在沒有其他確鑿證據之前，我們只能相信《實錄》和《玉牒》的記載。不過，雍正檔案與雍正實錄關于熹妃錢氏與鈕祜祿氏的記載上的矛盾，至今仍不能夠完滿地解決。所以，乾隆生母問題，仍為曆史疑案。不僅如此，連乾隆的皇後和皇妃也有許多可以稱為“疑案”的事情。
兩後死因之謎
乾隆的後妃有名分的：三後、五皇貴妃、五貴妃、七妃、六嬪、三貴人等，總共29人。
先說乾隆的三位皇後。
乾隆的第一位皇後富察氏。雍正五年（1727年），富察氏被冊為寶親王弘曆的嫡福晉。這年乾隆17歲，嫡福晉富察氏15歲。乾隆二年（1737年），嫡福晉富察氏被冊為皇後。皇後富察氏出身名門，她的曾祖父哈什屯順治時任議政大臣，祖父米思翰康熙時任內務府總管、戶部尚書、議政大臣，父親李榮保任察哈爾總管，兄馬齊任兵部尚書、左都禦史、議政大臣、武英殿大學士，“曆相三朝”，兄馬武任內務府總管、鑲白旗蒙古都統、領侍衛內大臣，弟傅恒任戶部尚書、軍機大臣、保和殿大學士，賜第在東安門內。皇後富察氏，性賢淑，尚節儉，不奢華，孝順太後，敬愛乾隆。乾隆年輕時，曾患癤，剛愈，太醫說：“須養百日，元氣可複。”皇後就每晚在乾隆寢宮外面居住，精心奉侍，百日之後，才回寢宮。乾隆十三年（1748年）正月，皇後富察氏隨乾隆帝和皇太後東巡，前往山東曲阜祭孔。三月十一日，在返京途中死于德州船上，年37歲。
關于富察氏之死，野史記載：三月十一日夜，乾隆東巡回鑾，駐德州，在舟中宴飲淫樂。皇後激切進諫，乾隆加以詬訾。後羞忿，投水死。蔡東藩《清史演義》說：皇後之嫂（實為皇後弟妹）即傅恒夫人，在皇後千秋節時前來祝壽。酒宴間聯詩。乾隆起句道：“坤闈設帨慶良辰”，皇後續道：“奉命開筵宴眾賓”，嫂嫂隨續道：“臣妾也叨恩澤逮”，乾隆則接道：“兩家並作一家春”。酒後乾隆同嫂嫂私通，被皇後察覺。皇後同乾隆從此產生芥蒂。禍不單行，皇後生的兒子永璉，秘密立為皇太子，也因天花病死。乾隆十三年（1748年）出巡，皇後陪同，死于船上。
于是，產生諸如福康安的身世之謎的傳說與故事，懷疑福康安為乾隆同傅恒夫人所生。高陽認為：福康安的際遇之隆，清三百年，無與倫比。雖“垂髫豢養”，卻本傳不見記載；雖“多年訓誨”，卻並未招作額駙（其兩兄皆為額駙）。因之，“其中原故，反足深思”。
其實，乾隆帝與皇後的感情還是很好的。《清史稿·後妃傳》記載：“十三年，從上東巡，還蹕，三月乙未，後崩于德州舟次，年三十七。”乾隆為此悲慟不已，連續九天，每天在皇後靈柩前三次擺上供品。乾隆用富察氏生前所希望的“孝賢”二字，來作為她的諡號。孝賢皇後富察氏的靈柩，安放在裕陵地宮四年多。在這段時間里，乾隆皇帝共為她祭奠100多次，並寫下一篇情真意切的《述悲賦》：“《易》何以首乾坤？《詩》何以首關雎？為人倫之伊始，固天儷之與齊。”“悲莫悲兮生別離，失內位兮孰予隨？”意思是說，我是多麼悲痛啊，這樣生死離別，失去賢惠內助，今後誰來陪伴我呢？所以，野史與傳說，缺乏曆史依據。
第二位皇後烏拉那拉氏。佐領那爾布之女。乾隆做皇子時，烏拉那拉氏被冊為側福晉。她不僅深得皇帝寵愛，而且頗討皇太後喜歡。乾隆登極後，封為嫻妃。在皇後富察氏死後，她由貴妃晉為皇貴妃，統攝六宮事，再被冊為皇後。在乾隆三十年（1765年）初，皇後陪皇太後和乾隆第四次下江南。在途中，皇後剛過48歲生日，就出了問題。
蔡東藩在《清史演義》中，寫了“游江南中宮截發”回目。小說中寫乾隆在和珅陪伴下游金陵秦淮河，登舟游幸，感歎：“北地胭脂，究不及南朝金粉！”乾隆同和珅在舟中，擁妓酣飲，色迷心醉。後被皇後發現，二人發生口角，“皇後氣憤不過，竟把萬縷青絲，一齊剪下”。就是說，皇後勸阻皇帝不要出去尋歡作樂，因而惹惱了乾隆皇帝。這種說法可能出自想像，但皇後惹惱了皇帝是肯定的。從此皇後烏拉那拉氏就被打入冷宮。若不是眾位大臣苦勸，乾隆皇帝就會重演當年他的曾祖父順治皇帝廢掉皇後的故事。第二年，也就是乾隆三十一年（1766年）七月十四日，皇後烏拉那拉氏終于在冷宮中走完了49歲的人生之路。
這件事情，清宮檔案記載：閏二月十八日，皇後在行宮吃早飯時，還得到皇帝賞賜。到了晚飯時，皇後卻不見了蹤影。她的名字被黃簽蓋上。皇後哪里去了？有人說她發了瘋病，在杭州削發當了尼姑；也有人說她被先行遣回了京師。清宮的《上諭檔》記載：閏二月十八日，乾隆派額駙福隆安扈從皇後那拉氏，由水路先行回京。那麼，皇後為什麼被遣送回京？
《清史稿·後妃傳》記載：“（乾隆）三十年（1765年），從上南巡，至杭州，忤上旨，後剪發。上益不懌，令後先還京師。三十一年七月甲午，崩。”滿洲有個習俗，親人故去才“斷發成服”。因此，皇後剪發，犯下大忌！皇後死訊傳來時，乾隆皇帝正在木蘭圍場打獵。他並沒有停止打獵，命皇後那拉氏的兒子回京辦理喪事，並命喪儀照皇貴妃禮辦理，也就是說要從皇後降一個等級到皇貴妃。皇後烏拉那拉氏的命運與孝賢皇後富察氏的命運相比，真有天壤之別。