會審龐保、劉成，就因為太子這道出于王安手筆的令旨無結果而散。此外案內有名的馬三道、李守才、孔道等人，刑部定了充軍的罪名，神宗准如所請。而龐保、劉成則在宮內被處死；這自是鄭貴妃在取得神宗的許可以後，殺以滅口的手段。
梃擊一案，到此告終，時為萬曆四十三年六月。此後數年，太子得能安然無事，無疑地，是王之寀等人的功勞。但齊、楚、浙三黨的惡勢力依舊猖獗。在此三黨專政之際，外患日亟，國事益壞，茲簡記清太祖努爾哈赤崛起的過程如下：
萬曆四十四年正月朔，滿洲諸貝勒大臣奉表勸進，尊努爾哈赤為覆育列國英明皇帝，國號“大金”，建元“天命”，定都興京。（按：清為女真族，所以不久又改國號為“後金”，以為區別；至清太宗時因為清人對金夙具惡感，所以改為聲音相近的“清”，且頗諱言“女真”及“金”的字樣。）
四十六年二月，清太祖以“七大恨告天”為借口而伐明。五月，撫順失陷。九月，神宗加天下田賦，每畝三厘五毫。
四十七年，遼東經略楊鎬由沈陽四路出師，兵員號稱四十七萬，大敗，死四萬五千余人。八月，清滅葉赫，從此海西四部盡屬于清。十二月，神宗再加天下田賦，仍為每畝銀三厘五毫。
四十八年三月，再議加賦，每畝二厘。
三年三次加賦，每畝的賦稅共計增加了九厘，並且由臨時的加派轉變為永久的定額，而內庫之積如山，神宗不肯拿出來供作軍費，有個叫張銓的禦史有段極沉痛的話：
譬之一身，遼東肩背，天下腹心也。肩背有患，猶借腹心之血脈滋灌；若腹心先潰，危亡可立待。竭天下以救遼，遼未必亡而天下已危。今宜聯人心以固根本，豈可朘削無已，驅之使亂？且陛下內廷積金如山，以有用之物置無用之地，與瓦礫糞土何異？乃發帑則以閽不應，加派則朝奏夕可，臣殊不得其解。
萬曆三次加派，所謂“民失其樂之心”，為造成明末流寇的主因。內憂招致外患，外患加深內憂，明朝就亡在這樣一個互為因果的惡性循環之下。