兄弟束甲相爭的可怕端倪。
正當舒爾哈齊秘密籌劃分裂自立的關鍵時刻，努爾哈赤突然命他以建州首領的身份入京朝貢。
也許出于直覺，也許純屬偶然，努爾哈赤這一決定，無疑是調虎離山。
舒爾哈齊盡管心中一百個不願意，但無法推托，遂率領一百四十人的朝貢隊伍，第四次進京。
這一次，明朝以他為建州右衛的代表。
建州右衛首領的頭銜已經久違，此次再現，是明朝欲扶植舒爾哈齊、削弱努爾哈赤勢力的明白暗示。這恰與舒爾哈齊欲在黑扯木自立的想法不謀而合。
萬曆三十七年初，舒爾哈齊回到建州。他有恃無恐，與三子密謀投靠明朝、葉赫，隨即移居黑扯木。
二月，努爾哈赤得知消息，怒責舒爾哈齊，勸其歸來。
舒爾哈齊不聽。
三月十三日，努爾哈赤斷然剝奪了舒爾哈齊全部家產，殺死舒爾哈齊兩個兒子阿爾通阿和劄薩克圖，將與此事有關的舒爾哈齊部將武爾坤，吊在樹上活活燒死。而後，仍余怒未息，欲加刃于舒爾哈齊二子、四大貝勒之一的阿敏。代善、皇太極等諸兄弟極力諫止，阿敏方免于一死，但也受到被剝奪所屬人口之半的懲戒。
建州女真血濺蕭牆，明朝邊軍置若罔聞。
或許是憚懼努爾哈赤的精兵，或許是靜觀龍虎之斗、欲得鷸蚌相爭之利，總之，明朝邊軍沒有像舒爾哈齊所希望的那樣出手干涉。
舒爾哈齊只有歸來，請安謝罪道：“兄汗優養恩深，弟卻妄想赴別處居住，實乃大謬大錯了。”
努爾哈赤並不多言，大度賜還沒收的舒爾哈齊全部家產。
在他人眼中，努爾哈赤是顧念手足之情。
在舒爾哈齊看來，努爾哈赤是故作姿態。
他不感恩。他認為自己沒有理由感恩，反而應該牢記哥哥對待親弟弟的刻薄寡恩！
努爾哈赤何嘗感覺不到這些？
舒爾哈齊完了。他永遠不再是弟弟，而是敵人，一個無用、有害，又再無必要與之周旋的敵人。
努爾哈赤佯稱新宅落成，邀舒爾哈齊赴宴，將其幽禁。又以舒爾哈齊之命召來他的兩名心腹驍將常書、納齊布，在二人步入房門之時，使潛伏甲士攔腰斬殺之。
舒爾哈齊鐵索鋃鐺，被囚禁在暗無天日的禁所，囚室門窗皆被磚石密封，僅留“通飲食、出便溺”兩個洞口，生不如死。兩年後，亦即萬曆三十九年（1611年）八月十九日，舒爾哈齊憂憤而亡，時年四十八歲。
努爾哈赤大權在握，于明萬曆四十四年元旦，順利登上了後金天命汗的寶座。
五十八歲的努爾哈赤，以吞吐天地的雄才大略，橫掃千軍的赫赫戰功，統一女真的光輝業績，贏得了此時的殊榮。而他光輝燦爛的寶座，染有其胞弟——舒爾哈齊的血。
舒爾哈齊死于女真上層權力與汗位的爭奪。關于他的死，有各種不同猜測。除一些猜測認為他是被努爾哈赤囚禁、“憂憤而死”外，更多的猜測則認為他是被努爾哈赤殺死的。
清朝官書隱去了努爾哈赤囚禁舒爾哈齊的情節，含糊記載道：
弟貝勒自責曰：“多蒙兄汗贍養，曾欲別往以居，洵屬狂妄，實乃我之過也。” 于是翻然歸來。聰睿恭敬汗遂以籍沒之國人、僚友于當年悉數歸還弟貝勒。後弟貝勒仍不滿其兄聰睿恭敬汗之待遇，不屑天賜之安樂生活，遂于辛亥年八月十九日卒。
舒爾哈齊之死，是後金國初四大疑案的第一個疑案。同許多宮廷疑案一樣，舒爾哈齊的死，成了永久的謎。
努爾哈赤建國稱汗前後，在集權與反集權血腥斗爭中登場的角色和對手，除了弟弟，還有他的兒子和家人。
而這一次又一次的斗爭，卻與努爾哈赤諸子謀奪儲位汗位的爭斗錯綜交織在一起。
曆史有驚人的相似之處，後金國集權謀位之爭與其他朝代集權謀位之路，簡直就是同一塊模板的反複複制。
陰謀、陷阱、險象環生的骨肉相殘、刀光劍影的千古之謎。
太子被廢
長子褚英伏誅後，努爾哈赤立第二個兒子代善為嗣子，明確稱之為太子。