太子這時的心理很複雜，一方面因為鄭貴妃親來乞憐求援，不無受寵若驚之感；另一方面由于案情牽連甚廣，頗有懼意，也希望風波能平伏，所以表現得非常合作。
有個為太子“伴讀”的太監叫王安，是明朝末葉極少數的好宦官之一，他是雄縣人，在太子身邊已經二十年，鄭貴妃一再在神宗面前讒害太子，多虧王安多方保護，此時為太子結好于鄭貴妃，代草“令旨”頒示群臣，為“梃擊”一案替貴妃“辟謠”，神宗及貴妃對此都深為滿意。
為了“釋疑”，神宗又采取了一個不平常的行動，《明史紀事本末》載：
癸酉（按：為五月二十八日）駕幸慈甯宮，召見百官……輔臣方從哲、吳道南暨文武諸臣先後至。內侍引至聖母靈次（按：神宗生母李太後崩于前一年的二月，這亦是“梃擊案”所以發生的原因之一，如李後在，鄭貴妃不敢如此膽大妄為），行一拜三叩頭禮時，上西向，倚左門柱，設低座，俯石欄。百官複至禦前叩頭，上連呼曰：“前來。”群臣稍膝而前，在禦座不數武。上練冠、練袍，皇太子冠翼善元冠、素袍侍禦座右，三皇孫雁行立左階下。上宣諭曰：“朕自聖母升遐，哀痛無已。今春以來，足膝無力；然每遇節次朔望忌辰，必身到慈甯宮聖母座前行禮，不敢懈怠。昨忽有瘋癲張差，闖入東宮傷人，外廷有許多閑說。爾等誰無父子？乃欲離間我耶？適見刑部郎中趙會楨所問招情，止將本內有名人犯張差、龐保、劉成即時凌遲處死。其余不許波及無辜一人，以傷天和，以驚聖母神靈。”
接著，神宗執著太子的手，又對群臣表示他這個兒子很孝順，他極愛惜；又說，從小養到大，如果有別意，當時何不另立太子，到現在大家還有什麼可懷疑的，而且福王在數千里外，倘非宣召，他不能忽然飛了來。這些話是一再強調他本人並無廢立之意，並且極愛長子；對于鄭貴妃只字不提。用這樣的手法開脫鄭貴妃，近于掩耳盜鈴，至多只能證明神宗對“梃擊”之謀事前毫無所聞而已。