逆惡魏忠賢，擅竊國柄，誣陷忠良，罪當死。姑從輕降發鳳陽，不思自懲，素蓄亡命之徒，環擁隨護，勢若叛然。命錦衣衛擒赴，治其罪。
禁衛緹騎立即馳奔出宮，逮捕大廠主魏忠賢。魏忠賢這時由禁衛親兵押解在赴鳳陽途中，剛剛出京，歇宿在阜成門尤氏邸舍。魏忠賢的私黨得到皇帝的拘捕密旨後，立即奔告魏忠賢。魏忠賢知道，末日到了，與其逮入錦衣衛詔獄受盡酷刑，不如現在自行了結：當天夜里，魏忠賢自殺身亡。與他一同自殺的是心腹私黨李朝欽。
大廠主魏忠賢自絕于人世，使皇帝松了一口氣。魏忠賢死了，他所建立幾十年的龐大、隱秘的內廷禁衛軍系統和內侍系統土崩瓦解，不會再直接對皇位造成威脅。崇禎皇帝喘息之余，命令侍衛親軍窮究魏黨，一網打盡，以防死灰複燃。皇帝下旨侍衛親軍，立即逮捕魏忠賢私黨剛由甯國公改授錦衣衛指揮使的魏良卿，下錦衣衛鎮撫司詔獄。緊接著，侍衛親軍奉旨逮捕先帝乳母奉聖夫人客氏。侍衛親軍包圍客氏府第，逮捕客氏，抄沒其家。客氏破口大罵，口口聲聲說不能逮捕先帝的乳母。太監王文政奉命嚴審，竟查出有八位有身孕的宮女侍候客氏，而且出入宮廷。崇禎皇帝聞報大怒，立即下令侍衛親兵和內侍，將客氏押送浣衣局榜掠至死。
子侯魏國興隨後被禁衛軍逮捕入獄，和魏良卿一同被秘密處死。客氏哥哥的兒子客光先、客瑤是客氏的死黨，楊六奇是魏忠賢的女婿，三人被禁衛軍逮捕，充軍戍邊。魏忠賢為惡天下，全仗客氏的支持：魏、客關系親密，見面時，他倆總是屏退一應宮女，密語許久；他們指使內侍殺死裕妃、成妃，讓心腹王體乾害死王安；兩人互相依倚，為共攬大權而不擇手段。他們吆喝殿廷侍從之盛況，遠遠超過了皇帝。所以，魏忠賢及其黨羽被捕、處決，人人叫好，天下稱快，人們從中看到了一線興國的希望。
崇禎皇帝深知國家破敗，危如累卵。他為了救治這個破敗的國家，保住朱家的社稷江山，耗盡了心血。但是，他最終還是不能阻止亡國亡家的死神的腳步。人們同情這位亡國皇帝，不無憐憫地稱明崇禎時期：君非亡國之君，臣皆亡國之臣。這富于感情色彩的評語把太多的同情給予了這位亡國之君，而掩蓋了他亡國之君不可推卸的責任——可以說，是他的褊狹自私、多疑猜忌從而痛失了忠臣良將；是他清理了內侍魏忠賢及其死黨，又重用了新一批內侍，縱容他們刺探消息，流毒天下，從而加速了明王朝的滅亡。所以，學者張廷玉批評崇禎皇帝："性多疑而任察，好剛而尚氣；任察則苛刻寡恩，尚氣則急劇失指。"
崇禎皇帝是以藩王入主帝位的。剛入宮時，他對一切都不熟悉。而宮中、朝廷，都是魏忠賢的爪牙。有魏忠賢在，他的皇帝寶座就受到威脅。所以，他八月即皇帝位，等了兩個月後再收拾魏忠賢，並將其黨羽一網打盡。崇禎皇帝收拾權臣魏忠賢，是想從他的手中奪回決定國家和皇位命運的禁衛軍，而不是痛恨使魏忠賢為所欲為的禁衛系統。恰恰相反，崇禎皇帝發現，誰都懷有野心和私心，只有內侍和禁衛軍靠得住。這樣，把複興大明江山的厚望寄托在內廷禁衛軍身上。清學者因此指出："(崇禎)初即位，鑒魏忠賢禍敗，盡撤諸方鎮守中官，委任大臣；既而廷臣竟門戶，兵敗餉絀，不能贊一策，乃複思用近侍。"
崇禎皇帝倚重內廷禁衛軍，對東廠和錦衣衛表現出了空前的熱情和由衷的信任。崇禎皇帝信賴的心腹內侍王體乾、王永祚、鄭之惠、李承芳、曹化淳、王德化、王之心、王化民、齊本正等人相繼領廠事，東廠緹騎官校又一次成為皇帝的寵兒而耀武揚威，告密之風愈演愈烈。建德人鄭三俊曾任職刑部，負責刑部事務。李清剛入刑部時，鄭三俊獲罪遣歸。李清前去拜會，問他：刑部什麼最冤?鄭三俊慘然苦笑說：無過于盜情，想平反，也是秋後處決。李清十分愕然：為什麼?回答說：都是東廠緝獲的案子，司官不敢平反，堂官敢嗎?只能選一些沒有贓證、實在可憐的人犯緩期秋決，有的或許可以獲救。兩人相顧歎息。