尼采高度評價康德批判主義的功績，他寫道："當此之時，一些天性廣瀚偉大的人物殫精竭慮地試圖運用科學自身的工具，來說明認識的界限和有條件性，從而堅決否認科學普遍有效和充當普遍目的的要求。由于這種證明，那種自命憑借因果律便能窮究事物至深本質的想法才第一次被看作一種妄想。康德和叔本華的非凡勇氣和智慧取得了最艱難的勝利，戰勝了隱藏在邏輯本質中、作為現代文化之根基的樂觀主義。當這種樂觀主義依靠在它看來毋庸置疑的永恒真理，相信一切宇宙之謎均可認識和窮究，並且把空間、時間和因果關系視作普遍有效的絕對規律的時候，康德揭示了這些范疇的功用如何僅僅在于把純粹的現象，即摩耶的作品，提高為唯一和最高的實在，以之取代事物至深的真正本質，而對于這種本質的真正認識是不可能借此達到的；也就是說，按照叔本華的表述，只是使夢者更加沉睡罷了。"《尼采美學文選》，第78頁。
康德證明憑借概念不能把握世界本質，這的確給了舊形而上學以沉重打擊。所以，尼采在《悲劇的誕生》中說了上述一番話，並且把批判主義看作由現代科學文化向希臘悲劇文化複歸的一個契機。但是，後來尼采對康德的批判主義愈來愈不滿意，談及康德時用的語言愈來愈刻薄，因為他認為，康德對于形而上學的批判是極不徹底的，其原因則是道德主義立場仍然起著支配的作用。
這首先表現在康德仍然以"自在之物"的形式保留著"真正的世界"。尼采指出，康德對"現象"和"自在之物"的區分是"批判主義的黴點"，是與他的批判主義自相矛盾的。按照批判主義，因果性范疇僅在現象范圍內有效，可是，所謂"自在之物"卻正是把因果性范疇用于現象之外，從現象推導現象之原因的產物。參看《強力意志》第553節，第379頁。康德之所以要保留"自在之物"，其用意只有結合他的道德形而上學理論來分析方能明白。作為本體界的"自在之物"世界，包括三種可能的假設，即上帝、世界和心靈，其中，上帝完全是為道德需要而假設的。所以尼采說，"自在之物"是"道德形而上需要的產物"《強力意志》第571節，第389頁……
其次，康德認為知性運用范疇對現象所作的判斷是普遍有效的和必然的知識，超出現象范圍而作的判斷就不是知識、而是信仰了。然而，這里可以提出一個問題：為何對現象所作的判斷就一定是知識而不是信仰?對于這類判斷的真理性的信念從何而來?尼采正是這樣提問題的。在尼采看來，一切判斷都是信仰，而非知識，信仰的必要性則源于人類生命活動的需要。康德不去追究范疇的功用性起源，卻把它看作自在地普遍有效和必然，在這里，"正當性始終被假定為前提"，"道德本體論是起支配作用的成見"。這就像在他的道德學說中，道德律藉"正當性"而被視為普遍有效一樣。參看《強力意志》第530節，第363頁。尼采還指出，康德對于"先驗綜合判斷如何可能"這個問題所作的回答，歸結為一句話，就是"依靠一種能力"，即先驗綜合的能力。這等于什麼也沒有回答。事實上先驗綜合判斷是不可能的，只是人類為了生存必須相信這類判斷，所以康德的問題應該被另一個問題"為何必須相信先驗綜合判斷"所取代。參看《善惡的彼岸》第11節。《尼采全集校勘學習版》，第5卷，第24-26頁。