其時吏科都給事中出缺，照年資推論，該一個姓周的遷補，其次是阮大鋮，再次是魏大中。阮大鋮想謀這個缺，活動到魏忠賢左右，請他發一道“中旨”，借故不准那姓周的遷補，好讓他成為第一優先。趙南星知道了這件事，很討厭他，于是援用規定，預備以阮大鋮例行調任，連原來的給事中都將當不成。阮大鋮疑心這是左光斗在搗鬼，因而結了怨，當然也恨魏大中。
另一方面，有熊明遇、徐良彥都補僉都禦史，而趙南星引左光斗補這個缺，熊、徐二人跟左光斗又結了怨。至于魏大中則冤家更多。
魏大中是浙江嘉善人，受業于高攀龍，家里極窮，而不以窮為惡，慨然有天下之志；天啟四年春間正當禮科的副長官左給事中。六科稽查六部，其時禮部請封蔭恤典的奏疏甚多，這都是客、魏為了培植私人預先取得資格的一種手法，魏大中公事公辦，多加裁抑，因而結了許多冤家。
最壞的是東林內部亦有以地域來分的派系，魏大中曾駁了蘇松巡撫王象恒和劉一燝的弟弟浙江巡撫劉一焜的恤典，所以王的同鄉山東人、劉的同鄉江西人亦都對魏大中大為不滿，其中有個江西人給事中章允儒性情尤其忮刻，必欲去魏大中而後快。
于是同惡相濟，由阮大鋮與章允儒定計，熊明遇、徐良彥等人一起教唆給事中傅櫆奏劾左光斗、魏大中與汪文言朋比為奸。魏忠賢大喜，當時把汪文言抓到鎮撫司監獄。左光斗與魏大中則上疏自辯，禦史袁化中等人紛紛申救，同時大學士葉向高因為汪文言是他所引進，所以引罪辭官。這正反兩種手段的壓力也很大，而且鎮撫司劉僑又聽了禦史黃尊素的話，以為不宜興起大獄，所以處理得很謹慎，只把汪文言辦了廷杖褫職的罪名，其他無所株連。左光斗照舊供職，遷補了吏科都給事中的魏大中，亦准許履任。
京官到任，向例由鴻臚寺轉奏報名，完全是備案性質，從無批諭。魏忠賢心有不甘，矯旨批複，說魏大中與傅櫆“互訐未竣，不得赴新任”，這個史無前例的舉動，滿朝詫異，甚至連傅櫆都替魏大中講話。