李世民其他清算行動，就不再作詳述了。他毀滅了鄭政權的華麗建築，實是儒家觀念的體現，蓋古代的政客多半把一些失德誤政的舉措歸究到建築物、音樂、美酒上，不足為訓。他把洛陽城的大少事情弄好之後，于武德四年七月九日班師回朝。這場戰爭，曆時十八個月，前十六個月主要攻打和圍困王世充的大夏政府，後兩個月主要鎮壓竇建德的勢力。
這場大戰，為大唐帝國統一全國奠定了決定性的作用。其他的割據勢力力量相對弱少，隨著大唐帝國的實力大增，平定他們已是指日可待。
李世民等人進入京師時，愛到英雄式的歡迎。李世民身穿黃金鎧甲，走在最前面。齊王元吉和李世勣等二十五位大將緊隨其後。鐵甲兵一萬多人、武裝步兵三萬余人、鼓吹鑼打，浩浩蕩蕩，空前熱鬧。又押了戰利品、戰俘、禁用物品等，呈獻到太廟里。
李淵高興萬分。是的，他可以預見，大唐帝國一統中華的日子不遠了。對一位政治人物來說，還有什麼比稱帝統一更重要的呢？是以，後來李淵大大的獎賜將士，又破天荒地獎賞李世民，允許他組建“天策府”。這是後話，暫按下不表。
李淵“接見”王世充，當眾數他的罪行。王世充說：“我固然應該斬首，然而秦王（李世民）答應饒我一命。”李淵下詔赦免王世充，貶作平民，連同兄弟子侄流放到巴蜀（四川省）。不過，王世充最終的下場是：給仇家獨孤修德殺了。因為王世充曾經屠殺了獨孤修德的家人。
至于竇建德，李淵對他的處理就遠不如對待王世充這般“寬大”了。李淵下令斬殺竇建德。因為他的影響力大，李淵父子容不了他。
竇建德作為起義領袖，為人不錯。他聚眾反隋，只因官逼民反。他跟其他義軍頭領不同，他一身豪氣、輕財好施、重諾守信，對待戰俘，如果不是作惡多端的，他一般釋放或者收為己用。他得到眾人的擁護。《舊唐書•；竇建德傳》說：建德每平城破陣，所得資財，並散賞諸將，一無所取。又不啖肉，常食唯有菜蔬、脫粟之飯。其妻曹氏不衣紈綺，所使婢妾才十數人。至此，得宮人以千數，並有容色，應時放散。
可見，他不貪財、不好色、不鋪張浪費、體恤下屬，簡直是義軍首領中的聖人。縱觀中國古代的造反頭領，竇建德算是首屈一指的大丈夫。至于他在戰爭中是否犯過“屠殺百姓”的惡行，《通鑒》曾有簡短之極的記載，不過，是他的部曲干的。相比李世民等人，受到的指責可謂輕微。
盡管竇建德如此出色，當他坐大的時候，他心生驕傲，又聽信讒言，錯殺大將王伏寶、足智多謀的宋正本，這無疑砍了自己的左右臂。最後，他支援王世充，攻打李世民的戰略上出犯了不少錯誤，以致走上了沒頂的死路。後人除了為他歎惜之外，沒有什麼好說的了。
是以，《舊唐書》的史臣評他說：“竇建德的仁義使鄉里敬服，用強大力量占領河朔（河北省），訓練駕馭官兵，集結賢才良士，曾跟王世充斷絕關系，又曾斬宇文化及。不鈢徐蓋（徐世勣的老父），又放李神通（李淵的堂兄弟），謹慎機敏，英明果斷，開始時一派新氣像。可是，接著宋正本、王伏寶……沒有好的結局，一則是天命已有所歸屬（唐帝李淵），二則是人的謀略也不周密。”(35)
史臣沒有提到，竇建德還放了李淵的姐姐。史臣的評價是公道的。李淵父子最終沒有放過竇建德，顯得“忘恩負義”了。
討伐了王世充、竇建德二大割據集團，大唐帝國就將原屬于竇建德的夏王朝的土地，河北（黃河以北）的廣大地區完全納入其版圖中。但是，這並不意味著風平浪靜，事實上，因于李唐政權不注意如何安撫處理戰後問題，尤其是以誅殺的方式處決了頗有民望的竇建德，這就激發了原來歸屬于他的農民軍的強烈反感和反彈。此處，地區領導人往往用極主觀極愚蠢的手段鎮壓剛脫離“造反”集團的農民，矛盾就進一步激化了。
據《通鑒》說，夏朝廷瓦解時，將領們很多人偷盜藏匿在倉庫中的東西，回到家鄉，橫行霸道，成為一種民間災難。唐朝廷官員依法制裁，有時甚至還苦型拷打（36）。
主要的問題就出在這里了。原逮屬于竇建德的將領要高雅賢和王小朝等人驚慌不安，于是就開始聚眾反擊。他們找著跟竇建德交好的劉黑闥。他們的理由是：王世充獻出洛陽的投降，他的將領段達、單世雄等全被屠殺，我們到長安就應死……從前，夏王（竇建德）俘虜李神通，把他當作賓客，唐朝廷俘虜夏王，卻把他殺掉（李淵當然不可能不關注這一點。不過，他實在擔心竇建德的民望，是以不可能放過他。李淵這樣想，李世民等人當然也想到這一點了。）我們都受夏王寵愛，今天如果不為他報仇，勢將沒有臉面再見在天下正人君子！
可能有人覺得，竇建德已死了，他的夏王朝已經煙消云散，他的影響力不可能還波及各地，使到原歸他統領的下屬還想著給他報仇吧？答案是肯定的！
可以從殷侔撰寫的《竇建德碑》中找到證據：
自建德亡，距今已久遠，山東、河北之人，或尚談其事，且為之祀。知其名不可滅，而及人者存也。聖唐太和三年，魏州書佐殷侔過其廟下，見父老群祭，駿奔有儀，夏王之稱，猶紹於昔。感豪傑之興奮，吊經營之勿終，始知天命之莫干，惜霸略之旋隕。激於其文，遂碑（37）。
蓋當時唐政府沒有很好地把握平定內亂之後的按民政策。這是非常危險的。從後來的各朝或各個新上台的政治團體表現出來的“大仁大義”舉措，不難看出收攬民心是關乎到能否順利推行既定政策的核心、關鍵。統治階級每每把自己美化為眾望所歸，代表民眾管治國家，于是乎民眾就不應該質疑他們的政權的性質的管治手段（當然是老百姓能容忍的范圍）。這一招幾乎是萬試萬靈的“禦民術”。中國的老百姓本來就十分善良，兼之給漢武帝推行的“外宣儒術，內雜霸道”的極權高壓統治之術，千百下來，“造反”的脾氣消磨得七七八八了。如果不是到了無法生存的地步，是決計不輕易造反的。不過，這一趟，高雅賢、劉黑闥等人農民給唐政權的地方政府逼得走投無路，兼之追憶竇建德的遺愛，于是好快就聚集想造反的農民，卷動一場聲勢浩大的戰爭。烈火不但沒有減弱，相反，越燒越旺！
不要小看以劉黑闥為首的農民集團，他們的強斗力非常強大。在人數、武器方面沒法跟唐政府相比，但是，他們不是好對待的。始先，李淵認為那只不過小菜一碟，就任命淮安王李神通當中央駐山東道（太行山以東，今天河北廣大地區）特遣政府右副行政長官（山東道行台右仆射）。李淵指望李神通能鎮壓劉黑闥等人。
可是，事情不會如此順利。劉黑闥攻下鄃縣（山東省夏津縣），唐地方政府，魏州（河北省大名縣）州長權威、貝州（河北省清河縣）州長戴元祥迎戰，全軍覆沒。劉黑闥等人祭悼竇建德，焚香宣告發動反抗軍的本意，劉自稱大將軍。
李淵就下詔動員關中（陝西省）步騎兵三千人，又讓秦武通、李玄通攻擊劉黑闥，最後也將幽州軍區（總部設在北京）總司令（幽州總管）李藝也調派去，共同攻擊劉黑闥。
另一方面，當時反抗李唐政府的不僅限于劉黑闥這一支力量，尚有徐圓朗這一支。這一趟夠李淵頭痛的了。
李神通在李藝的支援下，合力攻打劉黑闥，結果大敗。劉黑闥頓時聲名大噪。不久，他們的集結的兵力達到數萬，甚至擊破了李世勣的。短短半年，居在完全恢複了夏王朝竇建德時代的疆域，可謂驚人之舉！劉黑闥還派使節聯絡東突厥，頡利可汗阿史那咄苾派司令官（俟斤）率突厥騎兵增援。李淵只好使出最後一張王牌，派李世民、李元吉共同攻打劉黑闥。
劉黑闥于武德五年稱王，年號“天造”，依竇建德夏王朝的規模組織政府。李世民于武德五年八月到十月之間發動對劉黑闥的戰爭。李世民不是省油的燈，一出馬就把劉黑闥打得敗退，收複相州（河南省安陽市），李世民在洺水（流經河北省永年縣）沿岸紮營，對劉黑闥施加壓力。
李世民和劉黑闥相持割據兩個多月，期間雙方互有攻勢。劉黑闥暗中派人偷襲李世勣的大營，李世民率兵偷襲劉黑闥的背後，以此持援李世勣。可是，劉黑闥反過來把李世民包圍起來，幸得尉遲敬德率也死隊突圍救出。
這次經曆，一定使到李世民心有余悸，說不准也十分氣忿。李世民打算盡早解決劉黑闥，他推想：當劉黑闥的軍糧吃完後，一定發動決戰。李世民提前派人到洺水上流築壩，告知守壩官：“等我跟盜賊（劉黑闥）會戰，你就破壞堤防。”
果然如李世民所願，以水戰發動攻擊，上游的水壩堤防經掘開，洪水急騰而下。當時，李世民等高級將領肯定已全撤退了。劉黑闥得到王小胡的提示，也及早抽身逃出戰場。可是在戰場的士兵，不論唐軍或者漢東軍，一古腦給淹沒在洪水中。漢東軍全崩潰，斬首一萬余人，淹死數千人。當然，唐軍也有不少人慘死在這一場被稱為“集體毀滅”的水戰里。
李世民這條計用得太過低劣。先不論結果的殘忍程度，光是如何向死去的唐軍“交代”就教他難以自圓其說了。唐軍會怎樣看待這位秦王呢？雖然，古代不泛以犧牲自己一部分利益，獲取更大利益的戰爭，不過，這事落在李世民身上，又由于他死後暴得大名，這就給後人不少攻擊他的有力證據和武器了。（待續）
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(35) (36)譯文參考柏楊版的《白話資治通鑒》，第44冊，公元621年，辛己。
(37) 請參看《全唐文》第七百四十四卷。