朱其昂去世後，李鴻章命江蘇候補道員葉廷眷接任。葉氏到任後，發現賬目不清，隨即行了詳細核查。核查結果是輪船招商局明虧暗耗，已經面臨破產的邊緣。他立即向李鴻章報告。李鴻章只有招商集股擴大資金。精明的商人早看出招商局內部的齷齪，沒人願意投資。商款招不到，或借官款？官款一向利息很重，招商局本來難以為繼，哪里來的錢歸還巨額利息。葉廷眷提出不如仿福州船政局，索性將輪船招商局收歸國有，變成國營企業。既是國營，官方出的錢就算投資，不能再要利息，此外，官方再出二百來萬兩幫招商局把債務還清，此後一切船棧碼頭都歸官家所有。葉廷眷的建議使李鴻章老大不高興，干了不到一年，就被撤了。
李鴻章再任鄭觀應負責招商局業務。鄭觀應原是太古洋行的買辦，在李鴻章手下干了多年，曆任上海機器織布局總辦和上海電報局總辦，洋務經驗豐富。他在接受了李鴻章的任命後，鑒于前任的經驗教訓，正式脫離太古洋行，全身心地投入到輪船招商局的事務中。鄭觀應一上台就向李鴻章提出了十六條整頓方針，在他看來，輪船招商局想要向前發展必須從人才的使用、職責分工、賞罰分明等方面進行徹底改革。鄭觀應對招商局的最大貢獻是他利用自己多年從事商務的經驗和人際關系，為招商局和太古、怡和等公司簽訂了齊價合同。所謂齊價合同就是幾個公司一起商定船運的具體價格標准，並簽訂合同保證各公司都遵守這一價格，未經其他各公司同意，不得擅自更改船運價格。這樣就避免了各公司之間互相競價爭取客戶，避免因此給自己和其他公司帶來損失。有了統一的價格，輪船招商局就不再擔心外國公司聯合起來排擠中國船運業，從而為招商局的順利發展創造了一個較為平穩、寬松的環境。
鄭觀應到輪船招商局兩年，局內的業務平穩上升，原先瀕死的招商局看起來又有了生機和活力。而在這兩年中，鄭觀應並沒有什麼大的實權，李鴻章似乎是要考察他的工作能力，沒有給他什麼實際的官職。兩年後，李鴻章正式任命鄭觀應為輪船招商局的總辦，沒想到鄭觀應卻一口回絕了。
鄭觀應拒絕接受任命的表面原因，是因他管理經營的上海機器織布局破產，已無心氣再接受大的委任。而真正的原因在于，他在招商局呆了兩年，將招商局內部的各種關系看得很透，官督商辦說起來好聽，商方負責贏利，官方負責監督，可實際上官方控制很嚴，商人發展很難。他在一封給唐廷樞的信里道出了自己的心聲：招商局雖說是官督商辦，可各個總辦、會辦、幫辦都是由北洋大臣任命的。雖然如今李公任北洋大臣，器重我，支持我的工作，可李公總不會永遠擔任北洋大臣，掌握實權。我恐怕將來招商局有了起色的時候，北洋大臣已經是張公、王公、趙公了，他們可不會像李公那樣信任我們，聽了別人的讒言，很容易不問是非就輕易把我們扒拉到一邊了，那我們這麼多年不是白干了嗎？再說像我們這種人，每天只知道干活，說話辦事也不懂避嫌，又不會干溜須拍馬的行當，一旦有個好歹，連個援助的人都沒有啊！
就在鄭觀應猶豫著干不干的時候，盛宣懷回來了。盛宣懷回來的直接原因是徐潤在上海金融倒賬風潮中破了產，盛宣懷受李鴻章指派來招商局查處整頓。查處完畢，盛宣懷調任天津海關道，但沒有放手輪船招商局。他堅持“非商辦不能謀其利，非官督不能防其弊”的新認識，堅持自己的官督商辦。盛宣懷的官督商辦與以前不同的是設了由他自己擔任的官方的督辦，取消了以前商方的總辦，幾個會辦也都帶有官的性質，看起來更像是官督官辦。幸好盛宣懷本人有錢，有強烈的商人傾向，對上述的缺陷起了一定的彌補作用。
既任督辦，盛宣懷決心“借鑒補救前人的錯誤，逐漸恢複招商局的宏圖”。
第一是清理賬目。以前招商局賬目不清，無法考核。盛宣懷命令把前後賬目劃清歸類，並且實行賬目公開，不論過多少年之後，每筆賬目多了還是少了，多了因為什麼原因，少了花到哪里都能一目了然。