如上可見，曾國藩確為維護清朝統治立下汗馬功勞，因此得到大多時人的贊譽。然至清末，特別是隨著反清革命的不斷深入，曾國藩自然而然地成為人們攻擊的對象。
革命家陳天華在其膾炙人口的反滿宣傳手冊《猛回頭》和《警世鍾》里分別對曾國藩作出評說：
“列位呵！當道光、同治年間，我們漢人有絕好自立的機會，被那全無心肝的人，苦為滿洲出力，以致功敗垂成，豈不是那湘軍大都督曾國藩嗎？俺想曾國藩為人也很誠實，只是為那數千年的腐敗學說所誤，不曉得有本族、異族之分，也怪他不得。但可憐曾國藩辛苦十余年，殺了數百萬同胞，僅得一個侯爵。八旗的人，絕不費力，不是親王，就是郡王。而且才立大功，就把他兵權削了，終身未嘗立朝，僅做個兩江總督，處處受人的挾制，晦氣不晦氣！若是當日曉得我的世仇萬不可不滅的，順便下手，那天下多久是我漢人的，曾國藩的子孫如今尚是皇帝，湘軍的統領都是元勳，豈不好的多嗎？列位，你道可惜不可惜呢？”
“恨的是曾國藩，只曉得替滿人殺同胞，不曉得替中國爭權利。當初曾國藩做翰林的時候，曾上過折子，說詩賦小楷取士不合道理，到了後來出將入相的時候，倒一句都不敢說了。若說他不知道這些事體，緣何卻把他的兒子曾紀澤學習外國語言文字，卻不敢把朝廷的弊政更改些呢？無非怕招滿政府的忌諱，所以閉口不說，保全自己的祿位，卻把那天下後世長治久安的政策，丟了不提，你道可恨不可恨呢？”
然而，並非所有的革命家都認為曾國藩可恨。同盟會領袖黃興和宋教仁對曾國藩的崇敬之心溢于言表。黃興說：“曾某之志，雖與我不同，然治己之嚴，吾直宜奉以為法。”宋教仁稱：“曾國藩、左宗棠者，起自布衣書生，而能摧陷大敵，人奉為宗。其是非無足論，觀其識度，無忝英雄。”
護國運動主將、云南都督蔡鍔將曾國藩、胡林翼的軍事理論輯成《曾胡治兵語錄》，高度評價曾國藩的軍事思想：
“古人論將有五德，曰：智、信、仁、勇、嚴。取義至精，責望至嚴。西人之論將，輒曰天才。析而言之，則曰天所特賦智與勇。而曾、胡兩公之所同唱者，則以為將之道，以良心血性為前提，尤為扼要探本之論，亦即現身之說法。咸同之際，粵寇蹂躪十余省，東南半壁，淪陷殆盡。兩公均一介書生，出身詞林，一清宦，一僚吏，其于兵事一端，素未夢見。所攻之役，所事之事，莫不與兵事背道而馳。乃為良心、血性二者所驅使，遂使其可能性發展于絕頂，武功燦然，澤被海內。按其事功言論，足與古今中外名將頡頏而毫無遜色，得非精誠所感、金石為開者歟？”
又說： “曾、胡之論兵，極主主、客之說。攻者為客，主逸而客勞，主勝而客敗。尤戒攻堅圍城。其說與普法戰爭前法國兵學家所主張者殆同。其論出師前之准備，宜十分周到。謂一械不精，不可輕出；勢力不厚，不可成行，與近今之動員准備用意相合。其以全軍破敵為上，不以得土地、城池為意。所見尤為精到卓越，與東西各國兵學家所倡導者如出一轍。所論諸端，皆從實行後經驗中得來，與近世各國兵家所論若合符節。吾思先賢，不能不馨香崇拜之矣。”
研治中國近代史，曾國藩更是不能繞開的關鍵人物，因此他始終是史學界研究的重點。近代史學鼻祖梁啟超最早提出曾國藩之曆史地位：“曾文正者，豈惟近代，蓋有史以來不一二睹之大人也已”；“豈惟中國，抑全世界不一二睹之大人也已。”
清史學家蕭一山首著《曾國藩傳》，于代表作《清代通史》中如此評價曾國藩：
“曾國藩之出治湘軍，挽回垂危之清室命運，保存傳統之中國文化，此其經世學之本質乎？曰：是殆不然。其壯年之志，懷民胞物與之量，修內聖外王之學，無忝父母所生，不愧天地完人。
“視軍事政治為轉移風氣之手段，而軍事政治並非其事業之目的也。所謂‘引用一班正人，培養幾個好官，以為種子’，即欲獲致賢養民之功，以盡顧亭林所謂‘天下興亡，匹夫有責’之義，國藩真正目的在此。