第二，調虎離山。乾隆駕崩，和珅失去靠山，死期已經逼近。當天，嘉慶一方面任命和珅與睿親王等一起總理國喪大事，一方面傳諭他的老師署安徽巡撫朱珪來京供職。初四日，嘉慶發出上諭：譴責在四川前線鎮壓白蓮教起義的將帥玩嬉冒功，並借此解除和珅死黨福長安的軍機處大臣職務。嘉慶命和珅與福長安晝夜守靈，不得擅離，切斷他們與外界的聯系。這實際上削奪了和珅的首輔大學士、領班軍機大臣、步軍統領、九門提督的軍政大權。
第三，突然出擊。正月初五日，給事中王念孫等官員上疏，彈劾和珅弄權舞弊，犯下大罪。初八日，嘉慶宣布將和珅革職，逮捕入獄，在朝野掀起政治大波。嘉慶進行了一系列的人事調整。如初八日，嘉慶命令從即日起，所有上奏的文件，都要直接向皇上奏報，軍機處不得再抄錄副本，各部院大臣也不得將上奏的內容事先告訴軍機大臣。並命宗室睿親王淳穎、定親王綿恩、儀親王永璿、慶郡王永璘等分別掌握軍政大權。
第四，制造輿論。嘉慶命各直省和在京大員，就和珅事向朝廷表態。直隸總督胡季堂首先表態，他在奏折中指責和珅喪心病狂、目無君上、蠹國病民、貪黷放蕩，真是一個無恥小人，請求將其“凌遲處死”。“凌遲”就是千刀萬剮。嘉慶立即批示，在京三品以上官員討論這個意見，若有不同意見，也可以自行向皇帝上奏。實際上，就是以胡季堂的意見定下基調，並通報各省督、撫，要他們都表明態度。
第五，懲辦和珅。初九日，在公布乾隆遺詔的同時，將和珅、福長安的職務革除，下刑部大獄。命儀親王永璿、成親王永瑆等，負責查抄和珅家產，並會同審訊。初十日，嘉慶禦批“實力查辦以副委任”，全面清查和珅大案。十一日，在初步查抄、審訊後，嘉慶宣布和珅二十大罪狀：主要有欺騙皇帝、扣壓軍報、任用親信、違反祖制、貪汙斂財等。十八日，在京文武大臣會議，奏請將和珅凌遲處死，將同案的福長安斬首。嘉慶四年正月《上諭檔》中記載：嘉慶諭示“和珅罪有應得”，就是說怎麼嚴懲和珅都不過分，但考慮到他曾任領班軍機大臣，為了朝廷體面，賜他自裁。據說和珅在獄中，自知生命不久，對著窗外元宵明月，感慨賦詩道：“對景傷前事，懷才誤此身。”在電視劇《宰相劉羅鍋》中有這樣的鏡頭：和珅得到嘉慶皇帝賜給他的三尺白綾，在獄中自盡。福長安以阿附和珅，令其到和珅死所跪視和珅自裁，並革去軍機大臣、戶部尚書職，逮下獄，籍其家。
第六，講求策略。嘉慶說，和珅得罪的是先皇，所以要在皇父大喪期間，處治這個先皇的罪臣。和珅被誅後，其黨羽皆惶恐不安。有的朝臣上疏，力主窮追其余黨。嘉慶並沒有這樣做，而是在除掉和珅後，馬上收兵。對和珅的親信，除伊江阿、吳省蘭、吳省欽等人給予處分外（和琳已死），其他由和珅保舉升官者或給和珅送賄者，概不追究。嘉慶宣諭：“凡為和珅薦舉及奔走其門者，悉不深究。勉其悛（quān）改，咸與自新。”此諭一下，人心始安，政局穩定。
嘉慶對和珅的懲治，動作迅速，乾淨利索，寬嚴適當，十分成功。這是嘉慶皇帝一生處理重大政治事件中最為精彩的一筆，也是他作為政治家的惟一傑作。但是，嘉慶定和珅的第一大罪是：在宣布皇太子前一天，和珅向他送如意以示擁戴之功。這表示和珅要投靠新主，其心不能算惡，既不叛君主，也不反社稷，此條構不成殺頭之罪。嘉慶將此定為和珅第一大罪狀，表明嘉慶胸中沒有大格局，掌上沒有大手筆。這是嘉慶親政之後，平庸性格的一次表露。
嘉慶為什麼殺和珅？
（1）有人說是因為和珅“富可敵國”，扳倒和珅，可以緩解嘉慶面臨的財政壓力。所謂“和珅跌倒，嘉慶吃飽”，就是這個意思。和珅被抄家時，抄出藏金32000多兩，地窖藏銀200余萬兩，取租地1266頃，其他還有取租房屋1001間半、各處當鋪銀號以及各種珠寶、衣物等，其總家產折合白銀，有的說約1000萬兩，有的說2000萬兩，有的說達到了8億兩。當時清政府財政年總收入約7000萬兩。還有違制的珍珠、大珠、手串、大寶石等，實際數字已經無法考據。大量的財富使和珅過著帝王般奢華的生活，娶出宮女子為妾，僅巡捕營在和宅供役者就達1000余人。他在承德麗正門外、北京北長街會計司胡同等處，都建有住所。和珅在北京什刹海畔，建造起豪華宅第，也就是恭王府的前身。府內甚至仿乾隆皇帝甯壽宮，建起楠木房，稱為錫晉齋。還有違制修建的垂花門和皇宮用的宮燈、多寶閣等。和珅還在北京海澱建有宏大秀美的淑春園，是今北京大學校園的一部分。和珅不僅享受著姬妾成群、錦衣玉食的生活，還夢想著死後像皇帝一樣風光氣派。他在河北薊州（今薊縣）修建了巨大的墳墓，規格超過親王，民間稱之為“和陵”。
（2）有人說是為緩解官民之間的矛盾。嘉慶元年（1796年），發生白蓮教民變，清軍連連失利。嘉慶三年，清軍抓住四川農民軍首領王三槐，王三槐的口供說“官逼民反”。嘉慶意識到，正是因為地方官吏皆如和珅似的貪暴，所以屢屢激起民變。嘉慶帝總結說：“層層朘(juān)削，皆為和珅一人。”又說：“朕所以重治和珅之罪者，實為其貽誤軍國重務。”所以，嘉慶殺和珅，以謝天下。