攝政王多爾袞任命自己的親兄弟為遠征軍的統帥，是要加強自己身邊的勢力。這兩位將軍如能立功榮升，多爾袞作為攝政王的地位也會更加穩固。
洪承疇作為兵部尚書留在北京，輔佐攝政王，全面指揮作戰。
多鐸的南征軍于當年十一月平定山東，窺伺海州，進入宿遷縣境內。
就在鄭森跟隨甘輝回福建的途中，多鐸率領的清軍已進入江蘇的北部。豐縣與沛縣同年降清。
河南的總兵許定國，偷偷地向清軍派去了密使，並以兩個兒子作為人質，進行了投降的談判。
第二年——順治二年正月十一日，許定國請江北四鎮將領之一的高傑赴宴，宴間趁醉殺死了高傑。
三月，清軍從淮南、淮北進擊。當時的狀況是：“所過三十縣，皆望風迎降。”簡直如入無人之境。
降徐州，一鼓作氣南下。
四月，清軍圍揚州。
守衛揚州的是一個不好對付的人物史可法。
多鐸五次送去勸降書，但史可法連封也不開，就扔進火中。
清軍擁有洋炮，揚州城內也有大炮。雙方進行了炮戰。
史可法是南京政權的兵部尚書。他為守衛揚州盡了最大的努力，但終難守住。
在清軍南征的戰役中，以這次進攻揚州最為殘酷，戰斗持續了七天七夜，史可法最後力盡自殺。
清兵進入揚州後，停留了十天，又繼續南下。
據說清兵在揚州大肆燒殺奸淫，殘暴至極。
從當時的“焚尸簿”來看，這十天內共死了八十多萬人。揚州守軍最多不過數萬人，慘遭殺戮的絕大部分都是平民百姓。清軍遭到城內的炮擊，死傷了幾千人。大概是揚州守軍抵抗十分頑強，清軍占領揚州後的屠殺帶有“懲罰”的意思。
總之，當時在揚州出現了一幅慘不忍睹的地獄景象。有一個讀書人叫王秀楚，他九死一生地從這座地獄之城逃了出來，他把當時的情況詳細地寫成一部書，書名為《揚州十日記》。
這部記錄清軍殘暴的書，在清代當然不可能公開出版，不過有可能隱秘刊行了，在日本的德川時期流傳到了日本。
清朝末年，到日本留學的中國留學生在東京的圖書館里抄錄了這部《揚州十日記》，把它印刷了出來，這樣才流傳開了。魯迅在一篇散文中也談過這件事。
在激戰中自殺的史可法，一直被人們頌揚為愛國者、民族英雄。
清軍到達長江北岸是五月八日，陽曆是6月1日。江南已是一片夏季景象。南方和北方不一樣，夏天也多霧。
在長江南岸鎮江布陣的明軍中，也有福建鄭家的水軍。鄭芝龍的弟弟鄭鴻逵任總兵，帶領同族的鄭彩在指揮水軍。
鄭家水師輕視清軍，以為如果進行水戰，清軍不是自己的對手。
對岸的清軍大造筏船，准備渡河。多鐸命令所造的竹筏和小船要比所需的多出一倍。清軍首先在空竹筏上安裝燈光，趁著黑夜流放到江上。
“塞外的馬賊乘筏子來啦！朝這邊過來啦！”鄭鴻逵命令炮兵炮擊竹筏。
鄭家水師在搖晃著的船上可以開炮。地面上布的炮陣，命中率更高。
咚！咚！咚咚咚！炮聲響徹了夜空。
竹筏立即被擊沉了。筏子上的燈火掉進漆黑的水中。筏子一個接一個地翻倒了。
“打了勝仗啦！江上的敵人全被殲滅了！趕快向南京報捷！”鄭鴻逵雀躍著喊道。
炮擊戰停息後，官兵們松了一口氣。
正當南岸的明軍解下武裝，進行戰後休息時，北岸清軍的陣地上，卻熄滅了燈光，讓士兵在黑暗中乘上了竹筏和小船，恰好當時又起了霧。
剛才還聽到隆隆的炮聲，而且炮彈打得准。點著燈火的竹筏子全部被打翻，漆黑的水面上已看不到一點燈光。明朝的守軍以為戰斗已經結束了。
其實戰斗才剛剛開始。
第一批數百騎清兵，在濃霧的掩護下，渡過了長江，登上了一座叫做北固山的小山岡，在山上點起了許多火把，吹響海螺，擂起了戰鼓。
“不好了！敵人偷襲啦！”