不論朝廷內部如何吹捧，外界媒體怎麼宣傳，李鴻章心里清楚，不論人才、經費問題，單是海軍衙門的人事構成就存在著諸多缺陷。首先，主要官員均為兼職，無專門任職人員。醇親王奕譞兼管神機營，李鴻章任直隸總督兼北洋大臣，曾紀澤的兼職更多，除在總署和同文館任職外，先後在戶部、刑部、吏部兼任侍郎。其次，海軍部很快成為官員安插子弟、拉關系走後門的場所。海軍部的章京部，除李鴻章極力保薦的傅云龍是漢人外，其他是清一色的旗人。所謂旗人，即八旗成員。八旗是清朝建立之初創立的一種軍事和社會組織，在清朝入主中原上起到了很大的積極作用。旗人並非都是滿人，八旗分為滿洲八旗、漢軍八旗和蒙古八旗。清朝在滿漢之分，主要是旗民之別。“旗”即滿、漢、蒙三族旗軍的成員，“民”即旗人以外的普通百姓。近代以後，“旗”已成為特權和地位的象征，旗人子弟一不會打仗，二不能種田，三不屑做工，四沒本事做官，只是吃著祖宗留下的老本，等著朝廷給些閑職做做。海軍部職權大、利益多，剛剛組建空額很多，皇親國戚、官宦子弟、候補官員一下子蜂擁而來。
新官上任三把火，醇親王奕譞決定和李鴻章視察北洋海防。沿線視察了大沽口、煙台、威海衛、旅順口、大連灣等處炮台、船塢、學堂、兵防情況。醇親王的行動驚動了英、法駐華海軍司令，特意率艦隊到旅順和煙台參觀，一則向中國海軍最高長官表示敬意；二則想告訴奕譞，和我們相比中國海軍還有很大差距。
李鴻章大力發展北洋海軍一事很快遭到中外各界的非議。外國報紙報道說這是中央向地方的妥協，是海軍中央化的徹底失敗。兵部侍郎黃體芳則表示：“北洋海軍不是中國沿海的海軍，而是直隸天津的海軍；不是海軍衙門的海軍，而是李鴻章個人的海軍。奏請立即撤去李鴻章海署會辦大臣一職，讓曾紀澤取而代之。”
再說最敏感的經費問題。海軍部成立後經費並未增加，原先歸北洋海軍獨享的四百萬兩銀子如今還要顧及南洋海軍餉需，連朝廷也想著從海軍衙門撈一把，海軍經費流入頤和園建設的數量不少。慈禧太後年事日高，希望將清漪園作為頤養天年之所。光緒帝宣布擴修清漪園為頤和園，于慈禧六十大壽時竣工。光緒對海軍衙門下令：“正款備海軍之用，雜款供修建頤和園之用。”乍一聽此令不無道理，經費主要仍用于海軍建設，剩余零款用來修建頤和園。然實際上北洋海軍早已陷入經濟窘境，近十年未添設任何軍艦，正款尚不敷出，哪里還有雜款！李鴻章明白，朝廷的正款、雜款之說不過是客套話，為“老佛爺”做壽，有錢要捐，沒錢也得捐，還不能少捐。李鴻章究竟挪用了多少經費修建頤和園，曆來說法不一，最保守的數字也突破了四百萬兩白銀，這可是全國海軍整整一年的經費！僅讓海軍衙門捐錢還不夠，清廷竟以“籌措海軍經費”的名義大肆搜刮錢財。醇親王奕譞寫信給李鴻章，說建萬壽山銀子不夠用，希望李鴻章和各位督撫能籌集二百萬兩銀子。李鴻章心領神會，立即號召各位同僚督撫捐款，不久，各地捐款達二百六十萬兩。萬里海疆的安危就這樣換成了昆明湖的一池清水、萬壽山的幾堆石頭。
盡管用人、經費等方面危機重重，海軍衙門之設畢竟對海軍的發展起到了一定的推進作用。船只購買上，除被赫德騙購的十艘破船外，向德國訂做了兩艘鐵甲船，命名為“定遠”號和“鎮遠”號，是為北洋海軍噸位最大的主力艦。李鴻章親自登舟試航。這一天，北風凜冽，海浪起伏，李鴻章乘坐的“定遠”號鐵甲艦行駛平穩，並沒像蚊子船那樣稍遇風浪就顛簸不止，且行船速度和訂單上注明的相差無幾。李鴻章興奮得老淚縱橫，說道：“中國自創辦水師以來，也就是它最令人放心！”李鴻章又相繼購買了德國穹面鋼甲巡洋艦“濟遠”號、“經遠”號和“來遠”號。到1888年，北洋海軍已初具規模，擁有巨型鐵甲船2艘、高速巡洋艦7艘、炮船6艘、魚雷艇6艘、練船3艘、運輸船1艘，共計25艘，號稱“亞洲第一”！