親日官員辭職，被捕學生釋放，上海和其他各地的全面罷課罷市風潮歇止以後，大家以為"五四"事件就此結束，至少暫時如此。但是北京大學本身卻成了問題。蔡校長顯然因為事情鬧大而感到意外，這時已經辭職而悄然離開北京。臨行在報上登了一個廣告引《白虎通》里的幾句話說："殺君馬者道旁兒，民亦勞止，汔可小休。"他先到天津，然後到上海，最後悄然到了杭州，住在一個朋友的家里。住處就在著名的西湖旁邊，臨湖依山，環境非常優美，他希望能像傳統的文人雅士，就此息隱山林。雖然大家一再敦勸，他仍舊不肯回到北大。他說，他從來無意鼓勵學生鬧學潮，但是學生們示威游行，反對接受凡爾賽和約有關山東問題的條款，那是出乎愛國熱情，實在無可厚非。至于北京大學，他認為今後將不易維持紀律，因為學生們很可能為勝利而陶醉。他們既然嘗到權力的滋味，以後他們的欲望恐怕難以滿足了。這就是他對學生運動的態度。有人說他隨時准備鼓勵學生鬧風潮，那是太歪曲事實了。
他最後同意由我前往北京大學代理他的職務。我因情勢所迫，只好勉強同意擔負起這副重擔，我于是在七月間偕學生會代表張國燾乘了火車，前赴北京。到了北京大學，初次遇見了當時北大學生，以後任台大校長的傅孟真(斯年)，現在台灣任國史館長的羅志希(家倫)。兩位是北大"五四"的健將，不但善于謀略，而且各自舞著犀利的一支筆，好比公孫大娘舞劍似的，光芒四照。他們約好了好多同學，組織了一個新潮社，出版了一種雜志，叫做《新潮》，向舊思想進攻。我現在寫《西潮》，實在自從"五四"以後，中國本土，已卷起了洶湧澎湃的新潮，而影響了中國將來的命運。然而"五四"之起因，實為第一次世界大戰後，歐洲帝國主義之崩潰，以及日本帝國主義的猖狂。所以畢竟還是與西潮有關。
我到校以後，學生團體開了一個歡迎大會。當時的演說中，有如下一段：
"……故諸君當以學問為莫大的任務。西洋文化先進國家到今日之地位，系累世文化積聚而成，非旦夕可幾。千百年來，經多少學問家累世不斷的勞苦工作而始成今日之文化。故救國之要道，在從事增進文化之基礎工作，而以自己的學問功夫為立腳點，此豈搖旗吶喊之運動所可幾?當法國之圍困德國時，有德國學者費希德在圍城中之大學講演，而作致國民書日：'增進德國之文化，以救德國。'國人行之，遂樹普魯士敗法之基礎。故救國當謀文化之增進，而負此增進文化之責者，惟有青年學生。……"
暴風雨過去以後，烏云漸散，霽日重現，蔡先生也于九月間重回北大複職視事。
北大再度改組，基礎益臻健全。新設總務處，由總務長處理校中庶務。原有處室也有所調整，使成為一個系統化的有機體，教務長負責教務。校中最高立法機構是評議會，會員由教授互選：教務長、總務長，以及各院院長為當然會員。評議會有權制訂各項規程，授予學位，並維持學生風紀。各行政委員會則負責行政工作。北大于是走上教授治校的道路。學術自由、教授治校，以及無畏地追求真理，成為治校的准則。學生自治會受到鼓勵，以實現民主精神。
此後七年中，雖然政治上狂風暴雨迭起，北大卻在有勇氣、有遠見的人士主持下，引滿帆篷，安穩前進。圖書館的藏書大量增加，實驗設備也大見改善。國際知名學者如杜威和羅素，相繼應邀來校擔任客座教授。