1989年2月，崔健創作並完成《新長征路上的搖滾》，同時在大陸、香港、台灣出版發行，隨後在台灣榮獲雙白金唱片獎，在香港獲白金唱片獎。
1989年3月，在北京展覽館舉辦"新長征路上的搖滾"演唱會，轟動京城。同年《一無所有》榮獲《人民日報》、中國國際文化交流中心舉辦的新時期十年金曲獎，並獲得優秀歌手獎。
1992年，崔健獨立制作完成電視音樂片《快讓我在雪地上撒點野》在美國榮獲三項大獎，並得到國際MTV大獎。
1997年，崔健榮獲"YMC"至尊榜總選"97中國推薦榜至尊男歌手"。
2001年，崔健榮獲"英特爾創意特別成就獎"。
2001年12月2日，崔健接受了荷蘭駐中國大使館大使頒發的克勞斯親王獎。該獎項一年頒發一次，其對象是來自亞洲、非洲、拉丁美洲以及加勒比海地區的知識分子，崔健因其"音樂借鑒了中國傳統詩歌的表現形式，與中國的社會文化緊密相連，表達了中國對世界青年的心聲"（評委會語）而獲該項大獎。
2003年，崔健榮獲第一屆中國輕音樂學會"搖滾音樂貢獻獎"。
2004年9月26日，崔健在美國舊金山接受了"世界和平音樂大獎"，該獎項在于鼓勵和肯定優秀音樂藝術家為促進世界和平做出的傑出貢獻及在音樂事業上的卓越成就。
2004年10月10日，在由廣州市政府主辦的第一屆"聲響亞洲——錄音技術與科學文化節"上，崔健憑借其作品《小城故事》榮獲評委會大獎——"優秀搖滾音樂錄音獎"。