沈的行為，在大臣之中惹起了極大的反感。方從哲不過庸暗不知大體，屈服于來自宮內的壓力之下，到底也還不敢彰明較著地阻撓大計、勾結內監，此所以移宮一案，正人君子得以放手做去，但就這樣，已為言官攻擊得體無完膚。然則相形之下，沈的甘為巨珰鷹犬，並且還有交通外戚駙馬都尉王昺的情事，而所倡議者則又為足以引起大禍的“開內操”，凡此毫無心肝的惡行，自比方從哲更不可恕。
因此，刑部尚書借閹黨徐大化彈劾給事中周朝端、惠世揚一事發牢騷說：
大化誠為朝廷擊賊，則大臣中有交結權珰、誅鋤正士如宋蔡京者，何不登彈文而與正人日尋水火？
這里的“大臣”就是指沈。閹黨為沈張目，以王紀所劾“大臣無立名，請令指實”，于是王紀正面開火，直攻沈，說他與蔡京“雖生不同時，而事實相類”，把沈“結納魏忠賢”比作蔡京的“契合童貫”，把“逐顧命元臣劉一燝、周嘉謨”比作蔡京排擠呂大防、蘇軾。又說：
至于賄交婦寺，竊弄威權，中旨頻傳而上不悟，朝柄陰握而下不知，此又京迷國罔上，百世合符者。
這一段話中的“賄交婦寺”，當然是指客、魏而言，因此他們為“泣訴于帝前”，熹宗認為王紀太啰唆，申斥了一頓。
另一方面，沈不擇手段報複，利用兵部尚書張鶴鳴在論遼東兵敗一案中惡熊袒王的機會——遼東經略熊廷弼、巡撫王化貞，熊有膽略而王好大言。張鶴鳴與熊廷弼意見不合，所以唆使王化貞不受經略節制，以致經撫不和而有廣甯之失，其時方在議罪。此為明亡清興的一大關目，亦為當時使門戶之爭深刻化的一大公案——挑起冤獄，將王紀牽涉在內，因而“削籍為民”。朝野對沈越發側目，他的內心很不安，極力求去，于是跟劉一燝一樣，“命乘傳歸”——這一個結果，是輔臣葉向高和朱國祚力爭得來的。