白發人送黑發人，這無疑是晚年最大的悲哀。在如此沉重打擊之下的胡適，健康逐漸惡化，本有的心髒病越發嚴重了，屢次都因為心髒病複發而住進台灣大學附屬醫院。
任"中央研究院"院長的胡適
樹老生蟲，人老多病，這是難免的自然規律。除了身體的衰退，胡適在台灣最後的幾年人生的道路並不平坦，在熱鬧的背後，許多讓他痛心的事情接二連三地發生。
胡適在台灣頗受蔣介石的重視，蔣介石希望借胡適這塊牌子為自己的政權多立一個"民主自由"的幌子。1958年胡適出任"中央研究院"院長，就職的時候他做完演講，蔣介石上台講話說："胡適宣揚的五四精神，專門講科學與民主，這兩個當然很重要，可我覺得不夠，還必須加上倫理，民主科學倫理，才能有一個平衡發展。"這番論調其實是蔣介石常掛在嘴邊的名言，總結陳詞後本該就這麼結束了，沒想到胡適書生意氣地又跑上台去說了一通，把蔣介石的話痛批了一頓。胡適說："社會生活的發展需要民主，提高知識改善生活需要科學，至于倫理，是隨時代而變動的，決不可能跟民主科學相提並論。"他噼里啪啦地講完後，只見蔣介石臉色青一塊紫一塊，當時有幾百名學者在場，他們都為胡適捏了把汗，因為這樣公開的批評是極其少見的。還好蔣介石頗有風度，當場沒發脾氣。
蔣介石對胡適面子上的工夫一般是做足的。胡適主持"中央研究院"第三次會議時，蔣介石以"總統"之尊親自到現場致辭，特意撥專款在南港為胡適建造了在南港的院長住宅。1960年12月17日胡適七十大壽，祝壽的活動隆重而熱鬧，蔣介石親手書寫"壽"字，並在政府設宴為胡適祝壽。南港寓所很幽靜，晚年的胡適幾乎過著隱居的生活。由于南港曆史語言研究所圖書館的藏書豐富，胡適終于有條件了卻心願，完成未盡的事業。
然而樹欲靜而風不止，胡適自己想在平靜著述中安度晚年，大陸和台灣的政權卻為了各自需要，先後都發起批判胡適的運動。胡適被卷入了政治文化爭斗的漩渦中心，被當作各取所需的靶子來批斗。
清算胡適的幽靈
大陸清算胡適思想的流毒早在建國初就開始，1949年五四當日，《人民日報》即發表了《五四的兩個基本口號》，指出胡適在"問題與主義"之爭時的主張，是為了"阻礙馬克思列甯主義在中國成長，是表示資產階級對于工人階級的革命領導權的抗拒"。批判胡適是"反革命的辯護人，以致成為反革命中的一分子"。進入1951年，如火如荼的知識分子改造運動達到高潮，在北大師生召開"控訴會"時，胡適的很多同事、學生，紛紛表示膺服馬列主義，批判胡適資產階級自由主義思想。