科學的發展不但摧毀了宗教的基礎，而且摧毀了形而上學的基礎。在認識論上，形而上學的追求總是以某種絕對真理為前提和目標的。一切形而上學家都相信世界具有某種終極的本質，問題只是要去發現它。然而，科學的發展愈來愈表明人類的一切認識具有多麼相對的性質，種種自明的真理紛紛被證明為謬誤，任何一種世界圖景充其量只具有假說的性質，遲早要被塗抹改繪。正是在科學最迅速發展的近現代，懷疑論最為蔓延。理性的自我迷信業已破滅，它在碰壁之後不得不反過來進行自我批判，于是便有了康德的批判主義。從實證主義到現代經驗主義和分析哲學愈來愈堅決地拒絕形而上學問題，而把哲學的任務嚴格限制于對科學的基礎進行研究，這一哲學思潮正是科學破壞傳統形而上學基礎的直接後果。
尼采對于這一發展趨勢是早有預感的，他在《悲劇的誕生》中指出：有一種信念，"認為思想循著因果律的線索可以直達存在至深的深淵，還認為思想不僅能夠認識存在，而且能夠修正存在。這一崇高的形而上學妄念成了科學的本能，引導科學不斷走向自己的極限……""現在，科學受它的強烈妄想的鼓舞，毫不停留地奔赴它的界限，它的隱藏在邏輯本質中的樂觀主義在這界限上觸礁崩潰了。"《尼采美學文選》，第63、65頁。
在《強力意志》中，尼采進一步論述了科學發展對于形而上學認識的破壞作用：
"科學的發展愈來愈把'已知的東西'消解在未知的東西中了：——但它追求的恰是相反的情況，本能地要把未知的東西還原為已知的東西。
"總之，科學正在醞釀一種絕對的無知，一種感覺：根本不會有'認識'；只有一種夢想'認識'的奢望；更有甚者，我們絲毫不能設想還可以把'認識'哪怕僅僅當作一種可能性；——'認識'本身是一個充滿矛盾的觀念。我們把人類一個古老的神話和自負改編為確鑿的事實：和'自在之物'一樣，'自在之認識'也沒有資格作為概念。"《強力意志》第608節，第415、416頁。
尼采還指出：從現代自然科學的活動中"終于產生一種自我解體，一種反對自己的轉向，一種反科學性"。《強力意志》第1節，第8頁。
無論宗教借信仰所建立的絕對價值，還是傳統形而上學借概念所把握的絕對本體，都遭到了科學的否定。然而，科學自身在認識絕對的問題上卻無能為力，絕對仍是一個神秘的領域。在尼采的時代，許多大科學家同時又是神秘主義的信徒，我們只要想一想恩格斯在《神靈世界中的自然科學》一文中舉的例子就足夠了。恩格斯認為，這是經驗主義蔑視理論思維所遭到的懲罰。他顯然懷抱著科學樂觀主義的信心。在尼采看來，問題恰好在于理論思維（邏輯）也有其界限，不能達于存在的深淵。
人類追問絕對的沖動並非單純的求知欲，而是出于確立價值目標的需要。可是，在確立價值目標方面，科學同樣無能為力。尼采在談到科學時寫道："它不能……指明道路；只有當一個人知道向何處去之時，它才可能有用。"《尼采全集》，第１１卷，第170頁。"科學——為支配自然而將自然轉化為概念——屬于'手段'之列。但是人的目的和意志必須同樣生長，為了整體。"《強力意志》第610節，第416頁。尼采要求恰如其分地看待科學在人類生活中的手段作用，不要把手段當作目的，迷失了方向。尤其在最高價值崩潰、信仰淪喪的時代，當務之急是創造新價值，建立新信仰，而科學顯然不能完成這一任務。正因為如此，他一生中"不知疲倦地揭露我們當代科學追求的非精神化的影響"《偶象的黃昏》，第58、59頁。，不斷批判現代科學分工"削弱教化、乃至毀滅教化"《論我們教育設施的前景》。轉引自弗蘭采爾：《尼采》，漢堡，1983，第58頁。的惡果。