清朝剛剛入關時，明朝的文武官署都還保留在原處。清廷在接納大批明朝降臣的同時，暫時沿用了明朝康熙明黃緞繡平金龍云紋大閱甲,專供康熙皇帝檢閱八旗軍隊時穿用。遺留下來的文武官制，繼續設立軍事最高機構五軍都督府，設立錦衣衛和在京諸衛，如神武左衛、金吾左衛、金吾右衛、騰驤右衛、龍驤衛、燕山左衛、燕山右衛等等。繼續沿用明制的另一目的是向全國民眾表示，滿清王朝對于被李自成所滅亡的明朝是尊重的。
清廷在完成了對全國的占領和控制後，將八旗的主力安置在京城，對皇宮和京師保衛系統進行了重建。
首先，清朝將滿洲、蒙古、漢軍八旗按方位均衡地分布于北京城區各地。正黃旗、鑲黃旗居北，正白旗、鑲白旗居東，正紅旗、鑲紅旗居西，正藍旗、鑲藍旗居南。具體位置是，鑲黃滿蒙漢各三旗安置在安定門內，鑲白旗安置在東直門內，正藍旗安置在崇文門內，正黃旗安置在德勝門內，正紅旗安置在西直門內，鑲紅旗安置在阜成門內，鑲藍旗安置在宣武門內。八旗又按東西分為左、右兩翼，左翼是鑲黃、正白、鑲白、正藍；右翼是正黃、正紅、鑲紅、鑲藍。
滿族有傳統的家奴制度，滿清將以往降附、俘虜的外族民眾和本族內部的世代家奴，組建成內務府三旗，安置在皇城內。內務府三旗主要從事以往朝代由宦官執掌的職能，兼掌內廷禁地一部分門戶的宿衛。
八旗在京師星羅棋布地駐防，構成皇宮與京師守衛力量的基礎。清朝皇宮與京師守衛的模式是：
皇宮侍衛專從上三旗子弟中選拔，設領侍衛內大臣統領，掌管皇帝身邊的侍從和守衛；由各旗子弟組建的諸營驍騎營、護軍營、前鋒營協作承擔宿衛、清蹕、宮門啟閉和皇城夜巡之職；內務府三旗也選拔兵丁編為本府前鋒、護軍、驍騎三營，分掌內廷與禦苑的守衛。步軍營掌管京城九門的守衛與治安；巡捕營掌管北京城區外圍的治安。
此外，清廷設有特種兵：火器營、健銳營，用于對外作戰，使用槍炮、搭設云梯攻城；虎槍營、善撲營、上虞備用處等軍事侍從機構，掌管隨侍皇帝游獵。
《清朝文獻通考》中贊道："我朝八旗統兵不襲古制，而自與古會。""國家建旗之制，包舉無外。諸營並列，棋布星羅而悉統之以八旗。其稽核有法，其選擢有方，其番值有期，其訓習有道，分職設官，練材于素，有事則守折沖之效，無事則備翊衛之班。"
三、宮廷侍衛
1．領侍衛內大臣統領的侍衛親軍
清朝紫禁城內，執行宿衛任務的禁衛人員，分為掌守門戶和侍從兼宿衛兩種，第一種是禁衛軍護軍營和前鋒營將士，第二種便是侍衛。
清初，多爾袞執政時，對侍衛人員的招選范圍與標准，規定為：在京三品以上官員，在外總督、巡撫、總兵等官，各送親子一人入充侍衛，學習本朝禮儀，察試才能之後再相應任職。上述官員無親子者，可送親兄弟之子入充侍衛，而宗族中的遠支子弟則不許亂送。這些規定在順治皇帝親政後不再實行，侍衛改為從上三旗中選拔。
順治皇帝親政後，清廷規定，所有供職皇宮的侍衛，都選自上三旗，稱為上三旗侍衛。這一定制終清之世一直沒有改變。史書稱："國初以八旗將軍平定海內，鑲黃、正黃、正白皆天子所自恃。選其子弟，命日侍衛，用備隨侍宿衛，統以勳戚大臣，視古虎賁、旅責，職綦重焉。"
清宮侍衛機構稱為侍衛府或侍衛處。侍衛處的首領是領侍衛內大臣，平行設6人，其下是內大臣6人，散秩大臣無定員。領侍衛內大臣從滿洲都統、內大臣或各省滿族將軍中選授；內大臣從散秩大臣、八旗都統、前鋒統領或護軍統領中選授；散秩大臣的人選沒有定限，由皇帝從年輕的宗室成員或中級武官中選授。
侍衛995人組成侍衛親軍。其管理層，設主事、筆帖式、協理事務侍衛班領、侍衛班領、侍衛什人長、親軍校等。侍衛的等級有四等，一等侍衛設60人，二等侍衛設150人，三等侍衛設270人，藍翎侍衛設90人。一等侍衛一般充任協理事務侍衛班領或侍衛班領等職。侍衛中的宗室成員另設名額。宗室一等侍衛有9人，二等有18人，三等有63人。每10人設一什人長。