張居正的本質是法家而非儒家，他的相業，自有可觀，雖聚斂太過，大傷本源，而知人、用人，以中樞而駕馭疆吏，真所謂萬里如見，確有了不起的才具。但他個人的行為，實在不堪“奪情”之舉，已使神宗鄙視。而侍經筵有失人臣之禮，更使神宗畏憚憤恨——有一次神宗談《論語》，把“色勃如也”的“勃字”讀作“背”字，張居正突然厲聲糾正：“要讀‘勃’字！”同列失色，神宗亦大吃一驚。
張居正死于萬曆十年，其時神宗胞弟潞王的婚禮所需珠寶未備，太後向神宗提及，神宗答道：“年來廷臣無恥，盡獻了張、馮二家。”張居正抄家之禍，起于此時。
萬曆十二年，遼府次妃王氏奏請籍沒張居正家。按：遼王植于成祖即位後改封荊州，正為張居正的家鄉。隆慶末年，襲遼王憲，頗為驕橫，不理會張居正已為閣臣，對他家多所侵侮，張居正是個有怨必報的家伙，且又羨慕遼府壯麗，便存下了要扳倒遼王的心思。
不久，有人告遼王謀反，刑部訊治，侍郎洪朝選按驗並無反跡，坐以“淫酗”，遼王禁高牆，廢府，張居正奪遼府以為私第。至是遼王次妃修前怨，神宗降旨：
張居正誣蔑親藩，鉗制言官，蔽塞朕聰，私占廢遼地畝，假以丈量遮飾；騷動海內，專權亂忠，罔上負恩，謀圖不忠。本當斫棺戮尸，念效勞有年，姑免盡法，伊屬張居易、張嗣修、張順、張書俱令煙瘴地面充軍。
此詔已在張居正抄家以後，史稱其籍沒地產不及嚴嵩二十分之一，那也十分可觀了。《天水冰山錄》記嚴嵩籍沒財產清單之後，附“籍沒張居正數”，僅金銀器皿首飾之數就有：
金器皿六百十七件，重三千七百十一兩；金首飾七百四十八件，重九百九十兩；銀器皿九百八十六件，重五千二百四十兩。
至于馮保，自張居正死後，太後亦久已歸政，已失奧援而竊權如故，此因神宗從小由馮保扶掖提抱，別有憚畏；然而終亦由于朝臣的鼓勵力請，把他發到南京居住，久之乃死，死後亦不免抄家。