順帝時財政竭蹶，至正十年（1350）十月，吏部尚書楔哲篤建議更改鈔法，鑄造銅錢。順帝和脫脫采納此議，十一月間下詔行使新錢鈔法，印造新的中統交鈔，稱為“至正交鈔”。以中統交鈔壹貫文充抵銅錢一千文，充抵至元寶鈔二貫。元初的中統交鈔，以絲為本，中統元寶鈔，以銀為本。此後的至元、至大鈔也都以銀為本。順帝新印至正交鈔，采楔哲篤的建議，以楮幣為母，銅錢為子。這種顛倒本末的提議，目的在于放手印造交鈔，以虛代實。朝臣呂思誠等提出駁議，說民間將“藏其實（銅錢）而棄其虛（鈔幣）”，順帝、脫脫不理。至正十二年（1352），印造至正鈔一百九十萬錠，至元鈔十萬錠。至正十五年（1355），印造至正交鈔多至六百萬錠。交鈔大量印行，無鈔本抵換，造成物價增長10倍。京師用料鈔十錠，不能換一斗粟。交鈔散滿人間，人民不願使用，視如廢紙。郡縣貿易，甚至以物易物。鈔法敗壞，元朝的財政經濟，也隨之崩潰了。
同王莽亡在黃河一樣，給元朝最後一擊的也是黃河水患。至正二年（1342）以來，黃河在歸德府睢陽縣一帶泛溢。河北大名路、河間路、廣平路、彰德路，山西大同路、冀甯路等地區又大旱，發生嚴重的饑荒。大同災荒，導致人吃人。連續幾年，黃河到處決口。順帝命宰相拓拔太平（即漢人賀惟一）任都水監，負責修治黃河、淮河堤堰。脫脫複相，召集群臣議治河事，決定疏塞並舉，挽河東行，使黃河複歸故道。
至正十一年（1351）四月，政府調發汴梁、大名等十三路民工15萬人，廬州等戍卒2萬人供役。讓黃河水從黃陵岡（今山東曹縣西南）向南流到白茅堤，在黃固、哈只等河口泄洪，又從黃陵流到陽青村，複歸黃河故道，長約140公里。從四月間開工，到十一月黃河恢複故道。但修治黃河發動的近20萬民工，死傷眾多，哀號遍野，終于導致了大規模的農民起義。
元末農民起義
元朝佛教盛行，白蓮教是佛教中的一個神秘支派，以反抗暴政為主要宗旨，由廣平永年縣人韓山童開創。韓山童宣稱：“白蓮花開，彌勒佛降世。”他設立白蓮會，吸收信徒。他的弟子穎州人劉福通英勇善戰，是黃河災區白蓮會的首領。在修治黃河的要道黃陵岡時，劉福通命他的教徒預先埋下了一個獨眼的石人。民夫開河道時，掘出石人，背上寫著：“石人一只眼，挑動黃河天下反。”遠近轟動了。工程完畢後，除了少部分還鄉外，大多數民工都集結在劉福通的紅巾之下，成為主力。紅巾，跟東漢末年的黃巾一樣，是劉福通使用的一種標幟。起義後，韓山童被元政府抓獲殺害，劉福通迎立韓山童的兒子韓林兒稱帝，建立韓宋帝國，占領淮河流域和黃河以南地區。
與此同時（1351），另一支農民起義軍首領徐壽輝占領長江中游，建立天完帝國，派軍進入江南，掃蕩蒙古勢力。此外，張士誠在江蘇，方國珍在東南沿海，郭子興在安徽也都樹起義旗，成為勢力較大的農民武裝，而其他的小股起義軍有幾十支。各地漢族豪強地主為求自保，也紛紛建立武裝，天下一時大亂。
至正十四年（1354），張士誠攻下高郵，斷絕了南北大運河的漕運，等于掐住了元政府的脖子。九月，丞相脫脫集合大軍，親攻高郵。脫脫受詔總制諸王諸省軍，一切政令，便宜從事。又調來西域、西番各族軍助戰，號稱百萬，四面環攻，圍困高郵。張士誠軍被困三月，軍中已在議論投降。這時元順帝突然下令罷免脫脫，使整個戰局出現了戲劇性的變化。
原來，脫脫複相後，報複舊怨，日益專橫，與中書右丞哈麻不和，將哈麻趕出了京城。皇後奇氏與哈麻合謀，想立奇氏的兒子愛猷識里達臘為太子，曾遭到脫脫的反對。奇後母子對脫脫深為忌恨。脫脫出師高郵，奇後母子與哈麻指使監察禦史彈劾脫脫“勞師費財”及他弟弟也先帖木兒兵敗等事，連上三章。十一月，順帝下詔削去脫脫官爵，安置淮南，又移置亦集乃路。次年（1355），又詔命脫脫流放云南，也先帖木兒流放。哈麻遣使用藥酒害死脫脫，代理丞相。
脫脫軍原來是從各地調集而來，聞詔紛紛散去。無所投附的軍士，倒戈加入紅巾軍。元軍迅速瓦解。高郵之戰，不僅是張士誠轉敗為勝的關鍵，也是全國形勢的一個重大轉折。
劉福通的紅巾軍發展很快，至正十八年（1358）攻陷開封作為首都，隨即向蒙古發動總攻，分三路進兵。東路攻山東，西路攻陝西，北路攻上都開平（今內蒙錫林浩特市南面的正藍旗）。東路兵團掃蕩了山東後，直指大都（），挺進到距大都只50公里的柳林村。順帝手足失措，准備放棄大都，向北逃亡。但宰相拓拔太平堅持固守。東路軍攻擊不順利，孤軍不能久留，仍退回山東。西路兵團深入關中後，戰敗潰散。北路兵團勢如破竹，穿過山西，攻陷上都開平。後向東推進，攻陷遼陽（今遼甯遼陽），進入高麗（今朝鮮半島），高麗向北路兵團投降。高麗有計劃地出動大批，跟戰士們交往纏綿，趁機把他們的戰馬和武器藏匿。一切妥當後，發動反擊，北路軍大部分被殺，只剩下萬余人輾轉脫險，逃回，又被蒙古兵團一網打盡。這三路人馬都消耗掉了，劉福通後來也戰敗被殺，但蒙古帝國的牆基已被他們掘空，大廈只需要最後輕輕一推就會倒了。
亡國之前的荒淫
回頭再說元朝宮廷。當初皇後答納失里被毒死以後，順帝冊封伯顏忽都為皇後。本來順帝打算立他一向寵愛的奇氏為皇後，只是丞相伯顏硬行勸阻，順帝沒有辦法。後來奇氏生下一個兒子，取名叫愛猷識理達臘，更加贏得了順帝的歡心。等伯顏被流放後，順帝冊立奇氏為第二皇後。