為了眉目醒豁起見，成祖內犯陷京師的經過，我再撮要提示一遍：六月初燕師以都督陳瑄投降，得以渡江，取道鎮江、龍潭，直薄京師；大約在六月十三，谷王及李景隆開京城西北的金川門迎燕，燕王入城，分遣諸將守城，致書建文帝；其時皇城已閉，燕王不願以武力破宮，還駐龍江驛。約在午後不久，皇宮火起，成祖派兵馳救，火息搜索，由成祖的太監，找出一具尸首，說是建文帝已自焚。其實不是。那麼建文帝到哪里去了呢？這個謎，留待以後再研究，先談成祖入承大位之初的殘忍暴虐。
成祖的本意，希望建文帝遜位讓國，及至皇宮火起，才知如意算盤落空，于是一面拷問宮嬪太監，追問建文帝的下落；一面大事搜索，捉拿所謂“奸臣”。
這兩件事，前者無結果，不得已肯定建文帝自焚，而在破城後的第八天將那具尸首下葬；建文馬皇後亦無下落，相傳被指為帝尸者，實為後尸。
搜殺“奸臣”則成祖可謂如願以償。他的第一個目標是齊泰、黃子澄，此兩公以後不太為建文帝所信任，在進退失據的困境下，每每以此兩人的名位作犧牲：與燕謀和時，他們被解職；對燕強硬時，則又召還。成祖陷京時，齊、黃都在外面募兵勤王，黃子澄在嘉興為人所密告被捕，成祖親自審問，不屈“磔死”，族人無論少長皆斬，姻親一律充軍。但留下一個兒子，改名田經，移居湖北，子孫中後來有人中了進士。
齊泰在燕師渡江時奉旨回京，走到半路上聽說京師淪陷，走外郡想號召義士反攻。其時成祖已懸賞捉拿齊泰，他的那匹白馬大概像關公的赤兔馬那樣，十分出名，成了一個很顯著的目標，齊泰異想天開，用墨把白馬塗黑，走不多遠，馬一出汗，墨汁淋漓，依舊褪成白色，有人詫異：“喲！那不是齊尚書的馬？”因而被識破行藏，捉到京里。書生不經世務如此！而建文帝用他參國政，豈不是自找倒黴？不過話說回來，齊泰雖似書呆子，也講原則，而且亦不算剛愎，比黃子澄要略勝一籌。
齊泰亦是不屈而死。成祖對他比對黃子澄要客氣些，給他留下一個六歲的兒子。至于遭遇最慘的則是方孝孺。