俄輿論認為，大批將軍集體辭職"這一程序既沒有寫入憲法，也沒有寫入軍隊的條令，在俄羅斯實屬史無前例"。《消息報》說得更明確，這次集體辭職帶有"自願-強迫性質"。據說，國防部的將軍們是接到謝爾蓋耶夫元帥的命令後才寫辭職報告的。俄軍事新聞局更是一語道破天機，說是俄總統事務局給謝爾蓋耶夫出的主意。為什麼克里姆林宮要采取這一舉措呢？官方的解釋是"此舉意在最大程度地減輕俄羅斯新總統普京在重組國防部和總參謀部過程中的負擔"。雖然克里姆林宮一再保證，在重組軍隊領導班子時，國防部和總參謀部的主要領導人都將留任，將軍們都將得到新總統對自己職務的重新任命。在沒有接到委任狀之前，一些人心里總覺得不踏實。
俄軍事評論家認為，雖然國防法規定，總統有權任命國防部長和副部長、總參謀長和副總參謀長、軍兵種總司令以及師長以上的將官，但國防法沒有任何一款曾暗示，這些擔任相應職務的將軍們在新國家元首就職後都要辭職，並向新總統重新進行效忠宣誓。
2000年5月18日，俄公布了第一批進入新內閣成員名單。除總統警衛局局長克拉皮溫、對外情報局局長特魯布尼科夫未被重新任命外，國防部長謝爾蓋耶夫、外交部長伊萬諾夫、內務部長魯沙伊洛、聯邦安全總局局長帕特魯舍夫、聯邦政府通信與信息局局長馬秋欣等其他強力部門領導人全部留任。
實行劃區管理和改變聯邦委員會組成方式等做法，只是普京為加強國家政權建設所采取措施的一部分。俄分析家認為，一旦措施到位，俄將重新建立起從中央一直到村委員會垂直的政權管理體系，從而結束俄立國以來權力過于分散的混亂局面。在改革過程中，俄地方行政長官將失去許多法律規定的特權，這自然是"諸侯們"所不願意看到的，必將采取公開或秘密的方式加以抵制。對此，普京總統已有清醒認識，並決定依靠強力部門來實現自己的治國宏圖。他任命了5個將軍為聯邦區的總統代表，並讓絕大多數強力部門領導人留任。這一切都說明，當俄羅斯進入國家發展新階段的時候，更需要"帶槍的人"保駕護航。
金錢與權力的對決："決不允許任何人要挾國家"。葉利欽時代，"家族"勢力控制了俄羅斯的政治進程。普京接任總統後，基本上還是"按照既定方針辦"。
自1991年開始，葉利欽倡導的"休克療法"帶來的一個後果就是：暴富起來的大財閥和掌握政權的政府高官逐漸結合成一個利益共同體，這個共同體被人稱之為"家族"。
普京接任總統後，"家族"勢力試圖獲得更多的經濟利益和更大的政治發言權。但有宏偉抱負、又具有強勢性格的普京並不甘心當他們的傀儡。隨著普京政權的鞏固，也部分由于"家族"勢力的囂張，于是普京下決心結束以"家族"勢力控制克里姆林宮為標志的葉利欽時代。
為了防止富人參政給自己帶來麻煩，普京上台伊始就跟富豪們約法三章。他召集俄羅斯有影響力的富豪，表示以2000年為界限，國家不再追究寡頭們是如何在私有化過程中暴富起來的，但是這些寡頭也不能再介入國家政治生活，不允許利用大資本干擾政治進程。
承認這些暴富的人的財產合法，可以說是普京最高明的一步棋，之後，很多富翁一心"悶聲發大財"，不再過多地涉足政治。但也有一些人不安于僅僅有錢的現狀，不斷地對普京的權力產生影響。這些自然令普京非常不快。
最早跟普京對著干的是當時的頭號寡頭別列佐夫斯基和古辛斯基。他們自認為幫助普京問鼎俄羅斯總統寶座有功，有居功自傲的嫌疑，但他們錯看了普京。這個鐵腕人物利用法律手段，將二人相繼逼出國內，流亡國外。列佐夫斯基和古辛斯基的下場，使得俄羅斯很多富豪不得不有所顧忌。但有一個人除外，此人就是霍多爾科夫斯基。
霍多爾科夫斯基是俄羅斯的首富。他從1997年入圍《福布斯》"全球億萬富翁排行榜"以來，其排名不斷上升。2002年，霍多爾科夫斯基的個人資產達到37億美元，2003年更是激增到80億美元。在《福布斯》評出的"全球最有影響力的十大富豪"中，霍多爾科夫斯基名列第七，其影響力之大，在俄羅斯無出其右者。
以霍多爾科夫斯基為代表的"家族"勢力不滿足于自己的活動僅局限于經濟領域，而是對政權有了更真切的理解和更癡迷的向往，霍氏不僅在政府和議會里培植人脈，甚至還表示有意問鼎總統寶座。
普京擔任總統之後，俄羅斯人民關注的焦點問題之一就是，總統將如何處理與寡頭的關系。這不僅是對普京的嚴峻考驗，也決定俄羅斯社會發展的未來走向。
普京在處理與寡頭的關系方面，一開始就顯示出了鮮明的政治獨立性。早在總統選舉期間，普京與寡頭群體就保持了合理的政治距離。當選總統之後，普京大力削弱寡頭政治的影響，並努力創造條件逐步摒棄寡頭政治。普京不顧少數寡頭利益，遵循經濟規律辦事。雖然在總統競選活動中，普京也曾獲得多數寡頭政治上和財政上的支持，但是，普京執政後並沒有給那些支持他競選的寡頭干涉政治、掠奪經濟利益"開綠燈"。