創立海軍衙門
1885年，中法戰爭中國不敗而敗。慈禧太後決心大治水師。李鴻章立即上折贊揚老佛爺的偉大：“我懷著恭敬心情拜讀聖諭，大治水師實是當務之急、救世法寶，朝廷的決斷真是英明至極！”當然，除了拍馬屁，李鴻章也沒忘向清政府灌輸自己的主張。他說，國外海軍都有統一的領導機構，歐美稱海軍部，日本叫海軍大臣。中國海防分南、北兩部，中央總司其成，然中間又有督撫大臣任意差調，洋人譏笑中國沒有辦理海軍的能力。最好添設一海軍部或海軍衙門，制定統一章程，進行統一指揮調度。如此，水師可治。清廷很快允准了李鴻章的建議。1885年10月，清朝正式設立海軍衙門，任命醇親王奕譞、慶郡王奕劻為督辦，李鴻章為會辦。按照慣例，總理衙門簡稱總署，海軍衙門自然亦簡稱海署，外國人都稱海軍衙門是六部之外的“第七部”，中國人仍稱其為“水師衙門”。
其實最先提出建立海軍衙門的既不是李鴻章，也不是清政府，而是中國總稅務司、英國人赫德。有趣的是，當赫德提出建立海軍衙門時，李鴻章恰恰是最激進的反對者。赫德聽說清廷籌備海防事宜的消息後，立即向總署提出籌備海防章程。內容包括：統一南北海防；設海防大臣或海防司一人，由赫德本人擔任；高薪聘請洋人充作教習。總署對赫德的建議非常感興趣。誰知將這一章程交與南、北洋大臣後，立即引起軒然大波。李鴻章和沈葆楨的意見這次出奇的一致，均表示反對。沈葆楨認為若清朝官員連起碼的人事權都沒有，怎麼能稱作大清的海軍！李鴻章的幕僚薛福成向其諫言：“赫德為人陰險貪婪，現身居高位，掌控關稅大權，已有尾大不掉之勢，如再讓他坐鎮海防，豈不是兵權、財權都集中其手？現在您和沈大人貴為南、北洋大臣，海防權利不過人各一半，赫德卻把兩項大權一統在手。如果這份章程獲准通過，赫德無疑可借海防之權牽制總署，誰都難以鉗制了。”李鴻章深以為然，馬上旗幟鮮明地反對赫德：一是赫德不能既掌財權，又掌兵權；二是赫德平素不懂兵法，不適合管理海軍事務；三是沈葆楨態度強硬，不願接受赫氏領導，如果堅持可能會引起內部爭端。
李鴻章和赫德早有交道，且受騙不淺。1875年，李鴻章向英、德兩國訂購各種艦艇，“熱心”的赫德建議向英國阿摩士莊訂購四艘“新式”炮船，說這種船身形輕便、攻擊力強，還可對付大型鐵甲船，最適合中國軍隊使用。李鴻章相信了赫德，當即決定由其負責購買四艘炮船。次年，被稱為“蚊子船”的四艘艦艇駛抵中國。李鴻章為它們舉行了隆重的命名儀式，分別稱為“龍驤”、“虎威”、“飛霆”、“策電”，將振興海軍之希望寄托在它們身上。急于發展海軍的李鴻章又委托赫德為南洋海軍代購蚊子船四艘，以示不偏不向。南洋大臣沈葆楨得知李鴻章為自己購船後非常激動，沒等船買回來就想好了船名，分別叫作“鎮東”、“鎮西”、“鎮南”、“鎮北”。四面八方全鎮了，比李鴻章那四艘天上飛的、地上跑的還厲害！第二年新購四船駛抵天津，李鴻章利用近水樓台之便，先試行一番，發現比先前購買的船只性能要好，決定將新船留給北洋海軍，而把先前買的四艘船送給沈葆楨。赫德繼續向李鴻章游說，告訴他這次買船時正好英國新研制了一種更新式的快船，這種船比蚊子船還先進，每小時行駛15海里，可在船頭、船尾各裝一尊25噸級大炮，左右船舷也能裝炮數尊。最為精彩的是，船頭水線以下有一種神奇裝置，可追趕並毀壞最好的鐵甲船！可惜閣下讓我代買的還是蚊子船，我也不敢擅自做主。李鴻章一聽，既然有這麼好的船，當然希望能夠得到。只要能買到堅船利炮，錢不成問題。于是，“鎮東”、“鎮西”、“鎮南”、“鎮北”之外又添置“鎮中”、“鎮邊”兩艘快船。李鴻章很快發現受騙上當。十艘艦艇不僅式樣陳舊，且性能極差，炮重船小，行動遲緩，根本無法進行深海作戰。
1886年，劉坤一路過天津看望李鴻章。問及蚊子船近況，李鴻章閉目搖頭，胡子抖動，半天說不出一句話。五年後，李鴻章不得不對外宣布：這些船全用破鋼片鑲成，每年經兩次大修才不至沉沒，和一堆廢品沒什麼差別。