此案查下來，前後兩任戶部漢人尚書翁心存（翁同龢的父親）、周祖培都受到降革處分，翁心存憤而辭官，周祖培飽受挫辱。另外，在此案中被抄沒家產的商人及相關官吏有上百家，數百人受到嚴懲。
由于肅順屢興大獄，用刑過嚴，弄得大家對他又恨又怕，人人切齒。更有甚者，肅順對自己滿人也極為蔑視，這也導致了滿洲親貴對其恨之入骨。據說，肅順主政時對待滿人官員極為粗暴，視同奴隸般喝來喚去，但他對待大部分漢員卻很謙恭，還跟人說：“咱們旗人渾蛋多，懂得什麼？漢人是得罪不得的，他們那支筆厲害得很。”搞笑的是，就連受賄，肅順也只收滿人而不收漢人的。在他的周圍，後來倒是羅致了不少有才學的漢人，如高心夔、曾國藩、胡林翼等人，都受到了肅順的青睞和提拔。
在咸豐駕崩後，當時的政治勢力主要分為兩派，一派是以肅順為中心的八大臣等人，他們當時主要在熱河；另一派是以奕?為核心的北京派，主要人物包括豫親王義道、軍機大臣文祥、大學士桂良、大學士賈楨、協辦大學士周祖培、吏部尚書全慶、刑部尚書趙光等人。由于肅順等人樹敵太多，北京的大臣就幾乎都倒向了奕?一派。
更要命的是，肅順等人沒有得到實力派將領的支持，就連當時護送咸豐帝靈柩的勝保，這位握有重兵的將領也反對肅順。對于這點，肅順也不是不了解，他也試圖拉攏一些實力派將領如僧格林沁為自己撐腰，但因為多年的人品太差，無人支持，甚至他提攜過的曾國藩、胡林翼等人，對于這場政治風暴，也都持觀望態度。
據說，肅順的門人王闿運親自到曾國藩帳中游說，試圖拉攏，但曾國藩在聽完後，用手漬茶水在桌上寫了個“妄”字。而在慈禧太後等人回宮的途中，一直是榮祿的軍隊保護，京畿一帶，則完全是勝保的軍隊。
可惜的是，肅順等人自以為遺詔在手，萬事大吉，他們對日漸逼近的危險竟然渾然不覺，這就怪不得誰了。