萬曆四十四年（公元1616），沈在署南京禮部尚書任內，得到方從哲的支持，盡逐天主教士，天主教視作“教難”。沈與方從哲都是湖州人，一隸德清，一隸烏程，自少交好，所以在萬曆末年會推輔臣時，孔老夫子岳家的後裔當時召諫齊、楚、浙三黨中齊黨的首腦亓詩教，希附他老師方從哲的旨意，提名沈，神宗已內定召用，朝旨未發而崩。光宗即位，大量補用輔臣，沈為其中之一，于天啟元年夏天入京。
沈與當時的大珰有師生的關系——明朝宮內設“內書堂”教太監讀書，史玄《舊京遺事》記：
內書堂，宣德中創建，以教內臣讀書，選年十歲上下者充補。始自大學士陳山為之師，今以翰林詞臣教習……每學生一名，各具白蠟、手帕、龍掛香以為束之敬。所讀之書，故事給《百家姓》《千字文》及《孝經》《大學》《中庸》《論語》《孟子》；寫字給刷印《千家詩》《神童詩》影本。蓋略取識字，不甚于悖高皇之制，垂世守焉。
又《明史·沈傳》：
故事，詞臣教習內書堂，所教內豎執弟子禮。李進忠、劉朝皆弟子。李進忠者，魏忠賢始名也。
按：魏忠賢為沈弟子之說，似乎不實，因為魏忠賢不識字，且內書堂選十歲左右的小太監入學，而魏忠賢進宮是在成年以後。不過沈既在內書堂教過書，則與太監有特殊淵源，轉相牽引，固不必一定要教過魏忠賢的書亦可與魏接納。
其時清太祖努爾哈赤已收服扈倫四部，取沈陽、遼陽，攻西平堡，廣甯巡撫王化貞大敗而逃，經略熊廷弼退入關內，京師戒嚴。魏忠賢借此為名，仿照武宗異想天開的“內教場”的辦法，請熹宗在大內“選武閹、練火器”，開“內操”，沈從中附和，以為結納。
明武宗即民間所稱的“正德皇帝”，他有四分之一的瑤人血統，生性好武，是個有名的頑童，所以雖設“內教場”，自己還能統馭。熹宗則不懂兵事，魏忠賢、劉朝等人“開內操”，加以錦衣衛及東廠也控制在他們手里，如是一旦要造起反來，撲滅相當麻煩，因而正人君子斥附和其事的沈為“肘腋之賊”，群起而攻。