台大問題遠不止這些，因為等他接手時，國民黨已經敗退台灣，一些軍政大員拖兒帶女地大量撤至台灣，跟著親戚朋友流落來的大中學生眾多，由此要求入學人數驟增。權要子女成績再差也要求就讀，倘若拒絕便會惹是生非。退守後師資方面不可能再往大陸聘請，而一些濫竽充數的師資又想進來，比如一些逃亡台灣的政界官員仕途失意欲進學界的，或任職政府高位為給臉上貼金而想外兼教職的，校方只得放寬選聘條件，結果導致師資方面參差不齊。
不過管理大學傅斯年自有他的一套，在他的人生軌跡中，從進入北大讀書開始，幾乎就一直沒有離開過大學。他曾先後出任中山大學、北京大學、西南聯大教授。在受命擔任台大校長之前，他做過西南聯大校務委員、北大代理校長。對辦大學傅斯年並不是個生手，多年一線實戰使其積累了比較豐富的經驗，形成了一套獨具個性又行之有效的工作思路。
傅斯年像
亦師亦友的胡適曾說過傅斯年："他能做最細密的繡花針功夫，他又有最大膽的大刀闊斧本領。他是最能做學問的學人，同時又是最能辦事，最有組織才干的天生領袖人物。"傅斯年有胡適不得不佩服的行政能力，他在上任台大伊始，便迅即展開了全面詳細的調查研究，針對學校當前的狀況，制定了相應的管理及發展規劃。在1949年度第一次校務會議上，他的"校長報告"明確指出："本校將來的進步，可以分作三項去看，也可以三個層次：一教育范圍的；二學術范圍的；三協助社會上的，尤其是台灣省內，建設范圍的。這三項原則不能截然劃分，然為推行有效起見，也不能不大致劃分，作為三個階段。"他在管理步驟上高屋建瓴，從總體上明確了台大人才培養、學術研究以及社會服務這三大任務。
在傅斯年心中，近代意義上的大學是很清晰的，他說："大學是個教授集團，不是一個衙門，照大學法，校長雖然權力甚大，然我為學校之前途計，決不能有極權主義的作風。"他思路非常明確："一個大學必須大家要辦好，才能辦好，便可以辦得好，決不是校長要辦好的。我所謂大家這包括全校教職員、學生、工友在內。""大學的主體當然在教授，為教育、為學術的研究，這都是當然的。假如教授受行政人的干預太多了，流弊極大，可以弄到學術研究根本難得進行。"傅斯年從事過大學系、院、校各級行政管理工作，深切懂得辦大學同其他事業一樣也是眾人拾柴火焰高，需要全校教職工一起努力。
他在管理上不是眉毛胡子一把抓地東一榔頭西一棒子，他知道其中師資是一所大學的靈魂的道理。一流的大學必須有一流的師資，因而他非常重視大學教師的選聘和培養，把這項工作作為辦好大學的中心環節，他常說："一分人才，一分成績，半分人才，半分成績，毫不含糊，校長壞了，固然可以把學校弄得很糟，校長不壞，也沒有法子把學校弄得格外的好，學校的好不好，糟不糟，只有一句話，人才集中不集中。"