林清等人平日十分狂傲，言行之間已經暴露了計劃，清朝官方對于這些動向早有所聞，但是都疏忽大意，而且他們所得的密報中都牽連宮中太監，也不敢究問。其中掌管京師治安的步軍統領吉倫也得到了報告。出事前幾天，吉倫攜酒到香界寺吟詠竟日，托說迎鑾，又帶著侍從出京。巡捕左營參將對他說："都城中情形有些異常，尚書請你留下，以安民望。"吉倫回答說："近日一片太平景象，你說什麼瘋話！"
九月十五日，天理教徒分為兩股從東華門和西華門入宮。
太監劉得財引領著由祝現率領的一股徒眾，准備從東華門入宮。在東華門外的街市上，賣煤的人與他們爭道。兩方發生沖突。他們惱怒之下，竟露出所藏的兵器以示威脅，一時嘩然。東華門守門官兵聞知有情況，剛准備關閉大門，但為時已晚。叛亂者亮出兵器撲向守門護軍。沒有經曆過大事的護軍校尉士卒們一時手足無措，有的倉皇逃遁。上書房師傅(皇子的老師)傅寶興退值後正要出東華門，看見天理教徒十余人砍殺守門禁軍，沖入東華門。傅寶興立即返身奔回大內報警。太和門廣場東側的協和門是離東華門最近的宮中門戶，署護軍統領楊述曾接到傅寶興的報告後，立即率領護軍在協和門前抵禦，殺死入宮教徒多人，但護軍也有多人受傷。傅寶興又奔到景運門，命令護軍關閉此門，此門是通往皇帝寢宮和後宮的重要門戶。
變亂剛開始時，留守在宮中的皇次子旻甯(後來的道光皇帝)正在乾清門內的上書房讀書。聞知變亂，立即部署，命令親軍衛士攜鳥槍進入皇宮。他自己也拿起一支鳥槍，去護衛養心殿。
太監楊進忠、高廣福引領大隊教徒闖到西華門。守門護軍來不及關門，教徒們便發起攻擊，沖進了西華門。他們手持刀槍、弓箭，由于不識路，闖到了武英殿旁邊的尚衣監和文穎館中，殺死了數名雜役人員。正在文穎館校書的陶梁，聽見門外腳步聲和暴民的喝問："金鑾殿在何所?"金鑾殿指的就是太和殿，但造反的暴民們竟不知道太和殿的名稱和位置。
從西華門入宮的教徒闖到了隆宗門外。至今隆宗門上還留著當年教徒射出的箭鏃。這里是攻門與守門之戰最為激烈的地方。
王公大臣聞變後，都從神武門入宮，聚集在西北角，當時在他們身邊的官兵不到100人，眾人錯愕無策。這些平日大意松懈、似乎無所畏懼的禁衛軍官，遇到非常情況時卻變得如同驚弓之鳥，面無人色。守衛午門的副都統策凌竟然率兵逃遁。掌管火器營的鎮國公奕灝忽然想起火器營目前就在宮中。火器營正在宮中的箭亭集訓，准備出征到河北滑縣平定那里的叛亂。眾人大喜，急召火器營。
天理教徒正在隆宗門外拼命攻打，火器營的到來，保住了隆宗門。教徒們企圖在門下縱火，未能如願，被官軍擊殺擒拿。
但是仍然有數名大膽的教徒，從隆宗門值班房上爬到了養心殿附近的牆沿上。在這里守衛的皇子旻甯扣動鳥槍，打死了兩名進犯者。兩名教徒進入了養心殿南邊的內膳房，被眾太監擊殺。
在接下來的兩天中，禁衛軍火器營官兵和守衛皇宮的侍衛親軍，共逮捕了一百多名入宮的教徒，在宮中所有地方搜捕藏匿的教徒。這場被稱為"林清之變"的曠世變亂，就這樣結束。
嘉慶皇帝在行宮得知林清之變，難以相信這是事實。當即以懈弛門禁之罪，罷免步軍統領吉倫，派英和前去接任其職，同被革職的還有左翼總兵玉麟，署護軍統領楊述曾因職責重大，雖然在協和門抵抗有功，但仍革職戍邊。護軍統領明志也在事發當天輪值，罪責難逃，也革職戍邊。經此事變後，嘉慶皇帝每次出行必由火器營隨駕。
九月二十三日，嘉慶皇帝在西苑豐澤園親自審訊首犯林清和內應太監劉得財等人。嘉慶問林清何故謀逆?林清回答：經書上寫得很明白，是天意所定。嘉慶皇帝下令將所有首犯全部凌遲處死。
接著，嘉慶皇帝心情沉重地發布了一篇《遇變罪己詔》。詔書中寫道："今日大弊，在因循怠玩四字，實中外之所同。朕雖再三告誡，舌蔽唇焦，奈諸臣未能領會，疏忽為政，以致釀成漢唐宋明未有之事!較之明季梃擊一案(萬曆年間一農民持木棍入宮企圖傷害太子)，何啻倍蓰!思及此，實不忍再言矣。"詔書最後是："筆隨淚灑，通諭知之。"