顧憲成官只做到“文選郎中”，確切地說，是“吏部文選司郎中”，這個職位相當于目前銓敘部管人事的一個司長，但權柄之大，連人事行政局長也不能比。“吏部文選司郎中”和“兵部職方司郎中”分別主管文武官員的任命調遷，如果想要紅包，那是太方便了。嚴嵩當國，賣官鬻爵，必須經這兩個郎中的手，所以特地設法安插了私人，號稱“文管家”、“武管家”。
明朝的人事制度原來是相當完善的，循序漸進，不怕好人不能出頭。中級以下的文武官員，由“文選”、“職方”兩郎中遞補；高級官員，包括宰相之任的大學士在內，由吏部主持“廷推”，依資曆提出候補人選，朱筆欽點。萬曆二十二年，廷推閣臣，神宗先有一道上諭，說是“不拘資品”，于是吏部推了七個人，第一名是王家屏。而王原是大學士，因為爭立儲而為神宗所驅逐，所以神宗大為不悅，下旨詰責，說“宰相奉特簡，不得擅專”。吏部尚書陳有年，也是個骨鯁之士，上疏力爭，說吏部尚書和左都禦史廷推閣臣自有例規，王家屏為宰相有名，既奉上諭“不拘資品”，所以推薦；如果宰相不廷推，將來會開一條捷徑，方便了幸進之士。力爭不允，陳有年摔紗帽，神宗便把他攆回家。
于是有好些人上疏救陳有年，顧憲成也是其中之一。神宗不納，而且革了顧憲成的職。顧憲成回到無錫，以當地縣官之助，修複了東林書院，在其中講學。一時罷廢為民的直臣，以東林為中心，講學以外兼論朝政，形成了很有力的輿論。
李三才為了爭廢礦稅不得，便想利用東林來鼓吹，刻意結交顧憲成。李是個所謂“豪傑之士”，行事與嘉靖年間防倭有名的浙江巡撫胡宗憲相差仿佛，清朝末年的張之洞也有些學他們的樣，才氣迫人，不受繩墨。李三才對于君子人用“欺其以方”的手段及權術來結納，《明史紀事本末》卷六十六：
三才多取多與，收采物情，用財如流水。顧憲成之左右譽言日至，憲成信之，亦為游揚。三才嘗宴憲成，止蔬三四色；厥明，盛陳百味，憲成訝而問之。三才曰：“此偶然耳，昨偶乏，即寥寥，今偶有，故羅列。”憲成以此不疑其綺靡。