落入李傕郭汜之手
這時百姓中流傳謠言，說朝廷准備殺盡涼州人，董卓的部將李傕、郭汜等人都是涼州人，他們派人到長安請求朝廷赦免，王允不同意。李傕、郭汜就朝長安進發，一路上收拾殘兵，達10萬多人。
李傕、郭汜率兵包圍長安，呂布部下發生兵變，偷偷打開城門，李榷等人攻入城內。呂布逃走，王允被殺，獻帝落到李傕、郭汜手中。李傕晉升車騎將軍，郭汜為後將軍，兩人共同掌握朝政。轉眼過了兩年，獻帝行了加冠禮，改年號為興平。次年（195），李傕、郭汜互相猜忌，相互攻擊。為了取得主動，郭汜想把獻帝挾持到自己手中，不料消息走漏，李傕搶了先，用三輛大車載著獻帝及皇後到了李傕大營。隨後縱兵入官，大肆搶劫，宮中的金銀財寶全都被搬到李傕大營中，之後放起一把火，把宮闕焚燒殆盡。
獻帝在李傕營中寢食不安，日夜擔憂。為了擺脫兩強相爭的局面，他派太尉楊彪等幾位大臣到郭汜營中講和。郭汜不同意，反倒將楊彪等幾位大臣扣住，逼迫他們一起攻打李傕。李傕召集數千胡人，分給他們財物，讓他們向郭汜進攻。郭汜則偷偷地賄賂李傕同伙、中郎將張苞，約為內應，自己率兵攻打李傕軍營。箭射到獻帝住的營帳中，李傕左耳中了一箭。張苞在營後放火，李傕嚇得將獻帝轉移到北塢，派人監守塢門。由于內外隔絕，飲食難以供應，群臣臉上都現出饑餓之色。獻帝向李傕要五斗米、五具牛骨頭，以便分給群臣。李傕大怒，說：“早晚都供應給你們飯吃，還要米做什麼？”只派人送去五具臭牛骨。獻帝見了，心中有氣，但也只能哭天抹淚。
艱難困苦的流亡之旅
後來經過獻帝反複說和，李郭二人講和，郭汜放了群臣，洛陽已成為一片瓦礫，獻帝在鎮東將軍張濟的保護下，啟程去弘農。李傕不願去弘農，出屯池陽，郭汜仍舊領兵跟隨獻帝。等走到新豐，郭汜又想脅迫獻帝還都。後將軍楊定、董太後侄子董承率兵阻止，郭汜寡不敵眾，逃入南山。不久，獻帝一行到了華陰，甯輯將軍段煨出營迎接，供給獻帝及皇後飲食衣服，請獻帝臨幸他的軍營。
這時李傕、郭汜二人又重新聯合，來追趕獻帝。楊定恐怕抵擋不住，索性丟棄獻帝，逃往藍田，中途被郭汜攔截，被打敗逃往荊州。董承護衛獻帝等人，當晚趕到弘農。郭汜、李傕追上獻帝，董承寡不敵眾，被殺得大敗，禦物國寶，拋棄殆盡，只有獻帝和皇後兩人分乘兩輛車子，由董承拼死保護，才得逃脫。
一行人逃入曹陽境內，已是夜幕低垂，君臣無處棲身，只好露宿一晚。董承一面使出緩兵之計，假意派人與李傕講和，一面派人到河東請求援兵。援兵與董承聯合，大破李傕的軍隊，殺死幾千人。獻帝一行人繼續東進，走了幾里之後，只見後面塵土飛揚，原來李傕探知河東援兵不過數千，況且為烏合之眾，因此又追趕上來。李傕分三面夾擊，把董承的隊伍沖亂，隨同的大臣死傷很多。董承護衛獻帝逃走，走不了幾里，後面追兵又到了。有人勸獻帝騎上馬快跑，獻帝硬咽著說：“不行，百官有什麼罪，我不能丟棄他們逃走。”董承等人且戰且走，到天黑才到達陝西境內。這時追兵稍微少了一些，將士們結成營寨自守。這次戰斗，將土損傷十分之七八，虎賁羽林軍剩下不滿百人。李傕等人圍著營寨大呼小叫，眾人大驚失色，商議逃走。
有人主張渡過黃河，好不容易找到一只船，眾人擁著獻帝，徒步出營。伏皇後頭發蓬松，面色慘淡，跟隨獻帝。伏皇後的哥哥伏完一手扶著皇後，一手還挾著十匹絹。董承瞧見，心里不痛快，讓人上去爭奪，一人被殺死，血跡濺到伏皇後的衣服上。伏皇後嚇得發抖，連忙拉住獻帝的衣服，哭泣著求救。獻帝出言呵止，這場爭端才平息。走到河邊，只見天寒地凍，岸高數丈，獻帝和伏皇後不能上船。幸好伏完手中還有殘絹，就用絹裹住獻帝，由兩人抬著，放到船上。伏完背著皇後，一躍跳上船。其余的人，有的伏在地上爬下去，有的從岸上跳下去，帽子和發巾都被弄壞了。到河邊後，士兵們爭先恐後地跳上船，沒有上船的紛紛拄住船纜。董承用戈亂砍，在船中被砍掉的手指可以一把一把地捧起來。
一起渡河的只有太尉楊彪以下的幾十人，那些宮女以及官民不能渡河的，都被亂兵掠奪，衣服被剝光，頭發也被割掉，凍死的人不計其數。
李傕得知後，派人去追擊，正好看見獻帝在船上，董承害怕他們射箭，就用被子當屏障。李傕把岸上丟棄的東西搶劫一空。獻帝一行人渡過黃河後，步行數里，抵達大陽，這時天已大亮了。董承到民間搜尋車馬，毫無所得。只找到一輛牛車，載著獻帝，其余的人步行相隨，趕到安邑。
河內太守張楊、河東太守王邑前來接駕。獻帝拜張楊為安國將軍，王邑為列侯，軍中的一些將領也紛紛求官，以至于刻的印章都供應不上，只好用錐子在石頭上畫字。獻帝住在以荊棘為籬笆的房子中，窗門不能關閉，群臣議事，就借茅舍作為朝堂，士兵們趴在籬笆上觀看，相互擁擠取笑。轉眼到了第二年年初，改年號為建安（196）。這一年的七月，獻帝回到洛陽。宮殿還沒有修成，暫時住在中常侍趙忠的府第中，作為行宮。不久遷居楊安殿。獻帝安頓下來後，大肆行賞功臣。只是好端端的洛陽城被董卓一把火燒掉，短時間內不能修複，除了楊安殿以外，四處瓦礫成堆，荊榛滿目。百官無處安身，只得暫時棲身于破壁斷垣中。城中沒有糧食吃，獻帝派人向州郡征求，十無一應。自尚書郎以下的官員親自出城去采野谷子充饑，有的甚至朝不保夕，往往餓死。
曹操挾天子以令諸侯
劉協從登基即位的那一天起，就是有皇帝之名而無皇帝之實。但他畢竟是國家最高權力的象征，誰掌握了他，誰就能以皇帝的名義向其他地方割據政權發號施令。這個道理雖然簡單，真正明白的人卻不多，袁紹就不懂。
建安元年（196），袁紹謀臣沮授曾勸說他，如果能“西迎大駕，挾天子而令諸侯”，就會收到沒有誰“能禦之”的功效。袁紹偏偏不聽，覺得獻帝是個廢物，把他弄來還得養著，怪麻煩的。可見袁紹根本不是個政治家，雖然空有雄兵猛將，卻不懂不過是政治的工具，最後難免失敗。