終明之世，對于建文帝未死而出亡，殆成定論，而錢牧齋于此在官史中顯有牾的一大事，更煞費苦心，于不悖事實的原則下，為成祖開脫。他替山東趙士喆的《建文年譜》作序，說“唯是文皇帝之心事，與讓皇帝之至德，三百年臣子，未有能揄揚萬一者”，因而他表而出之。“讓皇帝”為南明對建文所上的尊號，肯定其“遜國”，他的“至德”不需贅述。所謂“文皇帝之心事”，照錢牧齋的說法：“明知孺子之不焚也，明知亡人之在外也，明知其朝于黔而夕于楚也。胡之訪張邋遢，舍人而求諸仙，迂其詞以寬之也；鄭和之下西洋，舍近而求諸遠，廣其途以安之也。”這就是說建文帝的行蹤在成祖掌握之中，特意放他一條生路，而又唯恐建文帝不明他的“心事”，徒事倉皇，未能安居，所以特派胡和鄭和“舍人求仙”、“舍近就遠”，作為暗示。成祖有那麼仁厚嗎？當然不！不過錢牧齋是明朝的臣子，不如此調停其間，又如何說法？其人雖晚節有虧，在這些上面，不失史實之真，不暴君父之惡，立言得體，應該要佩服他。
誰知這已有定論的一重公案，到清修《明史》時，忽起爭論。因為康熙初年有“朱三太子”一案，以清朝的立場而言，“朱三太子”真也是假、假也是假，才可以絕明朝的遺民志士之望，而安定人心，用意與成祖之對建文相同，所以在修《明史》時，主張建文焚死之說。其時明史館曾為此事集議辯論，大部分迫于現實，主張“存疑”，作為對新朝的讓步，小部分堅持出亡之說，而認定“焚死”者，大概絕無僅有只一個王鴻緒。王是江蘇松江人，康熙進士，官至戶部尚書，曾進呈《明史稿》，即為今《明史》的藍本；《明史稿》原為一代大史筆萬季野的原作，但在王鴻緒進呈時，為阿附清廷的意旨，改動原稿，成為建文焚死，並自撰《史例議》，力辟出亡之說為妄。錢大昕撰《萬先生傳》，不知其中有此一番偷天換日的伎倆，誤以為萬季野主焚死之說，而《清史稿·儒林傳》，又采錢說入傳，于是而成為對萬的厚誣。
到了乾隆年間，“朱三太子”一案早成陳跡，既無顧忌，遂複其真，乾隆四十二年詔改《明史》“本紀”，建文的“書法”，重定為“棣（按：成祖名棣）遣中使出後尸于火，詭云帝尸”，數百年之謎，至此始正式揭出謎底。但修改過的《明史》未有通行本，目前聽見，仍為乾隆四十二年的殿本。此亦是研究明史所不能不知的一番曲折。