清軍入城之後便在那些投降的漢人帶領下從一個富戶進入另一個富戶。清兵們先是搶銀子，後來就無所不掠了。直到20日的白天，還沒有人身傷害。但是夜幕降臨之後，人們聽到了砸門聲、鞭子抽人聲和受傷人發出的號叫聲。那個夜晚火勢蔓延開來，但有些地方的火被雨澆滅了。到5月21日，一份告示保證說，如果藏起來的人能夠出來自首的話就會得到赦免，于是許多藏在自己家里的人走了出來。可他們走出來後卻被分成50人或60人一堆，在三四個士兵的監督下，用繩子捆起來。然後就開始用長矛一陣猛刺，當場把他們殺死，即使撲倒在地者也不能幸免。時人王秀楚在他的《揚州十日記》中記載了當日的慘狀：
一滿兵提刀在前引導，一滿兵橫槊在後驅逐，一滿兵居中在隊伍的左右看管以防逃逸。三滿兵驅趕數十人如驅如犬羊，稍有不前，即加捶撻，或立即殺掉。婦女們還被用長繩索系在脖子上，繩索拖掛，累累如貫珠，女人們由于小腳難行，不斷跌倒，遍身泥土，一步一蹶。此時街上但見滿地都是被棄的嬰兒，或遭馬蹄踐踏，或被人足所踩，肝腦塗地，泣聲盈野。路過一溝一池，只見里面堆尸貯積，手足相枕，血流入水中，化為五顏六色，池塘都被尸體填平了……街中尸體橫陳，互相枕藉，天色昏暗無法分辨死者是誰。在尸體堆中俯身呼叫，漠漠無人聲應答。遠遠地看到南面有數火炬蜂擁而來，我急忙躲避，沿著城牆而走。城牆腳下尸體堆積如魚鱗般密密麻麻，我幾次被尸體絆倒，跌在尸堆上與尸體相觸。由于到處是尸體，無放腳之處，我只好趴下以手代步，一有風吹草動即趴在地上裝做僵尸……
血腥惡臭彌漫，到處是肢體殘缺的尸首。那些從城牆上跳下去企圖逃跑的人不是摔斷了大腿，就是落到了流氓無賴和散兵游勇手中，他們把這些人抓起來拷打，要他們交出財寶來。在城里，一些人藏到垃圾堆里，在身上塗滿爛泥和髒物，希望以此躲開人們的注意，但是清兵不時地用長矛猛刺垃圾堆，直到里面的人像動物一樣蠕動起來，鮮血從傷口流了出來。大火蔓延開來，那些因為藏在屋子里或地下室里仍然活著的人們，或者是被無情的大火所吞噬，或者是戰戰兢兢地跑到街上來，被那些仍然在屠城的清兵殺死了。甚至那些被正規的清軍放過去的、赤身露體在街上游轉的、孤弱無助的市民，又被成群的散兵攔住，亂棒打死。
到5月25日，即濫殺和搶劫的第6天，這場大屠殺方才結束。清軍接到豫親王的命令，就此封刀。和尚們得到命令開始收集和焚燒尸體。到5月27日，開始賑濟口糧。根據焚尸簿的記載，在這次大屠殺中死難的人共有80余萬人，其中還不包括落井投河，閉戶自焚及在偏僻處自縊的人。
慘絕人寰的屠城使得幾世繁華的揚州城在瞬間化作廢墟之地，江南名鎮一夜之間成了人間地獄，後人稱之為"揚州十日"。
嘉定三屠
提到"嘉定三屠"，還需從"剃發令"說起。對于讓漢人剃頭從滿制，清王朝本是相當謹慎的。弘光朝投降，豫親王多鐸進入南京之後，曾有這樣的公告：
剃頭一事，本朝相沿成俗。今大兵所到，剃武不剃文，剃兵不剃民，爾等毋得不道法度，自行剃之。前有無恥官先剃求見，本國已經唾罵。特示。
然而，不久之後，這項政策卻發生了180度轉變。這里面有兩個原因：一是政局出人意料地進展迅速，江南半壁臣服，除了東南西南，滿清基本已控制了整個中原，安撫之策已達到目的；二是漢人官員的推波助瀾，一些業已歸順的官員們雖換了主子，倒也不甘寂寞，或自動剃發，以示忠心不二；或上書建議，以媚上謀取賞識。滿清感覺名正言順地推行滿制的時機已成熟，疑慮之心消除。六月，清軍再下剃發令，命令十天之內，江南人民一律剃頭，"留頭不留發，留發不留頭"。
剃發對當時的漢人而言，心理上是難以承受的。"身體發膚受之父母，不可損傷"，這是千年以來形成的倫理觀，也是一種根深蒂固的思維方式。剃發不僅有違傳統，也被視為一種侮辱。因此這項政策不僅遭到了傳統知識分子的抵制，也激怒了下層民眾。于是，本已逐漸平靜的江南又騷動起來了。乙酉年六月二十四日，各地相繼騷亂，地方官和民眾紛紛揭竿而起，嘉定總兵官吳志葵響應，逐走清政府派來的縣令，占據了城市。當時，李成棟正在追剿占據崇明的明軍殘余勢力，聞訊從吳淞回兵鎮壓，嘉定第一屠開始。