光緒元年(1875年)十二月,浙江紳士汪樹屏等以"複審疑獄有官員間相袒護的事實"聯名向都察院控訴.于是皇帝和太後開始關注此案.此時,恰值翁同龢擢升刑部右侍郎,直接負責重大案件的審辦,他細閱全部案卷,發現供詞與訴狀的疑點和漏洞甚多.在詢閱了楊乃武姐姐的呈詞和浙江紳士的聯名控訴,走訪了浙江籍的京官,聽取了刑部經辦人員的各種意見之後,經過認真研究,訊問犯人,調查證人,重新檢驗尸骨,終于查清葛品連系病死而非中毒死亡.至此,楊乃武與小白菜冤案得以平反.辦理此案的大小官員以及做偽證的證人全部受到懲治.《清史稿》記載此事時說:"刑部平反浙江民人葛品連獄,巡撫楊昌浚,侍郎胡瑞瀾褫職,知府以下論罪有差.申諭各省理刑,期情真罪當,毋輕率."
此案可謂晚清中國獄訟,法制體系自我完善的典型.而翁同龢忠于職責,為平民平反的職業精神,也可謂一代帝師應有的風范.
甲午疑云
然而,翁同龢在一重大問題上,處理是否得當,至今仍然受到頗多爭議.這就是甲午之戰北洋水師的失敗,被很多論者認為是因為他在擔任戶部尚書期間曾長期克扣甚至拒絕給李鴻章撥款而導致的.並且認為,這種關系又來自于翁同龢和李鴻章的"公報私仇".一時間,在晚清政壇,當時就有攻擊他們二人關系的流言蜚語.比如,"宰相合肥天下瘦,司農常熟世間荒"(李鴻章生于合肥,官至大學士;翁氏則生于常熟,時任戶部尚書)的諷刺對聯,就是其中之一.
誠然,作為帝黨主謀的翁同龢和作為後黨核心的李鴻章,在政見上確實不合,而且在另一種劃分中,翁氏是作為與洋務派對著干的清流黨出現的.但是,把翁李二人的政見不同,歸結為私人恩怨,則是把民族大義庸俗化的一派意見.而把軍費問題當成戰敗的理由,並進而把罪責推至翁同龢身上,則是轉移視線的片面見解.
翁同龢和李鴻章在私人恩怨上,的確存在一段故事.但是,晚清政壇互相的攻擊或者參劾並沒有現在想象的那麼嚴重,甚至到了睚眦必報的地步.只要是按照大清律例,查有實據,自己的親屬被人搞下了台,甚至砍了頭,這是經常發生的官場恩怨.如果沒有證據證明,僅僅是推測翁同龢因為其兄被李鴻章參劾,所以就懷恨在心,伺機報複,那麼就是以當今小人之心,而度當年狀元之腹了.
咸豐九年(1859年),安徽巡撫翁同書(翁同龢大哥)任安徽巡撫時,于定遠被撚軍和太平軍圍困之際,棄城逃跑.此事未平,第二年,壽州的團練首領苗沛霖因與其他團練仇殺而叛變朝廷,反攻壽州.
翁同書為招撫苗沛霖,答應了他的一切條件,寬恕了他的作亂行為,將苗沛霖的仇人團練孫開泰,蒙時中的首級交給苗祭靈雪仇.但苗沛霖的目的達到後,並不投誠.
盡管翁同書處理苗氏案子,說"其中難處,非局外人所能想象",但因其先是丟失疆土(棄城),繼則被賊寇玩弄,依據律例,同治元年(1862年)曾國藩具折嚴劾.寫此折的正是時在曾國藩幕中任事的李鴻章.其中"臣職分所在,例應糾參,不敢因翁同書之門第鼎盛,瞻顧遷就"的話語,矛頭實際對准了翁氏家族(翁心存此時朝中擔任小皇帝同治師傅).初,翁同書被定"大辟"(斬首).翁心存為此竟然病急而逝.後翁同書實判流放西北,三年後也病死.