百廢待興。崇禎皇帝知道自己的位子還沒坐穩，而魏忠賢依舊還控制著內廷禁衛軍。魏忠賢大權在握，依然是東廠廠主，先皇遺命要倚重信任。所以，天下無恥之徒還是追隨、依附如故，但皇帝泰然處之，不露聲色：給太師甯國公魏良卿、少師安平伯魏鵬翼鐵券；巡撫江西僉都禦史楊邦憲、巡按禦史劉述祖上書請建魏忠賢祠，只批示不許；巡撫登萊孫國楨報宣川大捷，敘功及廠臣，皇帝照例論功行賞，蔭魏忠賢、王體乾、徐應元、崔呈秀各錦衣衛指揮同知一人。
崇禎皇帝即位兩個月後，基本上坐穩了江山，內廷禁衛軍也在自己的掌握之中，清算廠主魏忠賢便全面展開。禦史楊維垣本來是魏忠賢的私黨，此時，他反戈一擊，率先上書彈劾魏忠賢心腹股肱兵部尚書崔呈秀。隨後，兵部主事錢元懿大膽直言，將攻擊的目標直指大廠主魏忠賢：
魏忠賢以梟獍之姿，供綴衣之役，先帝念其服勤左右，假以事權。群小蟻附，勢漸難返，稱功頌德,布滿天下，幾如王莽之妄引符命。劉爵三等，異于乳臭。幾如梁冀之一門五侯。遍列私人，分置要津，幾如王衍之狡兔三窟。輿珍葷寶，藏積肅甯，幾如董卓之邱塢自固。廣開告評，誅鋤士類，幾如節、甫之結黨株連。陰養死士,陳兵自衛,幾如桓溫之壁後置人。
錢元懿憤然地說，如果先帝早知道魏忠賢是這麼個東西，會早就將他處死，何至留到今日?既然先帝和皇上念他勤勞服侍，恕其不死，應當立即勒令他歸回私邸，以消除國家尾大不掉之患。而太師魏良卿之流，既不是開國勳臣，又不是從龍寵士，如何能尊貴無比、玷滋茅士?應降旨褫奪革除。以告訐為能事而獲賞寵的張體乾、鍛煉驟貴的楊寰、扶頭乘轎的張凌云、委官開棍的陳大同、號稱大兒的田爾耕、甯國契友的門太始等，都是魏忠賢的心腹爪牙，應當公布他們的罪狀，或者處死，或者流放，盡行肅清奸黨。
貢生錢嘉征也不畏危險，上書列魏忠賢十大罪狀：一是和皇帝並稱。朝廷內外奏章，都是先送交魏忠賢，歌功頌德，和先帝並稱；下達聖旨時，總是稱朕與廠臣，這是自古以來從沒有過的奏本體例。二是蔑視皇後。皇後至親張國紀在先帝面前仗義執言，指斥奸黨危害社稷，魏忠賢銜恨，羅織張國紀罪名，必欲置之死地，幸賴先帝聖明，沒有釀成大禍，否則，皇親獲禍勢必殃及皇後。三是操弄兵權。自祖宗以來，沒聽說在皇室禁宮操練禁軍，而魏忠賢卻外結朝臣，內逼宮闈，公然統領禁衛軍，持刀操槍于禁苑大內，令天下寒心。四是目無列祖列宗。太祖高皇帝聖訓，內侍不許干預朝政，可魏忠賢大權獨攬，一手遮天，流毒天下，官吏捂紳屢遭不測，邊腹重地、漕運咽喉則廣置心腹，用心何在?五是赳削藩封。魏忠賢把持宮禁、朝政期間，有三個皇子分封為王，可三王封國，莊田賜賞的又少又貧瘠，而魏忠賢所分封的心腹為公、侯、伯者，所賜田土十分豐厚，動輒膏腴萬頃，遠遠勝過親王的分封。六是目無先師。先師孔子是萬世名教教主，魏忠賢是什麼人?敢供祠太學先師之側?七是封爵太濫。古制不立軍功的不能封侯，魏忠賢究竭天下物力，佐成三殿，居然依此襲上公之爵，恬不知恥。八是冒邀邊功。遼左用兵以來，連年失名城、折將帥，魏忠賢卻冒侯封伯，大肆封賞。九是傷損民財。地方郡縣紛紛請求建祠，生祠遍天下，僅祠堂所費，不下五萬金，敲骨剝髓，令人發指，這哪一點不是民脂民膏?十是褻瀆名器。順天賢書，崔呈秀的兒子崔鐸目不識丁，試舉竟然名列前茅，豈非咄咄怪事?
崇禎皇帝借此良機，下旨免去太監魏忠賢一切職務；甯國公魏良卿改授錦衣衛指揮使；東安侯魏良棟改指揮同知；安平伯魏鵬翼改指揮僉事。十一月甲子日，皇帝命禁衛親兵，立即抄沒魏忠賢家，押解魏忠賢回鳳陽老家安置。據說，錢嘉征列魏忠賢十大罪狀，皇帝命內侍讀給魏忠賢聽，魏忠賢喪魂落魄，還十分憤恨，並在皇帝面前痛哭失聲，傾訴自己的忠誠。事過以後，魏忠賢交通客氏，趕忙巴結皇帝的心腹內監徐應元，送上厚禮，希望能保留東廠廠主印。但大勢已去，魏忠賢的一切努力都無濟于事：魏忠賢被內侍帶領的禁衛親兵宣布貶謫鳳陽，司香祖陵後，立即被押解上路；侍衛親軍包圍魏府、客府，籍沒兩家。皇帝心腹內侍徐應元也受到牽連，貶謫顯陵為雜役，隨後充軍。皇帝下諭旨到兵部，命錦衣衛馳赴逮捕魏忠賢治罪：