後金人的奴仆亦編入八旗包衣（滿語音譯，意為“奴仆”），每旗設五甲喇（參領），下轄有牛錄（佐領）、渾托和（漢名管領）若干，分隸于內務府（上三旗包衣）和各王府（下五旗包衣）。
八旗制度下，以地緣為主、血緣為輔組成的牛錄，是基層單位。牛錄額真下，設二名帶子為副職，再置四名章京、四名撥什庫，並把三百人組成的牛錄，分編成四個塔坦（村或部落），由一章京、一撥什庫管理一個塔坦的各種事務。
八旗制度是“以旗統人，以旗統兵”、“出則備戰，入則務農”，兵民一體的社會組織形式，是將後金“一國之眾”，即女真族全體成員及少數蒙古人、漢人和大量奴隸盡行編入，予以嚴格控制、管理，政治、經濟、軍事合一的社會組織形式，是後金統治的基礎。
努爾哈赤作為後金國汗，是八旗的最高統帥，擁有八旗的一切。他將八旗作為私產，賜與子侄，使之充任和碩貝勒、旗主貝勒（滿語“和碩”為“一方”之意。相當長的時間里，和碩貝勒是旗主貝勒、固山貝勒的同義語，絕大多數和碩貝勒充任一旗之主的旗主貝勒），即八和碩貝勒。
各旗旗主是後金國汗努爾哈赤之下最為顯赫的人物，掌握本旗軍政大權及旗下全體旗人（全體旗人均為本旗旗主屬人，雙方是主奴關系）。然旗主的權力、爵位、財產、屬人均為努爾哈赤所賜，隨時可被努爾哈赤剝奪或重新分配。
各旗旗主互不統屬，只聽命于努爾哈赤。努爾哈赤對八旗的絕對控制，是其得以掌握後金最高權力，實行專權統治的重要前提。
八旗不僅出兵作戰、負責贍養旗下屬人，還承擔後金的各種勞役以及各項財政支出。後金國各種收入及一切俘獲（包括人畜）都按八旗統一分配。八旗實力基本相當，承擔國家部分職能，具有相對的獨立性，這是八和碩貝勒據以參與政務、並擁有發言權的主要資本。
努爾哈赤子、侄、孫中大部分人不是旗主，只是一般貝勒。他們分別隸屬于其父兄所掌旗內，受制于父兄，僅領有少量牛錄，他們與其父兄之間不可避免地存在矛盾。然這些貝勒參與議政，並時常率軍出征，具有一定實力，因而又成為牽制本旗旗主的力量。
建立政權機構
努爾哈赤在創建八旗制度的同時，設立理政聽訟大臣五人、劄爾固齊十人“佐理國事”，每五日集朝一次，協定國政。軍國大事，均于此決之。
五大臣、十劄爾固齊不僅參加議政，而且負責審理案件。凡有訴訟，先由劄爾固齊審理，然後五大臣複審，再上告諸貝勒。一般案件經諸貝勒討論後即可結案。若是重大案件，“眾議既定”、“猶恐尚有冤抑”，還要由擁有最高裁決權的努爾哈赤親自審問定奪。
此外，又設置四十名判官，薦舉八員辦事大臣，管理城防和鄉間事務等。
努爾哈赤的絕對專權，始終以諸貝勒大臣議政會議為輔助，這既是女真氏族社會民主制的殘余，也為努爾哈赤在頻繁征戰中集思廣益而後決策所必需。
後金建立前，努爾哈赤的主要輔佐者，最初是他生死之交的開國功臣額亦都、費英東、何和里、安費揚古、扈爾漢等“五大臣”。
有這樣一個傳說：努爾哈赤的母親懷胎十三月不生，被族人疑為惡鬼鑽入腹中作祟，將她投入了數月隆冬的深山。努爾哈赤降生時，風雪大作，山林呼嘯。五只斑斕猛虎突現，像五只溫順的大貓，環繞在產婦和嬰兒四周。它們睜大燈籠般的眼睛，吹出融冰化雪的熱氣，以柔軟厚密的皮毛簇擁著努爾哈赤母子，小心守護，使他們在冰天雪地得以生還。
努爾哈赤在統一戰爭、開疆拓土的征程上，正得到了猶如猛虎般的五位股肱重臣。額亦都、費英東、何和里、安費揚古、扈爾漢，無一不是“忠勇忘身”、雷霆萬鈞、所向披靡的猛將，無一不是忠貞事主、俠肝義膽的佐才。
以額亦都為例。額亦都隨努爾哈赤出生入死四十余年，“凡有征戰，未曾敗衄”。萬曆十五年，征伐哲陳部巴爾達寨時，額亦都身被五十余創，飛矢穿透大腿，他揮刀斷矢，率軍前沖，拿下了巴爾達。他的二兒子達啟，自幼被努爾哈赤養在宮中，長大又做了努爾哈赤的女婿，未免恃寵而驕，不把努爾哈赤諸子放在眼中。額亦都設家宴執而殺之，道：
“天下安有父殺子者？只為此子傲慢，及今不治，他日必負國敗家！”
為努爾哈赤打下遼東後，五大臣于天命年間先後故去。諸貝勒大臣議政會議的主要成員，以努爾哈赤四位年長子侄代善、阿敏、莽古爾泰、皇太極，即所謂“四大貝勒”為核心，包括諸小貝勒組成。後金高級官員退居次要。
議政大權日益集中在努爾哈赤家族之手。
創制滿文
女真金國統治者曾參照契丹文字創制過女真文。經元明兩朝，金國女真文逐漸廢棄。努爾哈赤時，建州地區女真文已不通行。“凡屬書翰”，十之六七“用蒙古字以代言者”，十之三四“用漢字以代言者”。這種狀況不利于努爾哈赤政令文書的下達通行，也與一個正在崛起的民族不相稱。
萬曆二十七年（1599年）二月，努爾哈赤“欲以蒙古字編成國語”，命額爾德尼和噶蓋兩人，以蒙古文字母與女真語音拼成滿文，作為滿族統一的文字。
滿文的創制和頒行，使滿族從此有了本民族的文字，可以用來交流思想、記載政事、翻譯漢籍等，對政權建設起了重要作用。
政權建設的措施為努爾哈赤統一戰爭和建國稱汗鋪平了道路。
但這絕不是唯一的和最重要的因素。
最重要的因素是權力，是通過與人——包括親人——流血斗爭而高度集中在努爾哈赤手中的權力。