因此，李三才被劾，顧憲成為他致書宰相葉向高申救。李的被劾起于工部郎中邵輔忠說他“大奸似忠、大詐似直”，有“貪、偽、險、橫”四大罪；禦史徐兆魁采取了同樣的行動。于是一面李三才上疏自辯，也有人為他說話，一面是攻者不絕，而神宗一概不理，牽延數月，糾紛越鬧越大。葉向高奏言：“三才已杜門待罪，宜速定去留。”神宗依然“不報”。此時顧憲成致書葉向高，稱李三才廉直；在野名流致宰相的這一私函居然見于“邸報”，傳播海內。此雖是異聞，而亦足見東林已隱操天下清議。
李三才的案子，最後的結果是：他自請罷官的奏疏“十五上，久不得命，遂自引去，帝亦不罪”，變成不了了之。但黨爭在這一案中已充分表面化，門戶壁壘亦在這一案中充分形成。
顧憲成自謂：做京官志不在君父，做地方官志不在生民，“居水邊林下，志不在世道，君子無取焉”！這是他在東林于講學以外，“諷譏朝政，裁量人物”的理論根據。中國讀書人的傳統，以天下為己任，他有權這樣做，也應該這樣做；衡之現代民主政治的法則，更非有此批評的自由不可。但如實際干與政治，就是件非常危險的事，顧憲成為李三才一案開了一個異常嚴重的惡例。今天我們論明朝黨禍，以為東林亦不得辭禍國之咎，主要的原因就在此。
在顧憲成時代，徐兆魁攻東林有言：
滸墅有小河，東林專其稅為書院費，關使（按：指滸墅稅使）至，東林輒以書招之，即不赴，亦必厚饋。講學所至，仆從如云，縣令館谷供億，非二百金不辦。會時，必談時政，郡邑行事偶相左，必令改圖。
徐兆魁的話，在當時認為“恣意誣詆”，而至末流，卻成事實。東林最後的領袖為張溥，學者稱“西銘先生”，力量足以產生宰相：崇禎十四年周延儒複起，即是張溥的操縱。《明史》三百八《周延儒傳》：張溥說延儒：“公若再相，易前轍可重得賢聲。”其後詔起入京，“溥等以數事要之，延儒慨然曰：‘吾當銳意行之，以謝諸公。’既入朝，悉反（溫）體仁輩弊政”。于此可見東林在政治上的影響力。英國有“影子內閣”，張溥此時，可謂“影子宰相”。