第一，既然這個箱子“四圍俱固以鐵，二鎖亦灌鐵”，異常堅固，何以程濟一腳便能踩碎？第二，太祖既有這樣的遺命，自然也有妥當的安排，當箱子抬來後，理應先打開看個究竟再作定奪，何以箱子未開，建文帝即命舉火，而馬皇後亦遽爾自焚？凡此都是情理不通的地方。
以下所敘述的還有漏洞。照書中所記，當時由程濟為建文帝祝發，吳王教授楊應能願意隨亡，這樣，“應文”、“應能”都有了，另有一個監察禦史葉希賢說：“臣名希賢，應賢無疑。”于是相繼改裝。其時殿中有五六十人之多，多願保護天子出亡。建文帝認為人多反而引人注目，易生不測。大家一聽這話也不錯，紛紛痛哭而去。
隨建文帝出亡的，一說九人，一說八十人，依照朱筆遺命，從“鬼門”而出；門外河邊停著一條船，船上有個神樂觀的道士王升在接駕。見了建文帝，伏地叩頭，口稱“萬歲”，說是太祖托夢，命他在此等候，一起上了船到太平門登岸，在神樂觀暫住。不久“應能”、“應賢”他們也都到了，出亡的一共是二十二個人。
上述的說法，如“托夢”云云，一望而知是胡說。但建文帝做過和尚，在西南一帶有其行跡，實無可疑；同時我們也可以相信，最後胡也見到了建文帝，《明史·胡傳》說他在永樂十七年複出巡江、浙、湖、湘，二十一年還朝，其時成祖親征在外，于是“馳謁帝于宣府。帝已就寐，聞至，急起召入。悉以所聞對，漏下四鼓乃出。先未至，傳言建文帝蹈海去，帝分遣內臣鄭和數輩，至是疑始釋”。孟心史先生就此下斷語：“還朝必馳赴宣府行在，為有確訊可報也。帝已寐而急起召入，為知此來必有所報，而不能複稍延也。所云‘至是疑始釋’，必已得建文之確實表示，不與爭國，而後心乃安也。……觀入對至漏下四鼓乃出，則其語必甚曲折，非得建文帝有若何死亡之訊一言而訖者可比；殆必曲傳建文甘心讓國之意，能使猜忌之文皇亦聽而自安。”