孫慎行討方從哲的奏疏一上，奉旨會議具奏，這原是一個正常的處置辦法，誰知所得到的是聚訟紛紜、動蕩不安的反效果。東林中激烈的一派，如魏大中等人，申援孫慎行之說；另外方從哲因為久居京師，獨相多年，潛勢力很雄厚，兩派互攻，恰好給了魏忠賢從中取利的機會。因此，對實際政治有了解的人，對明末大局都有言官誤國的感想，而推原論始，孫慎行不可恕也！
當“舊輔”方從哲的罪名未定之時，另一個新入閣的輔臣在暗中已為閹人所勾結，這個人就是沈。他早年當過南京禮部尚書；提起此人，熟悉天主教在中國傳教的曆史者，對他不會陌生。
在孫慎行的想法，今日之事大壞，壞在萬曆末年，而自萬曆四十二年葉向高辭官回里開始，方從哲幾乎獨相六年之久，因此內而三案、外而遼東的失地喪師，方從哲都應該負責。就史筆論是非，方從哲固難逃誤國之罪，但就當時實際情形而言，孫慎行的放馬後炮不但無益，而且亦有喪忠厚。因為誤國為神宗自誤，天下有亡國之君始有亡國之臣，神宗讓方從哲獨相，就是因為他能聽話的緣故。其時神宗躲在深宮，沉涸煙霞，不但朝政不理，連家事都懶得過問，如皇五子常浩二十五歲尚未選婚，皇六子常潤、皇七子常瀛亦都二十未婚，這可以說是宮闈中從未有過的不正常現象。然則試問：即令有安邦定國之才的臣子，又何可有所作為？至于說方從哲無能作為而貪位不去為無恥，這話也只可責君子，不必責小人，小人原只以祿位為重，談不到什麼責任感。
孫慎行尤其錯誤的一點是，方從哲事實上在上年年底已經被攻去位。老實說，在明朝中葉以後，像方從哲這樣能在正論譴責之下引退，猶不失羞恥之心。同時那時候也不是是非分明的時代，有這樣一個結果，得來非易，應該加以珍視護視，不可以把順風旗扯得太足，激出不必要的紛爭——好比久病虛弱的人那樣，當有起色之時，需要培元固本，投以清和的滋補之劑；而孫慎行為逞其快意，加用一副全無必要的狼虎藥，以致弱者愈弱，引起別樣外感，終于搞成虛不受補的棘手局勢。