇延綏，石亨奉命抵禦，統領京師禁衛軍出京。童先再次勸石亨起兵。石亨大大咧咧地說："這事不難。只是天下兵馬都司還沒全換上我的人，等換好了，再起事不晚。"童先急著說："機不可失，時不再來啊!"石亨不聽。童先私下對身邊人說："這哪能成就大事!"
石彪被收捕後，石亨閑住，罷去一切兵權和職務。這時的石亨才急著謀變，但實際上他已經處于軟禁狀態，他的行為很快被錦衣衛密探偵悉。天順四年(公元1460)正月，京師出現彗星。朝野驚恐。錦衣衛指揮逯杲以親軍統帥和皇帝心腹的雙重身份上書密奏皇帝：石亨心懷怨恨，與其侄孫石俊密謀不軌。皇帝將此密奏拿給大臣們看，同時下旨逮捕石亨,下錦衣衛獄。
禁衛軍奉旨逮捕了石亨。嚴刑拷掠之後，石亨慘死獄中；石彪被棄市問斬；其私黨童先等全被處死。
皇帝收捕並處決了石亨後，下令因石亨而冒功晉爵的一律自首革職。皇帝雖然沒有將曹吉祥牽連治罪，但曹吉祥預感到石亨完了自己也日子不多，于是他開始准備最後的鋌而走險。此前曹吉祥籠絡了一批蒙古降丁武勇，倚為心腹，還為他們爭取了不少的朝廷賞賜。這些降附的蒙古武勇也把自己的命運系于曹吉祥一身，認為一旦不測，都死無葬身之地。曹吉祥家中還豢養著食客，其中一位名叫馮益。早在石亨和曹吉祥權勢炙手可熱時，曹吉祥的侄子曹欽一天問馮益："自古以來，有宦官子弟做天子的嗎?"馮益回答："你們家族的魏武帝曹操，就是宦官曹節的後代。"曹欽大喜過望，讓他妻子忙擺席行酒，厚待馮益。從此，曹欽蓄謀異志，等待時機。
錦衣衛百戶曹福來曾經為曹欽當差，替他暗中對外做買賣。曹欽怕曹福來泄露天機，命其妻子告福來病狂出走，又命家人曹亮追捕曹福來，帶回府中，嚴刑鞭笞，將其打死。錦衣衛指揮逯杲得知實情，上報皇帝。皇帝召來曹欽，嚴重警告說："立即改正，否則，不能饒你!"以上都是發生在石彪被治罪之前。