“陛下快挑選人吧！”宦官催促著。
“朕的親信全都在這里了。”福王回答道。
參加祝捷宴會的都是福王寵信的人，不必再挑選了。
“如果攜帶大量的金銀，路上會遭到盜匪的搶劫。宮中的財寶暫時埋在井里，盡量輕裝為好。”宦官說。
稍微有點頭腦的人，恐怕早就會想到有今天，事先考慮好應急的辦法。
“是麼？你們看著辦吧。”
“請陛下從通濟門出城，那邊最安全。”
“乘轎輿嗎？”
“請陛下騎馬吧。帶上轎伕，人又多了。”
“唔，一切都由你們張羅吧！”
福王一行很快就出了通濟門，向南逃走。清軍從東邊進擊，福王一行則逃往西南方的蕪湖。
皇帝出逃後，宰相很快就得到了消息。
“混賬！”宰相馬士英怒不可遏。他氣的並不是皇帝丟下大臣們逃跑，而是考慮到自己。他氣呼呼地說：“我的面子掃地啦！”
宰相如不跟隨皇帝同逃，人們就會認為宰相已被皇帝拋棄了。一個被主子拋棄的不忠之臣，逃到哪個城，都會遭到拒絕。
宰相馬士英跑到他母親那兒，跪在地上說道：
“母親，您救救孩兒士英吧！”
他要他母親干什麼呢？馬士英接著說：
“母親，請您暫且假裝皇太後吧。反正也沒有人認識太後，就說是皇上把太後委托給宰相了。這樣，就名正言順了。”
當時皇室也是把孝行放在首位的。皇帝考慮到在有什麼萬一的時候不連累自己的母親，這是很自然的事。說皇帝把自己的母親托付給宰相，從另外的道路逃走，這是很有說服力的。
因此馬士英想叫自己的母親扮成太後，找一個逃跑的借口。
“我看投降算了。我不願當假太後，那是犯死罪的。”他母親不願意當假太後。
“投降了也要殺我的。別人能得到寬恕，我不會……”馬士英深知自己是不會得到寬恕的。
在南京政權中，除了他的親信外，所有的人都恨他。清軍一旦兵臨城下，沒有皇帝的政府必定要投降，投降之後，人們肯定會向清軍說：“最壞的是馬士英！”
占領軍為了籠絡人心，肯定要殺被輿論評為最壞的人。
“真會這樣嗎？”他母親問道。
“不會有錯！肯定要殺我和阮大鉞兩人！”
“那就沒有辦法了。只好讓我當假太後吧！”他母親也豁出來了。
馬士英，字瑤草。萬曆四十七年（1619年）中進士，貴州貴陽人。他在軍隊中也只相信同鄉的貴州兵。他擁著那位假太後逃跑時，帶走的幾千名士兵都是貴州兵。
皇帝是在深夜出逃的。第二天清晨，宰相又逃跑了。
天亮之後，南京的老百姓都知道皇帝和宰相逃跑了。
“這些混蛋！”人們在心里都這麼罵著。
宮門口已沒有禦林軍守衛了。
“砸爛它！”人們怒火沖天。南京的俠義之士，帶著他們的手下，首先闖進宮殿，隨手搶劫起來。貴重的物品有的已經帶走，有的隱藏起來，但畢竟是倉促逃跑，不可能把全部東西都藏盡，還剩下不少。這些東西一下子就被搶光了。
清軍打下鎮江之後，不慌不忙地經丹陽、句容，逼近南京，在北郊安下了營盤。這是在皇帝與宰相逃跑的三日後，比人們預想的要來得慢。但這正表明清軍充滿了信心。
南京失守是五月十五日。
南征軍統帥是攝政王多爾袞的親弟弟豫親王多鐸。
號稱一國——雖然是個小朝廷——的首都，未交鋒就開城投降了。史書上記載說：“文武勳戚，皆相率迎降。”其中就有鄭森的老師——被人頌為當世碩儒的錢謙益。以書畫著名的東閣大學士、癡山道士王鐸也在投降的行列里。
南京政權的結束就是這麼簡單干脆。
南京和堅決抵抗的揚州大不一樣，它的滅亡，簡直叫人熱淚縱橫。據說清軍進入南京城只死了八個人。
多鐸獲悉福王逃跑，立即派兵追擊。
福王逃進駐紮在蕪湖的黃得功的大營。這位黃得功是江北四鎮的一位將領，勇猛而魯莽，是一位目不識丁的將軍。凡違反軍紀者一律斬首，所以他的軍隊以紀律嚴明著稱。
“這是怎麼搞的呀？！南京是天險，守它一年半載是沒有問題的。陛下如能死守南京，臣等駐外將領就可率兵從四方馳援。陛下聽了奸人的花言巧語，慌慌張張地逃了出來，啊呀呀！……這……”黃得功說著說著哭了起來。
“不行啊！南京沒有卿，沒有卿打不了仗啊！”福王信口說了這麼兩句話，頭腦簡單的黃得功卻感激涕零地說：
“臣以一死，效忠陛下！”
清軍緊隨福王之後，逼近蕪湖。率領清軍的將領就是降清的劉良佐——曾與黃得功同為江北四鎮的將領。福王逃到什麼地方？盡管晚了三天，劉良佐是一清二楚的。
“天下大勢已定，反抗也是無益。虎山！你也投降了吧！”劉良佐大聲地喊道。
虎山是黃得功的號。
“住口！你這投降的禿驢！倒戈的叛徒！”黃得功一邊罵，一邊迎擊清軍。
天下大勢確實已定，而且清軍為明軍的數倍，占絕對優勢。黃得功在混戰中喉頭左側中了一箭。
“不中用的混蛋！要射就對著正中射吧！”黃得功說完後，拔出頸上的箭，使勁地朝自己喉嚨的正中猛紮進去——一代猛將就這樣壯烈犧牲了。
黃得功的麾下有八名總兵，其中一人名叫田雄。他領著福王投降了清軍。