低聚糖的特點是低熱量、有甜味，因此多用于糖尿病食品和減肥食品中。而低聚糖的這一特點也是益生菌所喜愛的。並且，多數低聚糖都不能為人體的消化酶所消化，未經分解就直接進入大腸，從而成為腸道益生菌的"美餐"。
低聚糖的保健和醫療作用也日益被科學研究證實。
日本研究者對健康人進行研究，讓其每天食用低聚糖（異麥芽糖）15克，10天後，其糞便中的雙歧杆菌由15%增至27%，老年人糞便中的雙歧杆菌由3%增至20%。還有研究者給病人每天食用8克低聚果糖，2周後，病人糞便中的雙歧杆菌增加了10倍，且腐敗菌、有害菌明顯下降，血脂、膽固醇也明顯下降。
英國雷丁大學的吉布森教授讓受試人群每天服用15克的純低聚果糖粉末、菊粉和安慰劑，進行了為期2周的觀察。結果顯示，攝入低聚果糖和菊粉可使體內雙歧杆菌的數量明顯增長，而潛在的病原菌和擬杆菌等有害物卻明顯減少，乳杆菌也有增加的趨勢。由此可見，菊粉和低聚果糖等益生元通過促進雙歧杆菌或其他益生菌在人體內的定植和增長，可間接起到清除有害細菌的作用。
益生元的提取方法
我們可以從自然界中提取一些有益于益生菌增殖的活性成分，這是發現益生元的基本途徑。
下面列舉幾種：
1.從動物肝髒和胰髒中提取。將動物胰髒攪碎後用木瓜蛋白酶處理，保持適當的溫度（50℃），用偏酸性（pH值為5?郾7左右）的反應液煮沸後過濾，濾液濃縮後即成。
2.從大豆中提取。將大豆制成豆乳，然後用乳磷酸和鹽酸將蛋白質凝固，在上清液中加入氯化鈣，同時加熱除去沉澱物，然後用紗布過濾，非過濾成分即為大豆寡糖活性成分。
3.從胡蘿蔔中提取。用甲醇抽取胡蘿蔔粉，可以從提取液中獲得五種活性成分。
4.從牛奶中提取。將牛奶溫度保持在45℃，經胃蛋白酶和鹽酸攪拌處理3小時，再煮沸15分鍾，冷卻後過濾沉澱物烘干即成。
具有益生元功效的天然食物
某些天然的植物和中草藥的提取物也能促進腸內有益菌群的生長，具有調解腸胃功能的作用，它們都是具有益生元功效的天然食物。
有研究發現，某種產自新西蘭的純正蜂蜜產品中含有天然的低聚糖成分，可以有效刺激體內益生菌的生長。中國的學者也通過動物實驗和臨床研究發現，某些中草藥如人參、黨參、靈芝、阿膠、枸杞、茯苓等具有調節腸道菌群平衡、增加定植抗力的作用，這些都有類似益生元的功效。
中國曆史上最長壽的人——李青云的故事也說明了中藥食材的功效。他的養生秘方就是，平生只吃三種食物：枸杞、人參、何首烏。